当树木开始发芽的时候，列奥纳多和弗兰切斯科整天在果园里和附近的树林里消磨时光，观察植物生命的复苏。画家有时画一棵树或一朵花，努力像画肖像一样捕捉那种生动的相似之处——它那种特殊的，独一无二的风貌，这是任何时候在任何地方都不可能复现。
他向弗兰切斯科讲解道，树的横截面上的圆圈每年增加一个，叫作年轮，因此根据其数目可以知道这棵树的年龄；还可以根据每圈年轮的厚度来判断相应的那一年的降水量，也可以根据年轮的厚度来判断树的长势，年轮朝南的那一部分由于接受阳光多——就厚一些，所以树干的中心经常偏向于树的北侧。
他还讲道，春天的汁液集聚在茎的内部表皮和外壳之间，使茎的质地细密，使茎膨胀并且出现皱褶，在前几年的裂隙中形成新的更深的裂隙，植物的体积这样就增大了。如果把一根枝割断或者划破茎皮，那么生命的医治力量就会把更多的营养成分吸引到患处来，患处得到比其他地方更多的营养，所以后来愈合处的皮就更厚一些。汁液的力量是强大的，达到均衡之后，不能自动停止，超过了患处的需要，便在那里鼓出来——形成节疤赘疣，“犹如沸腾的水上的气泡”。
列奥纳多谈论大自然时，语气平和，甚至冷漠枯燥，只关心科学的明确性。春天的植物本来是生机盎然的，可是他讲起来却不动声色，只注意精确性，好像是谈论死的机器一样：“茎和枝形成的角度越尖锐，枝的年限就越短并且单细。”他把松树和杉树的针叶整齐的锥形排列归结为抽象的数学多面体定理。
然而，弗兰切斯科在这不动声色和冷漠的讲解中却感觉到了他对一切生机的热爱——他爱皱皱巴巴的，如同新生婴儿的小脸一样的初生嫩叶，他爱在阴影中奋力奔向阳光的粗壮的老枝，他爱如同沸腾的血液一样的努力救助患处的汁液。
他有时在树林里停下脚步，长时间地微笑着观看，嫩绿的小草从去年的落叶底下钻了出来，经过冬眠之后体质衰弱的蜜蜂艰难地钻进还没有完全开放的冰凌花的花蕊。周围一片寂静，弗兰切斯科听见自己的心跳。他怯生生地仰脸看着老师：阳光透过枝叶的空隙照到列奥纳多的浅色头发、长长的胡须和浓密的眉毛上，在他的头上形成一个光环；他的脸安详而美丽；他在这种时刻里很像希腊神话中的森林之神潘，他倾听叶子在生长，地下泉水汩汩，生命的神秘力量在复苏。
对于他来说，一切都是有生命的：宇宙是一个大机体，人体是一个小宇宙。
他在一颗露珠里看到了包裹着地球的水气层。玛尔特赞那运河从瓦普里奥附近的特莱佐镇开始，那里建有水闸，列奥纳多时常去研究瀑布和河水中的漩涡，他把这比作女人卷发的波纹。
“你注意，”他说，“头发有两条流动线：一条是直的，这是主要的，由于其自身的重量而下垂，另一条是回旋的，它把头发卷成的圆圈，形成卷发。水的运动也是如此，一部分往下面流淌，另一部分形成漩涡，也就是水流的弯曲，如同卷发一样。”
各种自然现象中有许许多多相似与和谐，仿佛是来自不同世界的和声，这像谜一样吸引着画家。
他在研究彩虹的产生时发现，同样的颜色闪变也见之于禽类的羽毛、腐烂的植物根部周围的死水、宝石、旧的不透明的玻璃。他在树上冰花和窗上冰霜的纹理中发现了与活的叶子、花草的相似之处——仿佛大自然在冰晶的世界中梦见了植物的生命。
他有时感到，在走近一个新的伟大的知识世界，但这个世界只能在未来的世纪才能被打开。譬如关于磁力和把琥珀在呢绒上摩擦而产生的力，他在日记中写道：“我找不到人的智慧可以用来解释这种现象的方法。我认为磁力是许多迄今人类未知的力之一。世界充满无数的可能性，这些可能性任何时候都没有显现出来。”
