此时由顾祝同副司令长官指挥的第三战区长官司令部在得到日军已经占领安亭、并向昆山进逼的情报，结合刚刚收到的发现日军已在浒浦口、白茆口一带登陆的报告，中国军队发现日军此时已经大有切断支塘镇附近公路的可能，故而认为昆山一线的阵地防御形势已趋不利，于是当即下达“向后撤退，重新建立防御阵地”的命令。
而就在昨天，也就是11月12日，国军左翼军主力西移，右翼军撤至苏嘉线附近及其以西的地区，并以第18军第67师奉命开赴安亭车站扼守泗江口公路大桥掩护大军撤退，然而现在的战事情况对于中国的军队来说，已经是十分的不利了。虽然日军在之前于太仓至常熟的沿江一线屡次展开的小规模登陆进攻都是以失败而告终的，但是随着11月12日上海陷落，中国军队全面从淞沪战场退却之后，日军华中方面军便立即开始了战略部署和实施占领常熟、苏州、嘉兴一线的进攻作战。
原先华中方面军司令部认为，从上海退却的中国军队将会在黄渡镇——嘉兴一线进行防御作战，但是随着11月11日，第6师团夺取了青浦，继续进至苏州河一线，中国军队发生大规模的溃退，所以日军认为中国军队绝不会继续保持苏州河一线的防御，而是继续向西面退却。于是在11日夜间，上海派遣军司令部便作出了把主攻部队保持在沪宁铁路北侧地区，击败当面之敌后向太仓——昆山一线推进的部署，并从11月12日开始实行全面进攻。其以北、中、南三路向苏州、无锡大举进犯，尾随退却的中国军直扑向西。而沿长江一线水陆并进的日军部队进展更是异常迅速，自从第16师团、重藤支队于11月13日在常熟白茆口附近登陆以后，一天内日军便接连攻占苏州以东数座重镇。
相比日军的不断推进，国军的抵抗作战简直是微不足道，只有第11师稍稍有些战果。11月10日晚，位于第74军第51师侧翼的第11师率先向后撤退至安亭。11月13日又奉命退却至青阳港在铁路桥至吴淞江北岸间占领阵地。然而就在11师占领阵地后不久，日本陆军第11师团步兵第45联队即在飞机、坦克、大炮的支援下向11师阵地发动进攻。虽然第11师以33旅与31旅62团发起反击，并在午后击退日军，但入夜后随着友军阵地相继失守，第11师主力也不得不撤离青阳港阵地转赴常熟集结。
这种“兵败如山倒”的情况下，负责前线指挥的第三战区副司令长官顾祝同只能随即命令各退却部队向吴福线阵地转移。预定部署右翼军坚守平、嘉阵地，阻止日本陆军第10军西进；而左翼军及右翼军被隔离于京、沪方面的部队逐次抵抗，交替掩护西退。
11月13日晚，第三战区长官司令部以《第十一号作战命令》下达撤退命令：
敌情如诸官所知，我军以占领乍浦、平湖、嘉善、吴县、福山本阵地拒敌前进之目的，即向该本阵地转移。由薛岳总司令，指挥税警总团、第51师、第38师、第6师、第46师之一团、第44师、第76师288旅、第171师、第174师、第176师、第173师，占领大墅镇、青阳港、支塘镇、白茆口之线，控制左翼军吴福阵地并掩护主力撤退。
右翼军应坚守乍、平、嘉本阵地，拒止敌军前进。其在京沪方面部队，应照下列规定：
第55师到达平望附近归还建制，第62师经嘉善路车运至嘉兴，第59师、第90师速到唯亭、正仪上车，向嘉兴、盛泽开进，第19师、第16师、第107师余部，徒步行军，经苏嘉公路向嘉兴撤退，第108师、第45旅到苏州附近集结后，经苏嘉公路向嘉兴转进。第6师待昆山阵地奉命撤退后，速经苏嘉公路向嘉兴转进。
左翼军应依照下列规定，向吴福本阵地转进。
第一防线：第8师、第14师占领吴淞江南岸的南邵渡一线，第154师、第159师、第160师占领吴淞江北岸、港田里、正仪镇、北道泾、傀儡湖一线及对吴淞江的警戒，第44师、第76师283旅、第32师、第98师占领巴城镇——陈塘墅——古里村一线，但第44师、第76师288旅，须等到昆山支阵地奉命撤退后，方开始转移，第60师、第18师、第56师、独立第34旅、第40师、第76师欠288旅在领古里村、梅里镇、浒浦镇一线及浒浦——耿经口至福山镇间负责江防。
