11月上旬，路易十二隆重地庆祝了女儿的诞生，然后接受米兰人的宣誓，任命特里乌齐奥元帅为伦巴第总督，便返回法兰西去了。
大教堂里举行向圣灵谢恩的弥撒。城里恢复了平静，但这只是表面的：民众很憎恨特里乌齐奥，因为他残忍而阴险。摩罗的拥护者们煽动百姓暴乱，暗中散发号召书。许多人不久前还以讥笑和谩骂欢送他逃跑，可是如今想起他来却把他当成了最好的君主。
1月末，一伙人在蒂齐诺城门附近捣毁了法兰西收税员的柜台。同一天，在帕维亚附近的拉迪拉戈庄园，一个法兰西士兵企图糟蹋一个年轻的伦巴第妇女。她进行自卫，用笤帚往这个欺凌者的脸上抽打。士兵拿起斧子威胁她。她的父亲听见叫喊声，拿着棒子跑来。法兰西人砍死了老人。于是集聚来一批人，把那个法兰西士兵杀了。法兰西人向伦巴第人发起进攻，杀了许多人，荡平了整个村落。消息传到米兰，成了落到火药库里的一颗火星。民众在广场、街道、市场上设置了障碍物，疯狂地叫喊着：
“国王滚出去！总督滚出去！打死法兰西人！摩罗万岁！”
特里乌齐奥人数太少，不足以抵御这座城市的三十万居民。他把大炮架在临时充当炮楼的教堂钟楼上，把炮口对准民众，下令根据他的信号开炮。为了平息民众的怒火，他想要做最后一次尝试，便来到广场上说服他们。可是假如不是一队瑞士雇佣兵在队长库尔森日的率领下从要塞冲出来救援，让他有可能及时地逃进市政厅大厦，他就得一命呜呼。
开始了烧杀掠抢。落到暴乱者手里的法兰西人以及被怀疑同情法兰西人的市民遭到严刑拷打和被处死。
2月1日夜间，特里乌齐奥偷偷溜出要塞，把要塞留给德斯庇队长和科德贝卡尔守卫，自己逃跑了。同一天夜里，从日耳曼回国的摩罗受到科莫城居民的热烈欢迎。米兰的市民把他当成救星，盼望他早日归来。
在暴乱的最后几天，列奥纳多害怕遭到炮击——邻近已经有几栋房子毁于炮击——便迁到地窖里，安上烟囱，架起炉灶，布置了几个住人的房间。这里好像是一座要塞，家里凡是贵重的东西：绘画、手稿、图书和仪器等全都搬过来。
这时，他最后决定到塞萨尔·博尔吉亚那里去供职。他跟阿加皮托先生签署的协议规定，列奥纳多应该不晚于1500年夏抵达罗马涅，他打算在此之前到自己的老友吉罗拉莫·梅利齐那里去，以便在他那座离米兰很近的宁静的瓦普里奥庄园度过战争和暴乱的危险时期。
2月2日是奉献节，路加·帕乔利一大早就跑来见列奥纳多，通知说城堡里发大水了：米兰人路易吉·达·波尔托从前给法兰西人效力，现在投靠了暴乱者，夜间打开为罗凯塔城堡护城河供水的运河水闸。洪水溢出，淹没了城堡附近的磨坊，灌进存放火药、奶油、粮食、葡萄酒和其他给养的地窖；这样一来，假如法兰西人不能花费很大力气抢救出一部分——饥饿就得逼着他们投降，交出要塞，这也就是路易吉先生所期望的。发大水期间，韦切利城门外地区与城堡相毗邻的运河出槽，那里地势低洼，完全被洪水淹没，也淹了坐落在那里的圣恩玛丽亚修道院。路加教兄向画家表述了自己的担心，即洪水是否损坏了《最后的晚餐》，因此建议他前去看看壁画是否完好无损。
列奥纳多故意装出无所谓的样子，说他现在没有时间，说他并不为《最后的晚餐》担心——壁画在高处，潮气不会给它带来危害。可是帕乔利刚刚离开，列奥纳多便向修道院跑去。
走进食堂，他看见砖地上有一摊摊肮脏的积水——这是洪水退去以后残留下来的。室内散发着潮气。一个修士说，水位曾达到四肘。
列奥纳多走到画着《最后的晚餐》的那面墙跟前。
颜色看样子很新鲜。
