列奥纳多离开公爵时尽管已经夜深了，可是他却到圣法兰西斯修道院去了，他的学生乔万尼·贝特拉菲奥患病正待在那里。四个月以前，跟塞萨尔谈论基督的两副面容之后不久，他患上了寒热症。
那是在1498年12月下旬。有一天，乔万尼去看望自己从前的老师贝内德托修士，在那里遇到了来自佛伦罗萨的客人——多米尼克派修士保罗教兄。根据贝内德托和乔万尼的请求，保罗向他们讲了萨沃纳罗拉死亡的情况。
行刑规定于1498年5月23日上午9时在长老议会广场故宫前举行，焚烧奢侈品和火中决斗也都是在那里进行的。
长长木板人行道的尽头拢了一堆火，一旁立着一个绞刑架——一根很粗的木桩一头埋在地里，上端设一横梁，横梁上挂着三副绞索和铁链。木匠们花了很大力气，制作横梁花了很长时间，忽而把它锯短，忽而把它接长，可是最后做出来的绞刑架形状上却很像一个十字架。
广场上跟进行火中决斗那天一样，人山人海，窗户上、敞廊里、房顶上，处处都是人。
被判处死刑的吉罗拉莫·萨沃纳罗拉、多米尼科·布昂维奇尼和西尔韦斯特罗·玛鲁菲从宫殿的门里被押解出来。
他们在木板人行道上走了几步，走到教皇亚历山大六世的特使瓦松大主教的台前停下。大主教站起来，抓住吉罗拉莫教兄的一只手，用不坚定的声音宣读革除教籍的决定，他没有抬起眼睛看萨沃纳罗拉，可是萨沃纳罗拉却直盯着他的眼睛：
“Separo te ab Ecclesia militante atque triumphante.兹代表战斗的和无往而不胜的教会，宣布革除你的教籍。”
“Militante，non triumphante，hoc enim tum non est．你无权代表战斗的和不能取胜的教会。”萨沃纳罗拉订正他说。
从被革除教籍的人身上剥下衣服，只给他们留下内衣——然后他们继续往前走，又两次在教会审判长的台前停下，审判长宣布了教会法庭的判决书，后来又在佛罗伦萨共和国八人团的台前停下，该八人团代表人民宣布判处他们死刑。
走在最后一段路上，西尔韦斯特罗一脚踩空，差一点儿没有跌倒，多米尼科和萨沃纳罗拉也撞到他身上。后来查清，原来是一些流落街头的淘气鬼，前神圣军团的士兵们钻到木板人行道的底下，从木板缝里伸出削尖的木棍，想要刺伤死囚们的脚。
西尔韦斯特罗·玛鲁菲教兄是个游方僧，应该第一个走上绞刑架。他仿佛根本没有意识到要如何处置他，表现出毫不介意的样子，登上绞刑架。可是当行刑人员把绞索套在他的脖子上的时候，他却牢牢地站在梯子上，仰面朝天，高呼道：
“天主哇，把我的灵魂交给你吧！”
然后没有要行刑人员帮助，自己英勇无畏地从梯子上跳下来。
轮到多米尼科教兄的时候，他兴奋地等待着，左右替换两只脚站着，给他发出信号，他就向绞刑架奔过去，脸上露出笑容，仿佛要直接进入天堂。
西尔韦斯特罗的尸体悬挂在横梁的一端，另一端挂着多米尼科。中间的位置留给萨沃纳罗拉。
他登上梯子，停下以后垂下目光，看着下面的人群。
一片寂静，好像是在鲜花圣玛丽亚大教堂进行布道的前夕。可是当他把头套进绞索里的时候，有人喊道：
“预言家，显示一下奇迹吧！”
没有人能明白这是讥笑还是疯狂信仰的叫喊。
行刑人员把他从梯子上推下来。
一个生着温顺的面孔的老手艺匠一连数个小时守护在火堆旁——吉罗拉莫教兄刚一吊起来，他急忙画个十字，把燃烧着的火炬扔进柴堆里，说了萨沃纳罗拉点燃奢侈品的火堆时说过的那番话：
“为了圣父、圣子和圣灵！”
火燃烧了。但风势把火焰吹向另一边。人群骚动起来。人们相互拥挤着，惊恐地四处逃散。传来叫喊声：
“奇迹，奇迹！奇迹！没有燃烧！”
风停了。火焰重又垂直升起，吞噬了尸体。绑着吉罗拉莫教兄双手的绳子烧断了——两只手耷拉下来，好像是在火中活动着，许多人觉得他是最后一次为百姓们祝福。
火堆熄灭了，铁链上只剩下烧成炭的骨头和碎肉，萨沃纳罗拉的门徒们挤到绞刑架前，想要收拾受难者们的遗骸。守兵把他们赶开了，把骨灰装到车上，运到老桥去准备扔进河里。可是在途中，“孩儿们”抢去一撮骨灰和一小块据说是萨沃纳罗拉没有烧毁的心脏。
保罗教兄讲完之后，拿出一小口袋骨灰给两个听的人看。贝内德托亲吻了很久，泪水把小口袋淋湿了。
两个修士做夜祷去了。乔万尼一个人留下来。
他俩回来以后发现他躺在基督受难十字架前昏迷过去了，只见他冰凉的手里紧紧地攥着那个小骨灰口袋。
乔万尼躺了三个月，在生与死之间挣扎着。贝内德托教兄一刻也没有离开他。
在静悄悄的夜里，他坐在病人的床前，时常听到他的呓语，感到毛骨悚然。
乔万尼在呓语中提到萨沃纳罗拉、列奥那多·达·芬奇和圣母——她在荒原里在沙土上画着几何图形，教圣婴基督永恒的必然的法则。
“你说什么？”病人带着难以表达的痛苦重复着，“你不知道没有奇迹，那杯苦酒不能离开你，正如两点之间最短的距离不可能不是直线！”
折磨他的还有另一种幻象——基督的两副面容，二者既相像又截然相反，像是两个同貌人：一个充满人的苦难和软弱无力——这是在石头上祈求奇迹的那个基督的面容；另一副是可怕的、与人格格不入的、威力无边的和无所不知的基督的面容，这是成了血肉的太初之道，这是第一原动力。这两副面容相对而视，仿佛是决斗中两个永恒的对手。可是当乔万尼仔细观看时——那副温顺的悲哀的面容发暗了，扭曲了，变成了恶魔，就是当年列奥那多在讽刺萨沃纳罗拉的那幅漫画中所画的那个恶魔，在揭露自己的同貌者，把他叫作反基督……
贝内德托教兄拯救了贝特拉菲奥的生命。1499年6月初，他完全康复了——尽管修士一再央求和开导，乔万尼还是回到了列奥纳多的画室。
同年7月末，法兰西国王路易十二的军队在奥本伊·路易·卢森堡和让-雅克·特里乌尔乔的统率下越过阿尔卑斯山，进入伦巴第。