列奥纳多读着这些信件，感觉到，尽管尼科洛跟他截然相反，可是却让他感到亲密。他想起了他的预言：他们二人的命运是相同的，他俩都无家可归，永远流浪在这个世界上，在这里，“除了平民百姓，没有任何人”。列奥纳多在罗马的生活的确是暗淡无光的，跟马基雅弗利在圣卡什亚诺的穷乡僻壤的生活一样——也是那样寂寞，也是那样孤独，被迫无所事事，这比起任何严刑拷打都可怕，他们二人都知道自己有力量，但同时又都知道自己不被人们所需要。列奥纳多跟尼科洛一样，把自己交给命运之神任意践踏，任凭她随心所欲地处置，只是他更加顺从，甚至不想知道她的无耻何时到头，因为他早已坚信是无尽期的。
利奥十世一直忙于举行弄臣巴拉巴洛盛大游行的准备工作，还没有闲空接见列奥纳多，而为了摆脱他的纠缠，让他把教廷铸币厂的冲床改进一下。画家有一种习惯：不轻视任何工作，哪怕是最平凡的工作也不拒绝，因此他非常出色地完成了委托——发明了一种机器，以前铸造的硬币都带凸凹不平的毛边，而现在造出来的却是光滑的圆形。
这个时期，他由于以前的债务而陷入困境，大部分俸禄花在支付利息上。假如不是弗兰切斯科·梅利齐由于得到父亲的遗产而给他以接济，列奥纳多便无法应付。
1514年夏，他患上了罗马疟疾。这是他一生中第一次患重病。他不服药，不请医生来。只有弗兰切斯科一个人照料他，列奥纳多越来越离不开他了，非常器重他那种单纯的爱。这位老师有时觉得，是上帝给他派来了最后一个挚友，给他派来了守护天使，在他无家可归而又年迈之时，给了他一根拐棍。
画家感到他被遗忘了，有时试图让人想到他，可是徒劳无益。他在病中给自己的保护人朱利亚诺·美第奇写致敬信，用的是当时流行的宫廷文体，这种文体本来应该给人以亲切感，可是他却用得很不成功：
“我威名远扬的君主，当我得悉贵体康健，高兴之情难以言表，如一剂良药，也治愈了贱恙，奇迹般地使我从死亡中回生。”
入秋时，疟疾痊愈了。但是身体仍然很虚弱和感到不舒服。乔万尼死后的几个月，列奥纳多一直萎靡不振，好像是过了许多年一样，衰老了。
意志消沉，心情沮丧，疲惫厌倦——这种精神状态越来越让他无法解脱。
他有时也以某种狂热重新拣起从前所心爱的事——数学、解剖、绘画、飞行器——可是马上又扔掉；如果开始做别的事，那也是为了厌恶地抛弃它。
在这些黑暗的日子里，他突然迷恋上了儿童游戏。
他把羊肠子洗得很干净，晒干后又薄又软，可以攥在手里，然后把它通过墙壁跟藏在隔壁房间里的风箱连接起来，羊肠子被充气，鼓成巨大的泡泡，看的人吓得往后退，蜷缩在角落里——他把这比喻成善行，说善行开始的时候看起来很小，不受重视，可是逐渐膨胀起来，能够包容整个世界。
他在贝尔韦特雷花园里抓住一只大蜥蜴，给它粘上漂亮的鱼鳞和蛇鳞，在头上给安上两只角和胡须，在身上给装上两只翅膀，翅膀是空的，里面灌满水银，随着蜥蜴的运动而扇动，他把这只蜥蜴装进匣子里，进行训练，然后拿给客人们看，客人把这个怪物当成魔鬼，吓得躲到一旁。
