第51师师长王耀武一行人也滞留江边，根本无船过江，正当他们着急时，51师的师部人员遇到74军的军部张副官，张副官急忙对王耀武说：“军长和58师的冯圣法师长等都已过江了，军长见到战事失利，早派人在浦口预备好了一只小火轮，这只火轮每次可以装300多人，叫我来接你和部队。”
顾不得说上许多，王耀武立即带着一部分人上船过江，同时立即加派师部副官主任赵汝汉带着一部分士兵，协同军部的张副官接运第74军的官兵。望着一片混乱的滩头，已经上船过江的王耀武甚至有些不知所措。到处都是涌动的人群，黑压压地布满滩头。虽然在江边临时设立了撤退场，逐次安排部队和难民登船，由下关撤往临近的浦口，但是局面却超脱了控制，混乱不堪。
此时，这道在地图上看起来丝毫不起眼的水域却成了横亘在数万南京守军面前的一道不可逾越的天堑。“让部队维持好秩序！”师部副官主任赵汝汉亲自指挥着部队维持滩头的秩序，这个时候一旦发生大的骚乱，那简直就是一场灾难。然而面对着日军的步步逼近和不断呼啸而下的炮弹，要想控制好局面还真是一件很难做到的事情。
各种各样的船只胡乱泊靠在江边，没有栈桥，只有一些有限的码头。由于担心邻近江边的浅水区会使得舰只搁浅，一些稍大些吨位的大船就只能停在距离稍远些的江面上。木排、小船，连木桶都成了撤离用的“船只”，甚至还有一些人直接跳到江中。
维持秩序的宪兵们——第36师的官兵拉开警戒线，竭力弹压着骚动的人群。面对着疯狂涌来的黑压压的人流，力量单薄的宪兵不得不一次次鸣枪示警。“哒哒”地对空鸣枪声此起彼伏，接连不断。但还是有人冲过警戒线，更多的人蜂拥了过去，不顾一切地向着那些船只上攀爬过去。竭力阻止骚乱、维持秩序的宪兵，甚至是水兵们被推搡在一旁。
人们践踏着、叫骂着，拥挤成一堆，不顾一切地爬上船去。士兵、平民，甚至有军官，所有的人都只有一个念头：逃，逃离这里。枪支弹药被胡乱抛下，皮箱、包裹、行囊，扔得到处都是，这些东西已经无所谓再要不要了。殴打成一团的人们争先恐后地爬上船去，一些疯狂的士兵甚至用枪将那些已经爬上船的人打死，为的只是能够给自己在船上留个位置。
宪兵们也开枪射击了，此起彼伏的枪声炸响成片，那些失去秩序控制的人都被无情地射杀在滩头水际，一双双绝望的手至死都死死地攀着船舷。有人不顾冬季中的江水冰冷刺骨，趟着齐腰深的江水，什么都不顾地游向那些停泊在较远处海面上的大型船只。
炮弹不断地轰然落下，接连在海面上炸起冲天而起的水柱，一股股暗红色渐渐地弥散在波涛之间。人们惊慌不安地奔散着，更加不顾一切地冲破宪兵的阻拦，冒着被射杀的危险爬上停泊着的船上去。砸落下来的炮弹在告诉所有人：日本人的脚步越来越近了。
到处都是炮火炸起的火球，不断砸落下来的炮弹掀起阵阵血雾，残肢断臂漫天飞舞。码头上一片混乱，嘈杂着的军人、难民涌成一股失去控制的浪潮。江滩上到处都是遗弃的各种装备。已经开始有士兵剥去自己的衣服，伪装成难民。“轰”一声巨大的爆炸似乎近在咫尺，师部外传来阵阵痛苦的呻吟声。纷纷落下的炮弹在人群拥挤的江岸带来的杀伤性是极其巨大的。
萧山令颓唐地挥挥手：“你们走吧，身为南京市的市长、宪兵司令，我不能丢下我的部队。这也是任何一个中国军官都必须做到的一点。”想到外面那些拥挤在沙滩上、处于一片混乱中的数万守军，萧山令颇有些神伤。“可是南京已经完了，您知道的，现在谁也帮不了我们了！”宋希濂说道，“我们只能够撤出尽可能多的部队，而不在于撤出多少，能有多少便有多少。”
“不必再说了，荫国老弟，我已经决定了。”萧山令打断了宋希濂的话语，“你们走吧，我必须留在这里，和那些部队在一起。即便是全部殉国。”宋希濂无可奈何地看着面前的萧山令，在握手而别之后，他率领36师开始撤退。“所有人撤退！”宋希濂尖声地命令道，“处理掉所有文件，带不走的东西全部销毁。”
