第二天，还是在贝拉迪那个很像船舱的房间里，画家向奎多先生证明哥伦布关于天堂位于梨形地球的乳头上的意见是荒唐的。
奎多起初很注意地听，进行反驳和争论，后来突然一声不吭了，表现出很难过的样子，好像是因为列奥纳多说出了真理而生他的气。
过了一会儿，奎多抱怨腿疼，让人把他抬到卧室去了。
我为什么要伤害他呢？画家想，他需要的不是真理，跟萨沃纳罗拉的门徒们一样，需要的是奇迹。
他翻阅自己的工作日志，其中有几行文字映入他的眼帘，这是在百姓们砸坏了他的房子要求圣钉那个值得纪念的日子里写的：
“噢，第一推动力，你的公正性是多么奇妙！你不让必然的行为失去秩序和质量的任何力量：因为，假如它能够推动物体运动一百肘并且在运动途中遇到阻碍，那么你就会让推力再产生新的运动，用各种推动和振动而获得力量完成未完成的那段运动。噢，第一推动力，你的必然是神圣的——你以自己的法则迫使一切结果通过最简捷的途径从原因中脱颖而出。这才是奇迹！”
画家想起了《最后的晚餐》和他一直在寻找但尚未找到的基督面容，感到这段关于第一推动力，神圣的必然和完全英明的基督说的“你们中间有一个人将出卖我”之间应该有一种联系。
晚上，乔万尼来看他，向他讲了这天发生的事件。
长老议会下令吉罗拉莫和多米尼科离开佛罗伦萨。“狂热分子”们了解到他们迟迟不肯动身，便携带枪炮，率领数不清的百姓把圣马可修道院包围起来，当修士们做晚祷的时候，他们冲进教堂。修士们进行自卫，用燃烧着的蜡烛、烛台、木质和铜质基督受难十字架还击。在火药的团团浓烟中，在火光的照耀下，他们显得很可笑，像是一群狂怒的鸽子，同时又很凶恶，像是一群魔鬼。一个人爬上教堂的屋顶，往下抛掷石块。另一个人跳到神坛上，站在基督受难十字架前用火绳枪射击，每放一枪都高喊一声：“愿主保佑！”
经过猛攻，修道院被占领。弟兄们劝说萨沃纳罗拉逃走。可是他却和多米尼科一起向敌人投降了。他俩被关进监狱。
长老议会的卫兵们想要保护他们免遭人群的侮辱，或者是故作想要保护他们的姿态，但是并未奏效。
有人从后面打吉罗拉莫的嘴巴，模仿着教堂里唱圣诗的腔调，哼哼着：
“预言家，预言家，你瞧，信神的人，是谁打了你，预言家！”
另外一些人在他的脚下用四条腿爬行，仿佛是在烂泥里寻找什么东西，像猪一样哼哼地叫着：“钥匙，钥匙！有人看见吉罗拉莫的钥匙了吗？”——用来暗示他在布道中经常提到的“钥匙”，他说要用它打开藏污纳垢的罗马秘密的箱子。
当过小审判官神圣军团士兵的孩子们，向他抛掷烂苹果和臭鸡蛋。
有些人没能从人群中挤上前去，便从远处号叫，不断地重复着那几句骂人话，好像是永远都骂不够：
“胆小鬼！胆小鬼！胆小鬼！犹大！叛徒！兽奸者！巫师！反基督！”
乔万尼一直跟随到故宫监狱的大门——死囚临刑时都是从这个大门押赴刑场的。当吉罗拉莫迈进监狱的门槛时，一个喜欢开玩笑的人踢了他的臀部一脚，叫喊道：
“他的预言原来都是从这里弄来的！”
第二天早晨，列奥纳多和乔万尼离开了佛罗伦萨。
画家抵达米兰之后立即埋头画《最后的晚餐》中基督的面容——这项工作他已经拖延了十八年。