而这个时候对于正从上海方向撤退的中国军队来说，情况已经是极为危急，由于第三战区于11月8日夜下达撤退命令时，当时左翼兵团受到的压力还较小，所以第三战区长官司令部当时是要求左翼兵团各部队务必仍固守原阵地以掩护右翼作战军撤退，而第74军51师以邱维达之306团进占青浦掩护左翼兵团后退。
然而至10日12时30分，第三战区长官司令部又下达了左翼作战军撤退的训令，虽然这个命令直到11日14时各集团军总司令方接到，但对于左翼军来说，整个后退已经变得极为无序。长官司令部给予左翼作战军向吴福阵地转进部署指示为：
收容阵地之占领，第19集团军以66军占领安亭、方泰、外岗诸要点，掩护该集团军之转进；第21集团军以有力部队占领外岗、嘉定诸要点，以第56师占领塘河、浏河附近诸要点，掩护第15集团军及该集团军之转进。
昆支阵地之占领，第15集团军应以第44师第32师在青阳港、周墅镇、任阳镇之线，与第19集团军连系占领阵地。
本阵地之占领，第15集团军之第60师占领古里村、梅李镇附近本阵地，其余集结于常熟城附近为预备队，并构筑本阵地第3阵地带工事；各集团军之转进定10日夜开始。
在整个转进期间，由薛岳总司令适应状况随时指示各集团军之行动。转进道路之分配，第15集团军及第21集团军沿沪锡公路及西侧地区，惟太仓、昆山公路由第15集团军专用，浏河、太仓公路由第21集团军专用。至于各部队之行动，应预先协商规定。
尽管长官司令部的训令要求“希适应状况适宜处置之”，但实际上，随着部队的撤退，整个局面已经完全失去了控制。负责掩护的邱维达第306团从11月8日晚间开始，遵从师部的命令，作为总掩护队，掩护整个左翼兵团向西撤退以来，便一直陷入苦战之中。
从11月8日夜间开始，第306团匆忙集结完成之后，以急行军的方式向青浦、松江方向前进，准备阻击从沪南方向绕过来的日本陆军第10军，掩护整个沪西战地的撤退行动。然而在部队通过京沪铁路的时候，第306团便开始遭到了日本飞机的轰炸、扫射。因此直到11月9日清晨，306团才到达了青浦以西的朱家角镇，可是这个时候却传来了让所有人都想不到的消息：松江已在日军的攻击之中，很有可能已经陷落了。
于是第306团只能临时决定以朱家角镇为据点，建立掩护阵地，构筑工事，准备抗击从松江方面迂回过来的日军部队。这个时候，因为日本陆军第10军、上海派遣军的多个师团都在向此处挺进，尤其是第6师团挟新胜之威风而来，以306团区区1个团队兵力是根本无法抵挡得了日军的猛攻的，故而邱维达决定以机动防御，逐次抵抗，建立大纵深阵地的方式来迟滞日军的进攻，争取更多的时间，从而掩护沪西各部队的撤退。
11月9日这一天都是平静的，几乎没有发生战斗，利用这一天的时间，第306团在防御正面构筑了多重阵地，并完善了工事、掩体、火力点等阵地基础。从10日上午起，日军从松江一线便开始展开了青浦以西地区的进攻。当天中午，日军在朱家角镇外围的掩护阵地与第306团发生初次接战之后，发现正在朱家角一线的中国军队不过仅有1个团队兵力，遂展开猛烈攻击，以两个步兵大队的兵力对第306团展开迂回包围。
发现日军的企图之后，邱维达命令且战且退，利用大纵深阵地，节节抵抗，迟滞日军的进攻。当天晚间，第306团后退到青浦县城，据守在此抵抗日军的进攻。而日军第6师团则是向青浦县城展开了猛烈攻击。而306团则是利用城墙做掩护，顽强抵抗。
一时之间，围绕着青浦县城，双方的战斗异常激烈，包括第2营营长尹远之在内的很多306团官兵阵亡。青浦城几乎完全被鲜血染红。次日，日军第6师团攻占青浦。这个时候，第306团只能转向苏州方向，向昆山撤退。然而令邱维达所没有想到的是，两天前，就是11月9日这天，日军已经攻占白鹤港，58师174旅旅长吴继光在战斗中阵亡，白鹤港的掩护阵地已经不存在了。
当第306团撤退至距离白鹤港还有5公里左右的时候，前卫排才发现白鹤港已经沦入了日军之手，而更糟糕的消息是通往昆山的公路上均有日军，根本就无法通行。这也就意味着日军的推进速度远远要超过国军第三战区长官司令部的想象，作为殿后掩护的第306团居然陷入在敌后，这也就是说第306团在青浦的坚固阻击战几乎没有起到什么作用。
