刑讯被告的程序是这样的：
为了对罪犯进行刑讯，设有专门地点，称作拷刑室，围以木栏，搭有篷盖，刑讯时有法官、秘书和记录供词的书吏在场。
拷刑室内设有拷刑架，由三根木桩构成，其中两根埋入地里，第三根横架在上部。
确定了时间之后，刽子手来到拷刑室，带着刑具，即枷锁，上面缚着一根长绳，还有鞭子和皮带。
法官们到达拷刑室之后，刽子手把长绳挂到拷刑架的横梁上，把受刑者的双手背过去，夹在枷锁里，在辅助人员帮助下把他吊起来，使受刑者离开地面，背着双手悬在空中；然后用皮带捆绑双腿，再捆在拷刑架的一根柱子上；他被抻起来，一边用皮鞭抽打，一边审问他的罪行，该犯所说的一切皆记录在案。
6月19日上午，皇太子被押到拷刑室，他还不知道法庭的判决。
刽子手康德拉什卡·鸠军走过来，说：
“脱衣服！”
他仍然还没有明白。
康德拉什卡把一只手放在他的肩上。皇太子回头看看他，这才明白了，但好像是并没有害怕。他的心里空空的。他觉得自己如在梦中；他的耳朵里响起早先那支梦中的歌：
熊熊的火烧得正旺，
锅里的水翻滚沸腾，
他们正在磨刀霍霍，
准备要把你宰杀。
“吊起来！”彼得对刽子手说。
皇太子被吊在拷刑架上。抽了他二十五鞭子。
过了三天，沙皇派托尔斯泰去提问皇太子：
“你今天下午去一趟，向他提出下列问题，记下供词，不是为了刑讯，而是为了了解情况：
“第一，他不听我的话，丝毫不愿意做有益的事，明知不应该这样，是罪过，可原因是什么？
“第二，为什么无所畏惧，不害怕惩罚？
“第三，为什么想通过另一种途径，而不是通过听话来取得皇位继承权？”
托尔斯泰走进关押皇太子的特鲁别茨科伊炮台监狱时，他正躺在木板床上。布留蒙特罗斯特在给他包扎，检查脊背上的鞭伤，解下旧的绷带，换上敷药的新绷带。御医受命尽快把他的伤势治愈，以便进行下一次刑讯。
皇太子在发烧，说着谵语：
“费奥多尔·弗兰佐维奇！费奥多尔·弗兰佐维奇！快把它赶走，赶走，看在基督的分上……你瞧，它在喵喵地叫，这个可恶的东西，表示亲热，可是然后就要蹿到胸上来，要把你掐死，用爪子把心抠出来……”
他突然清醒了，看了托尔斯泰一眼：
“你要干什么？”
“从你父皇那里来。”
“又要刑讯？……”
“不，不，彼得罗维奇！别害怕。不是刑讯，只是想了解情况……”
“我已经一无所知了，一无所知，一无所知！”皇太子呻吟起来，躺在那里翻来覆去，“离开我吧！把我杀死吧，只求别再折磨我了！如果不想杀死，那就给些毒药，或者给一把剃刀，我自己来……只求快点儿，快点儿，快点儿……”
“你这说哪儿去啦，皇太子！上帝与你同在，”托尔斯泰以柔和的目光看着他，用柔和的声音小声说，“上帝保佑，一切都会好起来的。反复研磨，多出面粉。别吵别闹。平平安安，和和睦睦。人生在世，什么事情都可能发生。都是些日常琐事。上帝忍耐了，这样吩咐我们嘛。难道你以为我不可怜你吗，亲爱的？……”
他掏出那个永不离身的绘着阿尔卡吉亚牧童和牧女的烟盒，闻了一捏鼻烟，抹去了眼泪。
“噢，可怜，我的心肝，真可怜你，甘愿把灵魂贡献给你！……”
向他弯下身去，快速而小声地补充道：
“信不信由你，我一向希望你好，现在也还是希望……”
皇太子瞪着双眼，目光直挺挺地盯着他，他突然哽住了，没有把话说完。皇太子慢慢地从枕头上抬起头来：
“叛徒犹大！这就是你所说的好！”他向托尔斯泰的脸上吐了一口唾沫，低沉地呻吟着——可能是绷带脱落了——趴在床上。
御医奔过来急救，向托尔斯泰喊道：
“您离开吧，让他安静一会儿，否则我对一切后果概不负责！”
皇太子又说起谵语来：
“你瞧，目不转睛……两只大眼睛像是蜡烛，胡子支棱着，跟爸爸的一样……去，去！……费奥多尔·弗兰佐维奇！费奥多尔·弗兰佐维奇！快把它赶走，赶走，看在基督的分上……”
布留蒙特罗斯特给他闻了酒精，在头上敷了冰。
他最后终于又苏醒过来，看了托尔斯泰一眼，已经不带丝毫的愤怒，看来是忘了所受的侮辱。
