把阿尔诺河水引离比萨的工程以丢人的失败告终。
秋季洪水泛滥，冲毁了已经开始的工程，把鲜花盛开的低洼地变成一片泽国，腐草烂泥滋生了瘟疫，工人们由于传染病而死亡。大量的劳动、金钱、人的生命—— 一切都付诸东流。
费拉拉的水利专家们把责任推到索德里尼、马基雅弗利和列奥纳多身上。熟人在街上遇到他们赶紧扭过头去，根本不打招呼。尼科洛由于面子过不去和痛苦而生了病。
列奥纳多的父亲两年前去逝了。他在日记里像通常一样简洁地写道：
“1504年6月9日，星期三，凌晨七时，我的父亲，公证人塞尔·皮埃罗·达·芬奇于波德斯塔病殁，享年八十，身后留下十男二女。”
塞尔·皮埃罗先生在有见证人在场的情况下，不止一次表示打算给自己非婚生的长子列奥纳多跟其他的子女一样留下一部分遗产。可是他本人在临死前改变了主意，或者也许是他的儿子们不愿意执行死者的遗嘱，他们宣布说，列奥纳多作为非婚生子，无权参与分割家产。画家曾经以将要得到的遗产作抵押向一个放高利贷的犹太人借钱，此人很机灵，提出要购买他与弟兄们诉讼的权利。不管列奥纳多如何惧怕家庭的争吵和诉讼的口舌，但他这时经济拮据，因此也就同意了。为了三百佛罗伦而开始诉讼，但却拖延了六年。弟兄们利用社会上对列奥纳多普遍的不满，火上浇油，指责他不信神，给塞萨尔·博尔吉亚供职时犯有叛国罪，实施魔法，挖掘基督教徒的坟墓，解剖尸体，并且重提二十五前早已埋葬了的关于他违背自然的罪过的谣言，侮辱他已故的母亲卡塔琳娜·阿卡塔布里加的声誉。
除了这一切令人不愉快的事之外，又增添了会议大厅里壁画的失败。
列奥纳多习惯于慢腾腾地作画，这在用油彩画壁画是允许的；他讨厌水彩要求的匆匆忙忙，尽管画《最后的晚餐》时已经有了前车之鉴，但他画《安加利之战》时仍然决定使用油彩，虽然这是另一种油彩，他认为已经得到改进，可是毕竟还是油彩。等到画完一半的时候，他用铁火盆在画前拢起了火，以便用他新发明的方法加速颜料渗进石灰里去；可是很快就证明，热量只能对画的下面部分起作用，而上面的部分离火很远，油漆和颜料久久不干。
经过许多次无益的努力，他彻底明白了，第二次油彩壁画试验跟第一次一样是失败的：《安加利之战》也跟《最后的晚餐》一样，将要毁灭，用布奥纳罗蒂的说法，他“应该感到可耻而放弃这一切”。
会议大厅里的壁画比比萨运河工程和跟弟兄们的诉讼更叫他心灰意冷。
索德里尼不断地折磨他，要求他像办理公务那样准确地履行合同，催促他在规定的期限画完，威胁他向他索取违约罚金，看到这一切都无济于事，便公开地指责他进行欺骗，占用公款。列奥纳多从朋友处借到一笔钱，想要把领到的公款如数归还给他，可是皮埃罗先生却拒绝接受，而这时，经布奥纳罗蒂的朋友们之手在佛罗伦萨传阅最高执政官给佛罗伦萨驻米兰代表的一封信，说画家要前去谒见法兰西国王在伦巴第的总督查理·丹布亚斯。
信中写道：“列奥纳多的行为很不体面。他事先把大笔金钱据为己有，刚一开始画就撂下，在这件事上，他的行为就是对共和国的背叛。”
冬季一天夜间，列奥纳多一个人坐在工作室里。
狂风吹得炉灶的烟囱呼呼地响。房子的墙壁被狂风吹得抖动；悬挂在木头横梁上的一只展开翅膀的鸟的标本不停地摇晃，这是用来研究飞翔的，已经被蛾子蛀了；房间一角，书架上放着自然考察家普林尼的书，上面有一只蜘蛛在网上惊惶地爬来爬去。雨水，或者是融化了的雪水敲打着窗户上的玻璃，仿佛是有人在轻轻地敲着窗户。
经过一天的忙碌，列奥纳多感觉很疲倦，好像是做了一夜噩梦之后，感到浑身瘫软无力。他本想捡起早就开始的一项研究工作——物体在斜面上的运动规律，可是并没有动手；后来又想要画一幅漫画：一个老太婆生着朝天鼻子、猪眼睛，上嘴唇异常大，往下耷拉着，可是也没有动笔；他试着读读书，但是读不下去——什么事情都办不成。可是又不想睡觉，如何熬过这漫长的黑夜！