随着几个高级军官的跑路，师部里顿时乱了套。参谋、军官们胡乱地将一叠叠文件丢弃到火盆中烧毁，密电员疯狂地将所有的通讯设备、电台砸毁，警卫们端着枪冲着所有的电台设备一阵扫射。几台电台跳着火花，燃起了浓浓的青烟。师部里的一众各级军官在相互道别之后，便一哄而散，这个时候谁还管得了谁，跑路才是最重要的。外面炮火连天，远处打来的炮弹纷纷而下。整个江岸如同陷入炼狱中一样，到处纷飞着弹片和烈焰。
远处的江面上，一艘艘日本舰船横冲直撞，有些船正燃着熊熊大火，一些船只已经开始下沉了。波涛之间挣扎着无数的生命。人们绝望地尖叫着，哀嚎着。一排排炮弹在江面上砸起接连的浪柱，疯狂扫射着江面的日本舰船向挣扎在江水中的人头间不断地掠起道道飞溅的小小的血花。
浓烟滚滚，到处都在燃着大火。望着一片混乱的局面，所有人都颓丧到了极点，难道就这样完了？又是一声巨大的爆炸，刺痛耳膜的巨响几乎让萧山令被震昏。临近江岸的一艘载满人的木船轰然燃起大火，浑身是火的士兵们痛苦地哀嚎着、奔逃着。“看来日本人是准备将这里作为我们的坟场了。”萧山令沙哑着嗓子说道。
一团团的火光在夜色中看起来是格外刺目，高温烈火几乎让人感到窒息。无数的士兵、难民疯狂地奔逃在江岸上，竭力地向那些船跑去。没有人再顾及什么秩序，什么宪兵了，甚至就连维持秩序的宪兵也丢掉了武器，拼命地涌向海岸边。不管有没有船，不管夜间的江水冰冷刺骨，很多人甚至抱着弹药箱、抱着一块木板便冲进了江里，用不了多久，他们都将在寒冷的江水中冻死。
“宪兵团的给我留下来，顶住鬼子的进攻，掩护友军撤退。”萧山令大声地吼道，他不想就这样离开。乱成一堆的所有人都哭了，有人愿意留下来，跟着萧山令一起目送着过江的弟兄们逐渐远去，维持下关秩序，同时准备组织防御。而由江宁要塞司令部特务连驻守的海军码头，那里倒是停留着一只船。船里已有三四百人，都是长官部的官兵，然而卫戍司令长官唐生智、副司令长官罗卓英和畲念慈此时并没有到来。
混乱之中许多人主张立即开船，如果不是一些军官尽力阻止，一定要等唐生智他们来后再开，恐怕船早就开跑了。一小时以后，唐生智才由南京卫戍长官司令部的一个副官陪同着，匆匆而来。又过了一会儿罗卓英、刘兴也匆匆而来，不过畲念慈、参谋处长廖肯却还没有来。尽管唐生智命令再等待一个小时，由于担心日本人赶来，所以匆忙之间便行船离开了。
虽然在南京作战开始之前，唐生智为防止守城官兵私自渡江起见，把所有的船只交第36师看管，不准留有一船，违令即以军法论处。在12月7日，这艘江阴江防司令部装运一部分人员和军用品的小火轮行驶到江宁要塞外面的乌龙山，停留在封锁线外，于是参谋长周斓命令把这艘船暂时取来，派人通知江宁要塞司令邵百昌，由小筏引港进入，将这艘船停泊煤炭港，现在这个时候，卫戍长官司令部的人员得以逃生，几乎全仗这艘船。
而此时，日军国崎支队已经有一部分在江浦县境内渡江，向着南京而来了，所以隔江枪声很密，所有人也不知道这些消息。在枪声中，从中华门撤退下来的51师306团团长邱维达的一行人向着煤炭港匆忙撤退。他接到师长王耀武电话：“南京全城战况混乱，要作有计划战斗已经不可能。为了保持一部分实力作尔后长期作战计，部队完成当前任务后，应相机撤退，浦口以北为撤退方向。”邱维达认为情况不妙，任务也很艰巨，正与日军胶着时，如何后撤呢？在包围状态下哪里是后方呢？于是邱维达集中几位营连长在城墙上研究撤退方案。可是由于日军发现了手电光亮，并以极强扫射，左腿中弹骨断的邱维达虽然被担架抬下战场，但由于流血过多，已昏迷不省人事，等他苏醒过来，人已在下关码头。此时在团副晏子风的指挥下，没船过江的306团一群人全部搁置在江边，团部副官和卫士只好分头去找船。
在担架上醒来的邱维达忽然听到江中的遥远处有人在呼喊邱维达的名字：“51师邱团长在哪里？”左腿受伤的邱维达勉强起身，忍着剧痛屏住呼吸，循着声音而听，发现呼喊声来自煤炭港的方向。一群人匆匆忙忙地赶到煤炭港，发现江中停有一艘机动船，离岸约有200米距离，原来这条船是交通部长俞飞鹏留下给军长俞济时过江用的。第74军参加南京战役的部队原有17000人，撤到江北的残余部队，仓促之间收容了第51师约有3000余人，第58师约有4000余人。虽然第74军军部过江后立即设立了收容所，又陆续收容了约4000余人，但是仍有大批官兵在从中华门到江边的沿途失散。
