第二天清晨，他没有叫醒园艺工匠，一个人走出家门。芬奇村很贫穷，一栋栋狭窄的高房拥塞在山坡上城堡的周围，列奥纳多穿过村子，沿着一条道路朝着邻近的安基亚诺村走去，道路很陡，一直通向山顶。
又跟昨天一样，太阳尽管是刚刚升起，但并不明亮，像冬季里一样，只是天边上有一抹紫色的朝霞。“特拉蒙塔那风”一夜之间变得更猛烈了。但是风并没有像昨天那样把树枝刮断或者摇摇晃晃，而只是从北方吹来，仿佛是直接从天而降，在耳边单调地呼啸着。田地里还是那样寂静和没有生气，稀疏的麦穗显得有气无力——在这高山上更让人想起北方来，山坡上布满半圆形的小堆——芬奇村的农民称之为“小穴”——这是一簇簇小葡萄树，还长着既不茂密也不鲜艳的青草、已经凋谢了的罂粟花、深灰色的橄榄树，黑色的坚硬树枝被风吹得频繁地摆动，现出一种病态。
列奥纳多走进安基亚诺村，没有辨认出来，便停下来。他记得，当年这里是亚迪玛利城堡的废墟，只留下几座塔楼，其中之一开了一家乡村小酒馆。如今，在这个被称作“塔地”的地方，在葡萄园里可以看见一栋新建的房子，白墙抹得很平滑。低矮的石头围墙里面，有一个庄稼人在用铁锹挖葡萄树。他向画家解释说，小酒馆的主人已经谢世，他的继承人把土地卖给奥宾亚诺一个有钱的养羊人，新的主人把山冈顶上清理出来，建起葡萄园和橄榄树林。
列奥纳多打听安基亚诺小酒馆的情况，并非无缘无故：他就是在这里诞生的。
在这座贫穷山村的入口处，有一条翻过阿尔巴诺山的大路从内沃雷河谷通向普拉托和比斯托亚，路旁亚迪玛利骑士塔楼阴森的废墟上，五十年前曾经有过一家热闹的乡村小酒馆。招牌上写着“堂饮酒铺”，悬挂招牌的生锈铁环经常被风吹得嘎吱吱地响，门总是敞开着，可以看见室内一排排的酒桶、锡质酒杯和大肚子陶罐，两扇没有镶玻璃的小窗户钉着栏杆，忽明忽暗，仿佛是在狡猾地眨着眼睛，护窗板已经变黑，门前的台阶被顾客们踏得溜光锃亮。阳光透过葡萄架的缝隙射到小酒馆的墙壁和门窗上。到圣敏亚托或福切基奥去赶集的四周村民、捕猎野山羊的猎手、赶骡子的脚夫、佛罗伦萨海关的稽查员以及其他一些要求不高的人都要到这里聊聊天，喝上一瓶廉价的酸葡萄酒，下盘跳棋，打打纸牌，或者掷掷骰子。
小酒馆的侍女是一个名叫卡塔琳娜的十六岁的少女，她没爹没娘，住在芬奇村，生活贫困。
年轻的公证人塞尔·皮埃罗·达·芬奇平时大部分业务都是在佛罗伦萨进行的。1451年春天，他回到庄园来看望父亲，被安基亚诺村邀请去办理与签订一项租赁榨油设备合同有关的事务。办理完公证手续之后，村民在“塔地”小酒馆宴请公证人庆祝合同的签署。塞尔·皮埃罗为人纯朴随和，甚至跟平民百姓也能合得来，因此很高兴地接受了邀请。卡塔琳娜侍候饮宴。年轻的公证人，正如他本人后来承认的，对她一见钟情。他以捕猎鹌鹑为借口，推迟了返回佛罗伦萨的行期，成了小酒馆的常客，开始追求卡塔琳娜。卡塔琳娜比他想象的更难于就范，不过塞尔·皮埃罗则以征服心灵的能手而闻名。他年方二十四，衣着考究，相貌英俊，身强体壮，非常自信，表白爱情娓娓动听，他的花言巧语能把涉世不深的女人迷住。卡塔琳娜抗拒了很久，祈求纯洁的贞女玛丽亚帮助，可是最后终于没能守住阵地。当托斯卡纳的鹌鹑已经被秋天的野果喂得体肥力壮纷纷飞离内沃雷河谷的时候，她怀孕了。