通常画壁画使用的是水彩，而他用的却是油彩，是他本人发明的，透明而且柔和。他在绘画之前处理墙壁也有自己的绝招：首先涂上一层用刺柏漆和阿利芙油调配的黏土浆，在第一层底色上面再涂第二层——用的是鱼胶脂、焦油和石膏。一些有经验的画师认为这里地势低洼，墙壁潮气太大，油彩不会耐久。可是列奥纳多一向热衷于新的试验，探索艺术的新途径，因此毫不理会别人的建议和警告，而坚持己见。他对用水彩绘制壁画很反感，因为抹石灰要求快速和一气呵成，这些正好与他的气质格格不入。“不进行怀疑的画家不会取得大的成就”，他对此坚信不疑。他认为必须怀疑、动摇、修改、摸索探求，因此工作进展缓慢，这种工作方式只有用油彩绘画时才有可能。
他俯在墙上，用放大镜仔细观察画的表面。突然在左下角桌上台布底下，使徒巴多罗买的脚下发现一道小裂缝，旁边的颜色有些变浅，出现如白霜一样的霉变。
他的脸色变得煞白，可是他立刻就控制住自己，又继续进行观察。
第一层底色由于受潮有些翘起，从墙上剥离，把上面的一层石膏和薄薄的着色层鼓起来，形成了肉眼难以察觉的裂纹，从这些裂缝中往外面渗漏着墙上疏松的旧砖里含硝的潮气。
《最后的晚餐》的命运决定了：颜色本来可能保存四十年，甚至五十年，尽管画家本人没有看到褪色，但有一个可怕的事实却是确凿无疑的：他的伟大作品之一毁灭了。
离开食堂以前，他最后一次看看基督的面容——仿佛他只是第一次看见——突然明白了，这幅作品对于他来说是多么珍贵。
随着《最后的晚餐》和大型雕塑的毁灭，把他跟活着的人们——即使不是亲近的人们，起码也是较远的人们——维系在一起的那些线都被斩断了，如今他孑然一身，孤独更加难忍。
大型雕塑的尘土被风吹散了；曾经画着基督面容的那堵墙上霉菌遮盖上了晦暗的剥蚀成鳞片形的色彩，于是维持着他的生命的一切都像影子一样消失了。
他回到家里，走进地窖，经过亚斯特罗卧病在床的那个房间时，停下来片刻，只见贝特拉菲奥正在用凉水给病人做湿敷。
“又发烧了？”老师问道。
“是的，说胡话。”
列奥纳多俯下身去，想要查看一下绷带包扎，听到病人昏迷中发出不连贯的呓语。
“高一些，再高一些！直接朝着太阳。翅膀可别燃烧了。小吗？从哪儿来？你的名字叫什么？力学？我从未听说过谁取了‘力学’这个名字。你龇牙干什么？……算了吧，别来这一套。开开玩笑也就够了。拖，拖……我不能，等等——让我喘口气……咳，我要死啦！……”
一声惊叫从他胸中冲出来。他觉得他正在落进无底的深渊。
然后又急匆匆地喃喃道：
“不，不，不要讥笑他！是我的过错。他说过，翅膀还没准备好。当然……我丢人了，给老师丢脸了！……你听见了吗？这是什么？我知道，说的是小鬼，小鬼中间最沉重的一个——力学！……”
“魔鬼就带他进圣城耶路撒冷，”病人像是在教堂里诵读经书似的，拉着腔调继续说，“叫他站在殿顶上，对他说：你若是神的儿子，可以跳下去。因为经上记载着，主要为你吩咐他的使者，用手托着你，免得你的脚撞到石头上……可是我忘记了他对力学小鬼说了些什么。你不记得吗，乔万尼？”
他看了看乔万尼，那目光几乎跟清醒时一样。
贝特拉菲奥以为他还在说呓语，因此没有回答他。
“你不记得吗？”亚斯特罗执着地继续问道。
为了让他安静下来，乔万尼从《路加福音》第四章第十二节中引用了一句话：
“耶稣对他说：经上说，不可诱惑主，你的神！”
“不可诱惑主，你的神！”病人带着一种难以形容的感情重复着——可是立刻又开始说起呓语来：
“湛蓝的，湛蓝的天空，没有一丝云彩……没有太阳，而且也不会有——上面，下面，都是蓝天。不需要翅膀了。噢，要是老师能了解就好了，多么幸福，掉到天上软绵绵的！……”
列奥纳多看看他，心里想道：
“是由于我，他是由于我而毁了！我诱惑这个孩子，让他和乔万尼一样中了邪！……”
他把手放在亚斯特罗滚烫的前额上。病人稍稍地安静一些，睡熟了。
列奥纳多进入自己在这地窖里的房间，点上蜡烛，埋头于运算。
为了避免设计翅膀时出现新的错误，他开始研究风——空气流动力学，根据波浪——水流力学的原理。