听说邱维达没有过江并又负了重伤，俞济时和王耀武非常着急，立即留下这艘船并派一位副官和两个卫士沿江喊话寻找306团团部的一群人。而此时，天已经快要亮了，所幸的是腿部负伤的邱维达他们还能在煤炭港巧遇上这条船。由于岸上人山人海，船离岸尚有300米远的时候，就有大批人跃进江里，向船游去，几乎把船弄翻。而收容了一部分溃兵之后，船上的人立即着手将邱维达和随行副官卫士一同救起。邱维达是被一条绳索的一头系着腰，从水中拖拉上船，才得以离开南京这座被血染红了的城市。尽管冰冷的江水刺得伤口很痛，可是远望着那片哭声震天、混乱不堪的场面，邱维达怎么都不觉得伤口有多痛，因为此刻他感觉到最痛之处是在自己的心里。
天已经快亮了，整个下关江面上是一片混乱，一艘艘船只燃着熊熊的烈火，一些被击中要害位置的船只滚着浓烟缓缓地下沉，乱成一锅粥的甲板上，惶惶不安的人们或者抱着救生圈，或者直接跳入冰冷刺骨的江水中。这还算好的，那些吨位较小的小木船往往挨上一枚炮弹或是一枚炸弹便是直接连人带船消失在巨大的火球中。所有的一切都在瞬间被撕扯成纷飞的碎片。
盘旋在空中的日本飞机对着那些还没有沉没的船只便是一顿猛烈的扫射。流满鲜血的甲板上，人们尖叫着、哭喊着，扬起手中一切的白色物体，投降或许能够换回一条生命。苦苦挣扎在江水中的很多人早已经被冻得失去了知觉，飞机投下的炸弹不断地在满是浮尸的海面上炸起一道道冲天而起的水柱。他们中的绝大多数将会在很短的时间内因为低温而麻木、失去知觉，最终沉入江底。
冲突扫射的日军兵舰上的炮火在不断起伏着攒动的人群之间割开一道又一道的猩红，扬子江的江浪之间留下了太多太多的游魂。这是一个寒冷的冬季，下关的江面上，漂浮着的中国人的尸体似乎在哭泣。下关江岸边，越来越多的日军云集了过来，炮火逐渐地停息下来，只有间歇响起的枪声。空中那些尖啸着的飞机也在引擎的嘶吼声中逐渐远去。江面上除了几艘正在剧烈燃烧着的船只，还是燃烧着的船只，岸边上满是倒毙的尸体，一些被炸毁的建筑仍在燃烧着，不断有照明弹升腾在已然开始渐渐泛出鱼肚白的黎明中，江岸边一艘艘被炸毁的船只凌乱地搁浅着，碎木、废弃的救生圈随处可见。潮水一阵阵拍打着江岸，满眼满眼的猩红，尸横遍野的滩头飞卷起阵阵血沫，一具具尸体就泡在那猩红的江水中。
而中华门的方向，在朝阳下，无数的日军高呼着“万岁”，拥抱着，陷入狂喜之中。一些地方仍在交火，但南京城的中国守军已经无可挽回地失败了。一些不堪做亡国奴的中国军官纷纷把手枪塞入自己的嘴里，扣动扳机。然而更多的士兵却是放下自己手中的枪，向着正朝他们走来的日本兵高举起了双手。而在江岸指挥掩护的南京市长、宪兵司令萧山令则是举枪自戕，死时半截身子犹立于江水之中不倒。
拂晓，从镇江增援而来的日军山田支队未经战斗即占领了乌龙山，日军海军舰艇也通过封锁线到达下关江面，第16师团一部亦乘舟艇进至八卦洲附近江面。大量正在渡江的中国军队官兵被日本海军及第16师团的火力和舰艇的冲撞所杀伤。
与此同时，日军各师团已分由中山门、光华门、中华门、水西门等处进入南京城内。原在镇江的天谷支队已渡过长江，正向扬州前进中；国崎支队已至江浦，正向浦口前进中。已撤退到江北的中国军队开始沿津浦路向徐州方向撤退。南京卫戍司令长官唐生智，副司令长官罗卓英、刘兴及长官部官兵在12月12日晚从下关煤炭港乘预备的小火轮渡江至浦口。
但是得到日军已至江浦附近、正向浦口包围的消息之后，遂徒步向扬州的顾祝同第三战区长官司令部靠拢。早上7时到达扬州时，由于日军第13师团逼近，顾祝同及第三战区长官司令部已移驻临淮关，临行时留下6辆卡车，唐生智等主要官员及卫队乘汽车至滁州转火车，向临淮关撤去。而在司令部渡江后，宋希濂的第36师也在煤炭港分批乘船渡江，至乌衣集结，而后乘车去蚌埠。而第87、88师、教导总队的绝大多数官兵都没有能够撤出，依然滞留在南京城中。