第二防线：第107师，平望至北坎镇间地区；第87师、第3师、第58师负责防御北坎镇——同里镇——朱家浜——车坊镇——吴淞江南岸地区，第57师在跨塘——唯亭间地区部署防御，第53师控制在沙湖——塘浦村——斜塘镇间地区，第133师部署在相城镇——昆城湖间地区；第67师、第11师负责莫城镇——常熟城间地区的防御，第171师、第173师、第174师、第176师必须等到昆山支阵地奉命撤退后，方才可以向常熟——萧家桥间地区撤退，第15师、第105师负责萧家桥——福山镇间地区的防御，第18师、第46师部署在浒墅关附近地区；
两翼军的作战地境划分为陆家港、平望镇、陶庄镇、姚家坝、章练旗、天马山镇、凤凰山镇一线，江防部队仍担任福山以西江南岸及江北岸的守备作战任务，总预备队则由第1师、第78师、第36师、第61师、第88师、第102师、上海保安总团组成，这些部队在到达锡澄阵地之后，负责担任野战工事之构筑，并统归第17军团长胡宗南指挥。
第36师、88师、上海保安总团必须得等到昆山支阵地奉命撤退后，方开始转移；第156师在苏州附近集结待命，第9师、第51师则在苏州、吴江间地区集结待命，但51师须等到昆山支阵地奉命撤退后，方开始转移；第102师待66军接防部队到达后，即转移于无锡附近，归第17军团长胡宗南指挥；顾副司令长官祝同现在苏州，尔后到达武进指挥。前敌总指挥陈诚暂在吴县指挥，俟吴福主阵地部署完毕后，位置将于宜兴。
按照第三战区长官司令部的《第十一号作战命令》，从11月14日上午，左中右兵团所属各集团军分别按照命令部署向西撤退，具体撤退路线按照命令所规定。仅从命令上来看，中国军队原被用于压制日本陆军上海派遣军的左、右两翼庞大兵团此时已经乱作一团。
如果说在战区司令部的军用地图上，这数以十计的师级战术单位还算是比较清晰的话，那么在现实情况下，从淞沪战场向西撤退时，部队建制就已相当混乱，加以日本陆海军飞机不停实施空袭，尾随追击的日军不断袭击后卫部队，所以虽然命令规定得极为具体，但是部队并未能按照规定有秩序地交替掩护后退。各种各样的传闻和小道消息加之汉奸、日军小股部队的骚扰袭击，使得各部队凌乱异常，伤亡极大，各级指挥官对部队更是失去掌握。
已经脱离接触的师、团尚且无法掌握部队，担任后续掩护任务的部队情况那就更糟糕了。譬如负责撤退总掩护的第51师邱维达第306团，该团在青浦脱离和日军的接触后，立即向西撤退，然而当第306团退却到了昆山的时候，却发现第74军主力已经离开了昆山，向无锡转进了，而昆山也已经是岌岌可危了。于是该团只能再次向西退却，追赶师主力，一路上以当地乡民做向导，抄小径赶路，这才在望亭镇遇到了殿后掩护的第305团。一路上几次和日军接战，最后方才得以脱身。而306团经过此番作战下来，早已经损失过半了，淞沪战场上补充的那些新兵亦所剩无几了，所辖第2营幸存者仅70余人，可谓是伤亡极惨。
所以在11月9日，从上海仓促撤退出的部队便开始准备分别在太湖的南北两岸建立新的防御阵地，以阻止日军的西进追击，以便争取时间为由上海转移至南京的部队进行设防，其中在太湖北岸防守的薛岳左翼作战军，除原先所属的3个集团军之外，又增加了改由香翰屏指挥的第9集团军，并在苏州与太湖以东建立了3道防御阵地。
即从长江南岸的常熟县支塘镇开始经任阳镇、周墅镇、昆山，建立了第一线阵地，在一线阵地以西的浒浦镇、梅李镇、古里、唐市、巴城、正仪、甪直镇至南邵渡，建立了第二线防御阵地，在福山港、常熟、莫城镇、湘城镇以及铁路以南太湖以东的车坊镇、同里镇、北泽镇，建立了第三道防御线。
这4个集团军防御地段的划分以廖磊的第21集团防守浒浦镇、梅李镇一线正面，罗卓英的第15集团军防守支塘、周墅附近一线，香翰屏第9集团军防守昆山京沪铁路当面及两侧之阵地，上官云相的第19集团军防守昆山西南的甪直镇至吴江县的平望镇一线正面地区。
但是战前作为上海战场总预备队的桂系第21集团军廖磊部在11月15日黎明前，集团军司令部退至常熟之后，居然不知右翼位置上的罗卓英第15集团军的行止方向，并且与第15集团军方面完全失去联络，迄未查知所在。对外联系不通，对内协调一样很是糟糕，第21集团军指挥下的第39军附独立第34旅、江苏保安4团及本该担任萧家桥至福山防务的第73军，同样下落不明，以至于司令部发出“亦未知到达何处”这样的感慨。最终由于日军第16师团的尾随追击，这3道纸面上的防线几乎没有起到任何作用。
