《反基督》的情节移到俄国，发生在十八世纪初期彼得大帝改革的时代。小说有两条平行发展的情节线索：一条是彼得大帝与其长子阿列克塞之间的矛盾斗争；另一条是彼得的政权及其所建立的“新教会”与人民群众当中广泛流行的各种旧教派（特别是分裂教派）之间的激烈斗争。彼得与阿列克塞的矛盾斗争不是普通的父子冲突，而是体现着尖锐社会矛盾的皇室政治斗争。彼得大帝（1672—1725）是俄国历史上最有建树的沙皇，他对已经过时的中世纪统治形式进行改革，确立了有成效的专制独裁统治。他对外多年与土耳其和瑞典作战，夺得大片土地，使原来几乎是一个内陆国家的俄国在波罗的海拥有了出海口，并在涅瓦河口建成新的首都彼得堡。对内他在行政、军事、工业、商业、技术、文化等各个领域进行一系列重大改革，使俄国在很短时期内从一个落后的国家迅速赶上了西欧发达国家。彼得大帝的改革由于触犯了封建大贵族的利益，曾遭到他们的激烈反抗。但是这位专制君主毫不手软，与他们进行残酷斗争，不仅严厉镇压了掀起叛乱的火枪兵，而且先后把自己的姐姐——担任摄政的长公主索菲娅和自己的前妻阿芙多季娅皇后送进修道院，后来又与自己的长子阿列克塞发生激烈冲突。皇太子阿列克塞（1690—1718）是彼得的前妻阿芙多季娅所生，由姑母养大，对彼得所进行的战争和改革一直毫无热情。彼得的第二个妻子叶卡捷琳娜生子以后，他提出放弃皇位继承权，请求彼得允许他去当修士。1716年，彼得下令阿列克塞去丹麦，可是他却乘机逃往维也纳，得到奥地利恺撒查理六世的庇护。彼得担心国内外敌人支持阿列克塞争夺皇位，派遣使臣把他接回。阿列克塞回国以后遭到监禁，在严刑拷打之下供认犯有阴谋活动的罪行，经特别法庭审讯，被判处死刑。
小说截取了1715年6月至1718年6月这段时间，这是阿列克塞一生中最后的三年，是他与父亲的矛盾达到白热化的三年。小说不仅深刻表现了彼得与阿列克塞之间的斗争，而且通过回忆等手法，全面展示了沙皇父子之间的关系，同时也涉及了彼得大帝的政治、军事、文化等各方面的活动，刻画了异常复杂的彼得形象。
阿列克塞和彼得处于两个极端，相互对立。父亲是英雄，在战场上冒着枪林弹雨，冲锋陷阵，九死一生；儿子却厌恶战争，不肯学习，生活中缺乏毅力，优柔寡断。父亲是个事业家，精通航海术和建筑术，热心科学；儿子却游手好闲，无所事事。更主要的是父子二人之间存在着严重的政治分歧。彼得和阿列克塞对俄国发展的道路及其前途具有截然不同的看法：父亲是改革派，努力要使俄国迎头赶上并超过欧洲发达国家，而儿子却因循守旧，抱着祖传的统治方式不放，成了旧势力的代表。难怪彼得处死阿列克塞以后，想到儿子的死时，为自己辩解道：“早晚有一天，他要当上皇帝，那就会把政权交还给僧侣、长老和‘长胡子’们，而这些人就会离开欧洲，退回到亚洲去，熄灭文明之火——俄国也就毁灭了。”
但彼得在梅列日科夫斯基笔下基本上是个反面形象，是“反基督”的化身。彼得大帝所建立的是一个维护地主阶级和新兴资产阶级利益的君主专制国家，他在对外进行战争和对内推行改革政策时，对广大农奴和城市贫民进行残酷压榨，曾经激起人民群众的不断反抗。在他统治期间，俄国多次爆发人民起义，但都被他一一残酷镇压下去。彼得作为一个专制独裁君主，的确是极其残暴的，是个杀人不眨眼的刽子手，双手沾满鲜血。作者把彼得所建立的专制国家比作《圣经》里的吃人怪兽列维坦。小说广泛反映了广大人民群众所遭受的深重灾难。彼得大帝为了巩固自己的专制统治，废除了宗主教职务，建立圣主教公会来管理宗教事务，实际上把教会变成了维护其统治的工具，从而大大强化了沙皇专制的国家机器。无论是阿列克塞还是人民群众，都认为彼得践踏了东正教信仰和教会，使“圣地变成一片荒凉”，因此是反基督。
梅列日科夫斯基虽然对当时俄国官办教会表示不满，但同时也对俄国人民群众身上某些落后的思想意识进行了美化。旧教派教徒遭受彼得专制政府和官办教会的种种迫害，视彼得为反基督，认为当时的残酷现实预示着“世界末日”的到来，盼望基督二次降临，这是完全可以理解并且值得同情的。然而，无论是分裂教派的“红死”——集体自焚，还是鞭身教派的“白死”——用活婴儿的血“领圣餐”，都是十足的野蛮行为。
阿列克塞在小说中是基督的化身，被写成人民的儿子，“俄国的希望”。他确实曾在彼得面前为民请命，关心民众疾苦，但很少付诸行动。而他与民众的“一致”主要表现在落后的思想意识方面。这位皇太子反对彼得大帝向西方学习，认为他给“邪恶势力”敞开了俄国的大门。他因循守旧，反对改革，实际上反映了主张历史倒退的社会势力的思想情绪。他在弥留之际拒绝官方派来的神甫为他举行领圣餐的仪式，幻觉中出现雷子约翰，给他做了领圣餐仪式。于是这个濒死的人便感到“没有悲伤，没有恐惧，没有疼痛，没有死亡，只有永生，永恒的太阳——基督”。