有一天，住在瓦普里奥附近贝尔加莫的诗人朱多托·普雷斯蒂纳里前来做客。进晚餐时，列奥纳多没有充分地赞扬他的诗作，于是这位诗人很生气，便挑起一场关于诗歌比绘画优越的争论。画家沉默不语。可是后来诗人毫不顾情面，这反而逗乐了画家；画家半开玩笑地反驳他说：
“绘画之所以高于诗歌，”列奥纳多说，“因为描绘的是上帝的事，而不描绘人的杜撰；诗人则只满足于人的杜撰，起码当今的诗人是如此：他们不是描绘，而只是描摹，从他人那里借用已有的一切，贩卖别人的货色；他们只是编造——汇集成各种科学的旧式殿堂；可以把他们比作销售赃物的商贩……”
路加修士、梅利齐和加莱奥托纷纷驳斥他，列奥纳多不知不觉地被争论所吸引，说了起来，但已经不再是开玩笑了：
“眼睛比耳朵能向人提供更完美的知识。看见的比听说的更可靠。这就是为什么绘画是无声的诗，比诗歌更接近于精确的科学，诗歌则是没有视觉形象的绘画。在语言的描写中——只有一系列单个的形象，一个接着一个地一闪而过；而在绘画中，所有的形象，所有的色彩都是结合在一起的，汇成一体，就像和声一样，这使绘画跟音乐一样，比诗歌具有更大程度的和谐。没有高度的和谐，也就没有高度的美。——可以问问一个恋人，他觉得什么更让他心情愉快，是情人的肖像还是诗人的描写，即使是最伟大的诗人的描写。”
在场的人都对这个结论笑了起来。
“我曾发生过这么一件事，”列奥纳多继续说，“佛罗伦萨一个青年喜欢上了我在一幅画里画的女人面容，他便把这幅画买了去，想要消除可以看出这是一幅圣像的一切特征，以便能够无所畏惧地亲吻这个可爱的形象。可是良心克制了爱情的愿望。他把这幅画从家里拿走了，否则他就不会得到安宁。瞧，诗人，你们也可以试试看，描写女性的美，唤起人这种强烈的情欲。是的，先生们，我说的不是我自己——我知道，我还有许许多多不足——可是有的画家却能够达到完美的程度：由于静观的力量，他真的成了超人。他想要成为天堂的美的观察者，或者是怪诞的、可笑的、悲哀的、可怕的形象的观察者——一切的主宰者，像上帝一样！”
路加修士责怪列奥纳多不把自己的著作编订成集，印刷出版。他建议找一个出版商。可是列奥纳多坚决谢绝了。
他彻底地忠实于自己的信条：生前没有刊出一行文字。而他写作札记，犹如与读者娓娓而谈。他在一本日记的开头请求原谅札记的杂乱无章和经常重复：“读者哟，请你不要为此责骂我，因为写的课题无其数，我的记忆不可能将其收容无遗，无法知道以前的札记谈了什么和没谈什么，尤其是我写作时断时续，分散在一生的不同年代。”
有一次，他希望表现人类的精神发展，便画了一系列立方体：第一个倾斜，压倒第二个，第二个压倒第三个，第三个压倒第四个，如此无尽无休。底下写了题词：“一个推倒另一个。”然后又加了一句：“这些立方体表示人类一代一代的繁衍和知识的发展。”
他在另一幅画上画了一张耕地的犁，题词是：“百折不挠的刚毅。”
他相信，在这一系列倾倒的立方体中也会轮到他——有朝一日人们也会对他的号召做出响应。
他就像一个在黑暗中过早醒来的人一样，大家还都在酣睡。他在自己亲近的人中间是孤独的，用秘而不宣的文字书写日记是为了给遥远的弟兄看的，他是荒原里的播种者，在拂晓前的黑暗中就到田野去了，以“执着的刚毅”用犁耕耘着。