塞尔·皮埃罗跟贫穷的孤女——安基亚诺村小酒馆的侍女发生关系的事，传到安东尼奥·达·芬奇先生的耳朵。他威胁儿子要对他进行父亲的诅咒，急急忙忙打发他返回佛罗伦萨，那年冬天，用他本人的说法，为了“小伙子变得老成持重”，让他娶了阿比埃雷·达·乔万尼·阿玛多里小姐，这个姑娘虽然已不年轻而且不漂亮，但出身于名门望族，拥有丰厚的妆奁。与此同时，把卡塔琳娜嫁给芬奇村一个靠打零工度日的贫困庄稼人，此人是塞尔·皮埃罗·德尔·瓦卡的儿子，名叫阿卡塔布里加，性情粗暴，据说喝醉酒时毒打第一个妻子，竟然使她丧命。阿卡塔布里加贪图答应给他的三十个佛罗伦和一小片橄榄林，并不在乎以自己的名誉来遮盖别人的罪过。卡塔琳娜顺从地屈服了，可是却生了一场大病，分娩后险些没有死掉。她没有乳汁。为了哺育小列奥纳多——这是给婴儿取的名字——从阿尔巴诺山抓来一只山羊。塞尔·皮埃罗尽管爱着卡塔琳娜，很思念她，但也同样屈服了，只是请求父亲把列奥纳多接到自己家来抚养。那个时代，私生子算不得丢人的事儿，几乎总是得到跟合法的婚生子平等的教养，甚至有时更受优待。祖父同意了，更何况儿子的初婚没有生儿育女，于是他就把抚养男孩子的任务交给了自己的妻子，也就是善良的老祖母卢奇娅·迪·皮埃罗-卓济·达·巴卡雷托太太。
二十四岁的佛罗伦萨公证人跟被诱惑的安基亚诺小酒馆女招待非法爱情的儿子列奥纳多，就这样走进了慈善而虔诚的达·芬奇家庭。
佛罗伦萨市国家档案馆里保存的1459年户籍册中，有一份作为公证人的祖父安东尼奥·达·芬奇亲手填写的材料：
“列奥纳多，现年五岁，为上述塞尔·皮埃罗·达·芬奇与现为皮埃罗·德尔·瓦卡之妻的卡塔琳娜之非婚生子。”
列奥纳多恍恍惚惚地记得母亲，特别是她那从嘴角上掠过的笑容是那么温柔，几乎是难以察觉，好像是有些狡黠，在那张纯朴、凄凉、严肃、美丽的脸上显得充满神秘感。有一次，在佛罗伦萨美第奇花园圣马可博物馆里，他看见一尊在古老的伊特鲁里亚城市阿雷佐发现的塑像——库柏勒的小铜像，这个古老的大地女神面带笑容，跟他的母亲，芬奇村的年轻村女一模一样。
画家写作《绘画论》一书时，曾经提到卡塔琳娜：
“你是否注意到，山区妇女虽然穿着粗糙和寒碜的衣服，但却以其美丽让那些衣着讲究的人折服？”
了解他母亲青年时代的人都说，列奥纳多长得很像她。特别是细长的手如丝绸一样柔软，金黄的卷发，以及他微笑时的那副模样，都让人想起卡塔琳娜。他从父亲身上继承了强壮的体魄、无穷的力气和对生活的热爱；而从母亲那里继承的则是渗透他的整个肌体的女性美。
卡塔琳娜和丈夫住的那栋小房子离安东尼奥的庄园不远。祖父每天中午都要睡一会儿，阿卡塔布里加这时也赶着牛在田地里干活，于是男孩子便穿过葡萄园，翻过墙，跑到母亲那里去。夜间，列奥纳多跟卢奇娅祖母一起睡在家里那张大床上，他轻轻地爬起来，匆匆地穿上衣服，不发出一点儿动静，打开护窗板，爬到窗外，顺着那棵枝叶繁茂的无花果树下到地上，向卡塔琳娜家跑去。青草沾满露水，叫人感到冰凉，长脚秧鸡夜间发出鸣叫，荨麻的刺儿和尖利的石块扎在赤脚上一阵灼痛，远方星光闪闪，想到祖母醒来找不到他而胆战心惊，但是他对这一切却感到很甜蜜，他在昏暗中爬到卡塔琳娜的床上，投到她的怀里，全身紧紧地贴在她的身上，虽然有一种罪恶感，但他也同样感到甜蜜。
卢奇娅太太很爱自己的孙子，也很娇惯他。他记得祖母总是穿着同一款式的深褐色长衣，头上扎着白头巾，露出一张布满皱纹的和善的脸来，她轻轻地哼着摇篮曲，她做的乡下烤甜饼上面结着一层烤焦的酸乳硬壳，味道非常甜美。