而在太湖南岸防守的张发奎右翼作战军情况则更为糟糕，原本计划在南浔镇向南经乌镇、石门、崇福、长安镇至钱塘江北岸的马枚港一线以西地区建立防线的计划，最终被迅速攻向嘉善、嘉兴、平望镇一线的日本陆军第10军冲击得七零八落。张发奎右翼兵团因退向杭州地区的道路被切断，最终不得不改向苏州方向退却，这不仅使得退往苏州方面的道路因为右翼兵团的进入而变得拥挤混乱，而且还直接致使太湖南岸一带兵力薄弱。
统帅部已于11月11日，急调由广西开抵徐州并准备北上增援山东省泰安一线的周祖晃桂系第7军主力（缺171师）由津浦路车运至南京。该军一部以汽车输送，直接由南京增援太湖南岸的吴兴地区，主力由火车运抵常州，再步行至吴兴一带增援，同时令由四川经长江水运已到达芜湖地区的刘湘川军第23集团军所辖两个军，守备长兴以西至南京公路的沿线地区，阻敌前进。
不过此时，日军上海派遣军在淞沪会战中遭严重伤亡，正面追击行动较为缓慢，使得中国军队得以脱离接触西撤，但从白茆口实施登陆上岸的中岛今朝吾第16师团在14日主力登陆后进展迅速，故而几乎是一日之内，第三战区长官司令部所构想的阻击阵地已经不复存在。
与日军的狂飙突进形成鲜明对比的是中国军队在吴福防线组建上的一片混乱。事实上11月15日，各集团军主力基本上均已撤至吴福阵地，但由于战备组织准备工作太差，撤退部队到达国防工事线后，吴福线既设阵地线及工事无图可按，从淞沪战场上退下来的国军部队，又不熟悉吴福线防线的地形，加之因为国防工事的钥匙都在当地保长手里，而很多保长早就因为战火的逼近而逃之夭夭了，退却下来的部队根本无法及时找到工事钥匙，更别说对其进行有效利用，以致耽误占领阵地及部署部队组织防御的时间，这种情形致使吴福线、锡澄线两道国防工事线无法起到根本的作用。
至于吴福线国防工事线之所以没有能够发挥作用，包括委员长蒋介石在内的国民政府军事委员会是有很大责任的，之前对于首都保卫的准备工作一直都未被重视。现在这个时候，一切都处在无准备之中，加之败兵如潮，吴福线没有能够发挥作用也就自然难免了。
在这样的情况下，首都南京显然已经危若累卵，国民政府不得不开始认真考虑“迁都”事项。其实10月份的时候，迁都之事就曾被提起，因为早在10月初的时候，中日双方数十万大军云集沪西之际，两军就已成决战态势。10月7日起，日军以重兵南压，经10天反复争夺，突入蕴藻浜南300余米构筑阵地，并由此撕开了国军防线一大缺口。为阻止日军楔入扩张，军委会曾于19日下令：“为恢复蕴藻浜南岸阵地之目的，决行全线出击。”
时任左翼军总指挥的陈诚总司令即奉命调集数万之众，并亲自部署督战，于21日傍晚起，向日军强行发起反击。当时，数万国军官兵顶着密集弹雨，毅然冲锋陷阵，前赴后继，然激战四日，虽伤亡枕藉，却终因日军后援如潮，司令部所强调之“近接作战”的企图未能实现，且受强敌逆袭，致使主力损失殆尽而未获战果，反倒因决战失利，而被日军大举涉水南下，并在25日进陷大场，企图乘势截断中央兵团西撤退路而歼灭。至10月底，国民政府投入主力大军进行的淞沪会战已成全局动摇之势了。
而就在淞沪一线军队决战失利之后的10月29日，蒋介石委员长在南京主持召开了国防最高会议，以预作全局退却的部署。这次会议上，蒋介石作了题为《国府迁渝与抗战前途》的讲话，并就全局退却的意义解析道：“军事上最重要之点，不但胜利要有预定计划，即挫败亦要有预见的打算。不但胜利要立于主动地位，就是退却也要有主动地位。然后一时的挫折，不致有全盘溃退之虑，而可以把握最后的胜利。今天我们主动而退，将来可以主动而进。”同时指出，在全局主动退却后的时期，“四川为抗日战争的大后方”，并提出应择定“重庆为国民政府驻地”。这次会议最终接受了蒋介石委员长的提议，并正式决定国民政府西迁重庆，而留军委会于京沪杭前线就近指挥。次日，国民政府议决接受国防最高会议关于“迁离国民政府西驻重庆、远离战区”的决定。
但是就在国民政府作出西迁重庆决定，军事委员会当时还在考虑迁都之具体事宜时，战局却急转直下，苏州河一线防御崩溃。同时日军又由杭州湾全公亭、金山嘴一线登陆，并沿沪杭铁路推进，于9日进据淞江而主力则西指嘉兴。嘉兴为太湖南沿重镇，地扼黄浦江上游与京杭大运河通道，有苏嘉公路与沪杭铁路交汇于此，在蕴藻浜决战失利后，军委会大本营眼中此时之嘉兴已成为东南“国防第一线之重要据点”，成为直接屏障“首都安危之重要关键”。