他用蜡捏成一些长着翅膀的怪兽，里面充上热气，于是变得很轻，能够升起来在空中飘动。看的人很惊奇或者由于迷信而感到害怕，列奥纳多从中得到享受，扬扬得意，脸上那严峻的皱纹和暗淡无光的哀伤的眼睛里，突然现出天真愉快的表情，可是与此同时，那张衰老而疲惫的脸上却流露出让人可怜的神情，弗兰切斯科不禁感到一阵心痛。
有一天，塞萨尔·达·谢斯特送客人，老师恰好从屋里出来，无意之中听到他说：
“就是这样，先生们。你们看见了，我们现在在制作玩具。有什么可隐瞒的？我们的老头子昏聩了，返老还童了，真可怜。起初，他给人制作翅膀，到头来制作会飞的蜡质玩偶。大山生出一只小老鼠！”
他恶意地哈哈大笑着补充道：
“我对教皇感到奇怪：他好像是只对弄臣和游方僧很在行，应该换换花样儿。列奥纳多先生在他那里大有用武之地。他们俩倒是天生的一对，相得益彰。真的，先生们，请诸位多多费心，设法让教皇聘请大师到宫中去任职。你们不必担心：我们的老头子一定会让教皇开心，比马利亚诺修士强，甚至就连侏儒巴拉巴洛在他面前也得甘拜下风！”
这种玩笑比所能想到的更实际：关于列奥纳多的魔术、用风箱吹得鼓起来的羊肠子、长着翅膀的蜥蜴和会飞的蜡塑动物的传闻传到了利奥十世的耳朵里，他非常想要见识一下，甚至教皇准备忘却列奥纳多的妖术和渎神行为给他带来的恐惧。机灵的宫廷侍臣暗示画家：他时来运转了，不仅拉斐尔，就是巴拉巴洛在讨得教皇的欢心方面都不是他的对手——采取行动的时机到了。可是列奥纳多又像他一生中多次发生的那样，没有听取有益的劝告——不会利用时机，没能及时地抓住命运之神的车轮。
弗兰切斯科本能地猜到，塞萨尔是列奥纳多的敌人，他向老师发出警告，可是老师却不相信。
“你别理他，弗兰切斯科，别动他，”他维护塞萨尔，“你不了解，他虽然想要恨我，可是仍然爱我。他很不幸，甚至比……”
列奥纳多没有把话说完。可是梅利齐明白了，他想要说：比乔万尼·贝特拉菲奥还不幸。
“我能责备他吗？”老师继续说，“我也许在他面前有过错……”
“您？——在塞萨尔面前？”弗兰切斯科感到惊讶。
“是的，我的朋友。你不明白。可是我有时觉得让他着了邪祟，把他毁坏了，你瞧，我的孩子，因为我也许真的有邪气……”
他思索片刻，轻轻地微笑着补充道：
“你别理他，弗兰切斯科，也别担心：他不会给我做出坏事来，不会离开我，永远也不会背叛我。至于说到他的怒气，他跟我的斗争——这是他在为自己的灵魂而斗争，他要求得到自由，他在寻求自我，想要完成自我。由他吧！愿上帝帮助他，我知道，当他取得胜利的时候，他就会回来找我，就会原谅我，就会明白我是爱他的，到那时，我把所拥有的一切都给他——向他揭示艺术的一切秘密，把全部知识教给他，以便等我死后他再传授给人们。因为，假如不是他，那还有谁呢？”
早在夏天，列奥纳多生病的时候，塞萨尔就一连好几个星期离开家，下落不明。秋天，他又失踪了，再也没有回来。
列奥纳多发现他不在，便询问弗兰切斯科。弗兰切斯科不好意思地低下头，回答说，塞萨尔到锡耶纳去了，有人急于要他完成一幅画。
弗兰切斯科担心列奥纳多进一步追问为什么他不辞而别。可是老师并没有继续问下去，相信了，或者是故意装作相信这种并不高明的谎言。只是他的嘴角颤动着耷拉下来，露出痛苦的厌恶的表情，近来他的脸上越来越经常地出现这种表情。