“如果你把两块大小相同的石子隔着一定的间距先后抛进平静的水里，”他在日记中写道，“那么水面上便产生两个不断扩大的圆圈。不禁要问：一个圆圈逐渐扩大，与另一个也在逐渐扩大的圆圈相遇，它会把另一个圆圈切开，进入里面去，还是两个波浪相撞之后在接触点上按照相同的角度分离开呢？”
自然界解决这个力学问题十分简单，强烈地吸引着他，他在这段话的一旁又加了一个评语：
“Questo e bellissimo，questo e sottile！——可真是个最美妙的问题，很微妙！”
“我根据试验能做出回答，”他继续写道，“两个圆圈相交叉，不汇入一体，不混在一起，而是石子落到水面上的地方一直保持其圆心的地位。”
经过运算，他坚信，数学以理性的内在必然规律证明了力学的自然必然性。
时间一个小时跟着一个小时无声无息地飞驰而过。天黑了。
吃过晚饭之后，列奥纳多跟学生们在一起闲谈休息一会儿，又开始工作了。
凭着熟悉的尖锐和明确的思想，他预感到他已经接近了一个伟大的发现。
“你瞧，风在田地里驱赶着麦浪，麦浪相互追逐，一个跟着一个，可是麦秆虽然弯曲，却原地不动。在不流动的水面上，波浪也是这样运动的。由于抛到水中的石子而产生的或者被风吹起的涟漪，称作水的振动比称水的运动更为恰当——如果把一根草棍扔到两个分离开的圆圈上，你会观察到，它只是晃动，而不运动，根据这一点，你就对上述论点深信不疑。”
扔草棍的试验提醒他想起另一个他在研究声音运动规律时已经做过的类似试验。他把日记翻回几页，读道：
“敲一口钟，邻近的另一口钟便会震颤，并且发出嗡嗡声来回应它；诗琴上的弦发声时，能迫使邻近的另一个诗琴上相同音阶的弦也发出声音来，如果把一根草棍放在上面，你就会看见它在颤动。”
他怀着一种难以表述的激动心情，感觉到这两种如此不同的现象之间存在着联系——颤动的草棍之间存在着一个完整的还没有被认知的世界—— 一方面是水波，另一方面是发出声音的琴弦。
突然间，一个光辉耀眼的思想，如一道闪电，在他的头脑里闪现出来：
“这里也好，那里也好，都是同一个力学规律！由于抛进水中的石子而产生的波浪，跟声波在空气中扩散一样，相互交叉，并不混合在一起，而保留着每个声源为圆心。——那么光呢？恰如有回声一样，光线在镜子上的折射就是光的回应。一切力学现象中存在着一个统一的力学规律。第一推动力呀，你的统一意志和公正性就是：落角等于折角！”
他的脸色苍白，目光炯炯。他感觉到，这一次，他又比以前更近地窥视了那个无底深渊，在他之前任何人还从来没有窥视过。他深知，这一发现，如果经过试验证实，就是自从阿基米德以后力学中最伟大的发现。
两个月以前，他收到奎多·贝拉迪一封信，其中说到刚刚传到欧洲的一则消息：巴斯科·达·伽马渡过两个大洋，绕过非洲最南端的地角，发现了通往印度的新航路，列奥纳多得知这个消息以后，很羡慕他。可是现在，他有权说，他的发现比起哥伦布和巴斯科·达·伽马的发现更加重大，因为他看见了比新的天空和新的陆地更加神秘的远方。
墙的那边响起了病人的呻吟声。画家听了一会儿，立即想起了自己的不幸——大型雕塑毫无意义地被毁坏了，《最后的晚餐》毫无意义地被毁坏了，亚斯特罗愚蠢而又可怕地摔坏了。
“难道，”他想道，“这个发现也将不留痕迹地毁灭吗，就像我所做的一切那样被埋没吗？难道任何时候任何人都不会听到我的声音吗？我将永远跟现在一样孑然一身——在这地下的黑暗中，仿佛是被活埋了似的——带着关于翅膀的幻想？”
可是这些想法并没有压下他的喜悦。
“就让我孤单好了！就让我处在黑暗中，处在默默无闻中，处在被遗忘之中吧。就让任何人任何时候都不了解吧。可是我知道！”
这种坚强有力的感觉和胜利的喜悦充溢了他的心灵，仿佛他终生所渴望的翅膀已经创造出来，带着他越飞越高。
他在地窖里感到气闷，他想要到广阔的天地里去。
他离开了家，向着大教堂广场走去。