可是他跟祖父却没有搞好关系。起初，安东尼奥先生亲自教孙子学习。孩子不乐意听他讲课。他满七岁那年，进入芬奇村附近的圣彼特罗尼拉教会小学。他对拉丁文课程也不心甘情愿地学习。
他有时早晨离开家，并不到学校去，而钻进芦苇丛生的荒凉山谷，仰面朝天地躺在地上，观看头上飞过的鹤群，一躺就是好几个小时，心里充满羡慕之情。或者小心翼翼地翻开花朵，绝不把花瓣弄掉，只见低垂的柱头上挂满蜜汁，为花的构造、雄蕊和花药惊诧不已。每当安东尼奥先生到城里办事去的时候，小纳多利用祖母的善良，整天跑进山里去，奔波在悬崖峭壁顶上人迹罕见只有野山羊出没的小径上，攀上阿尔巴诺山光秃秃的顶峰，从那里四下眺望，无边无际的草原、森林和田野、福切基奥沼泽、皮斯托亚、普拉托、佛罗伦萨、阿普亚诺的阿尔卑斯山雪峰尽收眼底，要是遇到晴天，还能看见深蓝色的地中海。回到家的时候，已经浑身沾满尘土，衣服被划破，脸被晒黑，可是精神却十分愉快，卢奇娅太太没有勇气骂他和向祖父告状。
孩子生活得很孤独。弗兰切斯科叔叔对他很亲切，父亲也时常给他带来一些城里的糖果，可是这两个人一年的大部分时间都是在佛罗伦萨度过的，列奥纳多很少能见到他们，他跟学校的同学则根本合不拢。他们的游戏跟他格格不入。他们抓到蝴蝶把翅膀给揪下来，津津有味地看它如何爬行——凡是这种场合，列奥纳多总是痛苦地皱着眉头，脸色煞白地走开。有一次，他在牲口饲养院里看见年老的女管家宰杀一只为过节食用而催肥的乳猪，只见可怜的小猪在拼命挣扎和尖声地号叫——他从那以后有很长时间坚决拒绝吃肉，也不说明原因，引起安东尼奥先生大为恼火。
有一次，一些同学捉到一只鼹鼠，把这个吓得半死半活的小东西的爪子给捆绑上送给牧羊犬撕咬，欣赏着它的痛苦。领头的是一个叫罗索的同学，他虽然很聪明，但却是个天不怕地不怕的十分残忍的淘气鬼。列奥纳多奔过去，把三个孩子给摔倒——他很有力气，而且很机灵——同学们完全没有料到一向无声无息的纳多会做出这种事情来，一个个都惊呆了，纳多利用这个机会抓起鼹鼠，拼命向野地跑去。同学们明白过来以后，便大喊大叫地去追赶他。他们一边笑着，一边骂着，打着口哨，向他抛石块。身材细高的罗索——他比纳多年长五岁——揪住他的头发，于是打起架来。假如不是园艺工匠吉安-巴蒂斯塔及时赶到，他们会把列奥纳多打个好歹。可是列奥纳多却达到了目的。在打架的工夫，鼹鼠逃命了。列奥纳多打到兴头上，为了自卫，打伤了向他进攻的罗索的眼睛。这个淘气鬼的父亲是邻近一个显宦庄园的厨师，他来找祖父告状。安东尼奥先生大发雷霆，想要狠揍孙子一顿。祖母出面干预，才使他免遭毒打。只是把纳多锁在楼梯下面的仓库里关了几天禁闭。
这是他一生中注定遭受的无数不公正待遇的第一起，他后来回忆起来，在日记中问自己：
“你在童年时本来做得很对，可是却把你给关进监狱——现在你已经是成年人了，人们会怎样对待你呢？”
孩子被关在黑暗的仓库里，一缕光线照到一面蜘蛛网上，只见一只蜘蛛在网的中心吃一只苍蝇。被捕获的苍蝇扑棱着爪子，嗡嗡的声音越来越弱。纳多本来可以像救鼹鼠似的把苍蝇救出来，可是一种朦胧的无法遏止的感情制止了他：不要妨碍蜘蛛吞食自己的猎获物，观察一下这只凶恶的昆虫的贪得无厌，表现出一种不动声色的和无可非议的好奇心，就跟对花的奇异构造一样。