他看着一摞摞积满灰尘的旧书、烧瓶、蒸馏甑、用酒精浸泡着畸形胎儿的玻璃瓶子、铜质象限仪、天体仪、力学、天文学、物理学、水力学、光学、解剖学等方面的仪器——一种莫名其妙的厌恶之感袭上他的心头。
墙角里堆放着散发着霉味的书籍、人体骨骼和一些没有生命的机器部件——那只蜘蛛就在这个黑暗的角落里爬来爬去，他本人不也是这样吗？他在有生之年还有什么事要做，还有什么东西把他跟死亡隔开？不就是那堆上面写着任何人都不认识的符号的破纸吗！
他想起了童年，他在阿尔巴诺山上听着鹤群的鸣叫，呼吸着充满焦油味和青草芳香的空气，眺望笼罩在紫色雾霭中的佛罗伦萨，只见这座城市仿佛是紫水晶做成的，是那样小巧，一棵小树的两个开满金黄色花朵的树枝之间的空隙就容纳下了它——春天，这种花开遍整个山坡——他当时有多么幸福，无忧无虑，无所用心。
难道他一生的劳动只不过是欺骗，伟大的爱不是伟大的认知之女吗？
他倾听着狂风的怒吼。他不由得想起了马基雅弗利说过的一句话：“生活中最可怕的不是操劳，不是贫困，不是痛苦，不是疾病，甚至也不是死亡，而是——寂寞。”
夜间的狂风发出非人的声音，诉说着人的心灵能够理解的、它感到亲切的和不可避免的事——在可怕的伸手不见五指的黑暗中，在远古的混沌——万物之父的怀抱中那种最后的孤独——人世上无边无际的寂寞。
他站起来，拿起蜡烛，开开隔壁房间的门，走了进去，走近放在三条腿支架上的那幅画——画上蒙着的罩布打了许多褶子，像是白色的尸衣——他把罩布揭下来。
这是蒙娜丽莎·乔昆达的肖像。
自从最后一次画这幅画以来，也就是自从最后一次跟她见面以来，他一直没有把罩布揭下来过。现在他觉得他是第一次看见这幅肖像。他在这张脸上感觉到了生命的力量，他在自己的作品前感到一种恐惧。他想起了关于魔画的迷信故事，如果用针扎画上的肖像，就会给所画的人带来死亡。他想，在这里则是相反：他摄取了活人的生命，把这生命赋予了死的画。
画面上一切都清晰而准确——直到最后一个衣褶，直到白皙的胸脯上深色衣服边缘刺绣花纹的细密的十字形针脚。仿佛是如果聚精会神地观看，就能看出这个胸脯在一起一伏地呼吸，喉咙下面凹洼处的血管在跳动，脸上的表情在变化。
但是与此同时，她又是个幽灵，非常遥远和陌生，她虽然永远年轻，可是又非常古老，比画面背景上显现出来的山崖上原初的玄武岩还古老——那蓝色的山崖若隐若现，状如钟乳石，好像不是本地的，而是早已消失的世界的遗存。山崖间蜿蜒的小溪很像她那双永远挂着微笑的嘴唇的曲线。头发如同深色的烟雾，上面层层的波纹像水上的波浪一样，也服从于神圣力学的法则。
只是现在——仿佛是死亡才使他睁开了眼睛——让他明白了蒙娜丽莎的美原来就是他在自然界中贪婪好奇地寻求的一切，让他明白了世界的奥秘原来就是蒙娜丽莎的奥秘。
已经不再是他在考验她，而是她在考验他。这双眼睛的目光反映了他的心灵，而在她的脸上如同映照在镜子里一样，深化到无极——这意味着什么？
她在最后一次见面时没有说完的话：仅有好奇心还嫌不够，还需要别的更重要的东西才能够洞悉山洞里最后的，也许是最奇异的秘密——她能够把这番话再说出来吗？
也许这是一种能够洞察一切的冷漠的微笑吧？也许是死人面带这种微笑观看活人吧？
他知道，她的死并非偶然：他要是愿意，本来可以拯救她。他觉得，他从来也没有如此面对面地正视死亡。在乔昆达冷漠而又和蔼的目光下，一种难以忍受的恐怖之感让他的心灵冻结了。他有生以来第一次在无底深渊面前胆怯了，不敢向里面窥视——他不愿意知道那里面是什么样子。
他像个小偷似的，急急忙忙用那块带褶的如同尸布一般的罩布把她的脸盖上。
春天，他应伦巴第的法兰西总督查理·丹布亚斯的邀请，在佛罗伦萨请了三个月的假，到米兰去了。
他很高兴离开故乡，作为一个无家可归的被放逐者，看见了耸立在伦巴第绿色平原上的阿尔卑斯山的雪峰，如同二十年前一样。