“彼得·安得烈伊奇，我知道你的心很善良。做个朋友吧，为自己而向上帝祷告吧。你求求爸爸准许我跟阿芙罗西妮娅见上一面吧……”
托尔斯泰小心翼翼地把嘴唇挨到他那只缠着绷带的手上，由衷地流出了眼泪，因此声音颤抖地说：
“我一定请求，一定请求，亲爱的，你要怎么的，我全都照办！可是我们还是得想法按照问题要点逐一地回答。问题并不多，总共只有三点……”
他读了沙皇手书的问题。
皇太子疲惫地合上了眼睛。
“有什么好回答的，安得烈伊奇？我全都说了，上帝做证，全都说了。头脑里没有话，也没有思想。完全麻木了……”
“没关系，没关系，老弟！”托尔斯泰很着急，移动了桌子，拿出纸、笔和墨水，“我来说给你，你只是写就行……”
“他能写字吗？”托尔斯泰对御医说，看了他一眼，御医在这目光中看到了沙皇的坚决目光。
布留蒙特罗斯特耸耸肩，暗自思忖道：野人！然后从皇太子的右手上解下绷带。
托尔斯泰口述。皇太子艰难地写着，字迹歪歪斜斜，停顿好几次；由于虚弱而感到头晕，笔从手中掉下来。于是布留蒙特罗斯特给他服了兴奋剂。但是托尔斯泰的话却比兴奋剂更起作用：
“你会和阿芙罗西尤什卡见面的。也可能彻底宽恕，允许结婚！写吧，写吧，亲爱的！”
于是皇太子又写了起来。
1718年6月22日，按照托尔斯泰先生所提问题要点，回答如下：
第一，我不听父亲的话，是因为我自幼便和妈妈以及使女们一起生活，除了室内的娱乐，什么都没有学到，再就是学会了诉苦，我本来天生就好诉苦。我父亲关心的是让我学到皇子应该了解的事情，让我学习德语和其他科学，但我对此非常反感，毫无兴趣，因此非常懒惰，只是混日子。父亲当时常常外出征战，不在我身边，而我身边的人看到我只喜欢诉苦以及跟僧侣和平民百姓谈话，常常去找他们喝酒，他们不仅不禁止我做这一切，而且自己也和我一起这么做。让我疏远了父亲，也渐渐离开了父亲的军务和其他事业，而且他的为人也让我十分反感。
第二，说到我无所畏惧，不听父亲的话而不怕受到惩罚，这并非他故，而仅仅由于我的坏脾气。我自己由衷地承认这一点，我虽然惧怕他，但这并非儿子对老子的那种惧怕。
第三，至于我为什么想通过另一种途径，而不是通过听话来取得皇位继承权，这一点任何人都能很容易判断出来，既然我离开了笔直的大道，在任何事情上都不愿意遵从父亲的意旨，那么除了像我所做的那样，亦即希望借助外国势力来夺取皇位继承权，还能通过别的什么办法呢？如能达到这种地步，恺撒开始付诸行动，如对我所允诺的那样，用武力为我夺取俄国皇位，那么我则会不惜一切去夺取皇位，具体地说，如果恺撒希望俄国军队帮助他反对某个敌人，或者希望得到大笔金钱，那么我就会按照他的意旨去做，还会赏给他的大臣和将军们大量礼物。而他的军队既然帮助我夺取俄国皇位，那么我就要提供给养，总而言之，我将不惜一切，只求实现我的意愿。
阿列克塞
签了名之后，他突然醒悟过来，如梦方醒，明白了自己在做什么，不禁惊恐起来。他想要叫喊说，这是谎言，想要把纸抓过来撕碎。可是舌头和手脚都被捆绑住了，好像一个被活埋的人，什么都能听见，什么都能感觉到，可是却动弹不得，犹如在噩梦之中。手脚动弹不得，嘴里说不出话来，他眼巴巴地看着托尔斯泰把那张纸叠起来，装进衣袋里。
这份最新的供词于6月24日在元老院宣读，最高法庭根据它做出如下判决：
吾等，如下签名者，大臣、元老以及军职与文职官员，经过认真审理，根据基督教徒之良心，按照《圣经·旧约》和《圣经·新约》之教诲，根据福音书和使徒、圣父和教会导师之圣训，依照罗马、希腊恺撒和其他基督教国君之条款以及俄国之法律，毫无任何争议，一致同意做出如下判决：前皇太子阿列克塞阴谋叛乱，反对其父皇，多年以来一直图谋篡夺国家之皇位，在其父皇健在之时不仅企图通过叛乱，而且妄图借助外国恺撒及其军队颠覆整个国家，特此将其判处死刑。