就在这个时候，第306团居然遇到了一个落伍的军官，而经过询问，这个军官不是别人，正是第15集团军司令长官罗卓英的行政秘书，而且又是上海本地人。根据交谈，邱维达得知日军事实上已经超过了第306团等掩护部队的阻击线，由于日军的迂回，并沿着长江展开逐次突击，日军作战部队的先头部队已经超过了第306团至少一天的行程。这名军官建议邱维达，以第306团留在本地进行游击作战。然而邱维达考虑到第306团还负责有其他掩护任务，不宜擅自作出任务改变，遂要求这个军官找来向导，尽可能绕行小路，向昆山方向转移。于是找到两名本地农民做向导之后，第306团通过乡村小道，经过两天的行进，抵达了昆山附近。但是这个时候，昆山也已经不安全了。
左翼兵团总指挥的薛岳是在11日下午才接到第三战区长官司令部下达的作战训令，虽然这个时候时间已经晚了，但薛岳还是在第一时间内立即下达了他任左翼作战军总司令后的第一号作战命令，规定了各集团军从11月11日至13日向吴福阵地转进的行动、路线及占领的地段。由于交叉掩护及具体实施的原因，直到11月11日晚间20时，各部队才开始按照命令逐次后撤。
但是到了11月12日，前敌总指挥陈诚又根据当时战局发展的情况，打电话给前线，告知各撤退部队“昆沪公路昆山以东南北两侧地区，交通时下颇为拥挤”，并命令“王军长东原指挥之部队——第15师、第16师、第19师应改经太仓向常熟方向转进，并须于本日晚派强有力之部队向嘉定城及葛隆镇北侧地区挺进，占领嘉定——朱家桥头——曹家村阵地，掩护军右侧背。第53师、57师归第2军李军长韫珩指挥，应迅速占领蓬阆镇——钱门塘镇——葛隆镇一带阵地，掩护左翼作战军诸部队向太仓转进及迟滞敌之前进”。
当第三战区各部队开始后撤的时候，日本上海特别海军陆战队及上海派遣军即乘势占领上海市区。至11月12日，上海地区全部为日军占领，原在沪西作战的中国军队也均撤离了淞沪地区。这样一来，日军华中方面军便开始逐次将兵力转用于追击作战。而直到这个时候，有关于金山卫一线的情况才逐渐真实反馈到军委会。
军事统计调查局的戴笠在10日递交的关于日军在金山卫登陆情况的报告中写道：
敌自已重兵在金山卫、拓林等处登陆，直趋浦江上游。浦东及沪西我军侧背受敌，浦东我六十二师等部一再围敌无效，自齐日（11月8日）起，浦东遂陷于极混乱之状态中，居民争先逃避，现南汇以北仅有我别动队一部分散伏活动，及少数之保卫团警察驻留，至于正规军队，均已撤退。沿苏州河线，我军因受金山卫登陆之敌威胁，齐日十二时奉命向青浦撤退。
第10集团军总司令刘建绪关于日军在金山卫登陆的报告中这样描写了战斗的全过程：
十二师师长光中有电称：据三营营副雷镜明等回部报告，本部担任全公亭、金山卫及其左海防与登陆之敌战斗，敌舰炮、飞机猛烈轰炸，官兵伤亡甚多。同时敌步兵反复由我阵地空隙冲入，将全营截成数段。我罗营长文庆当率在金山卫之机连一部及第七连与敌激战，反复冲击，战况甚烈。至午后六时，罗营长身负三伤，犹复率部二十余人向敌四出冲击，并令职等率部三十余人，向全公亭方面冲击，乘昏夜突出敌阵，闻罗营长已经阵亡，职率二十余人绕道金山回部。
尽管这两份报告书已经来迟，但对于钱大钧等高层幕僚们来说，这已经足够了，因为现在最高统帅部已经在着手准备南京保卫战。自从11月12日，上海陷落之后，南京的气氛就顿时紧张了起来，一个月前南京还似乎距离战火很是遥远，而在三五天之内，从高层到走卒贩夫，谁都已经意识到南京所面临的危机了。至于中日之间的这场如同雪球样越滚越大的战争究竟会发展成什么样，也没有人知道。
11月12日，国民政府通过《中央日报》发表《告南京市民书》，这更是使得南京市民的恐慌心理进一步加剧。而城郊外已经出现了大批从上海战场撤下来的部队，这使得南京市内的紧张情绪更是火上浇油样的升级了。自从10月下旬局势恶变以来，有关于南京是守还是放弃的问题就一直是国民政府军事委员会争论的焦点，钱大钧作为侍一处处长一直处于这场争论的风暴中心。
其实争论的重点也就两个观念：一是南京为中国的首都，抗战初期不战而弃，对全国民众没法交代，更是影响士气与抗战热情；而另一个观念则认为“南京死地也，不可守”。前者认为南京的重要性在于金陵古都不但为民国首都所在，而且先总理的陵寝亦位于此，更何况，南京是“国际观瞻”所在，国民政府特使蒋百里此时正奔走于欧洲，寻求国际列强及舆论的干涉与支持，在这种情况下，如何能够轻言放弃南京。
而后者则认为，守南京，首先在于作战部队有多少。上海作战中，国军精锐部队伤亡惨重，此时正向皖南、南京方向败退，就算集结休整完成之后，就现在的形势来说，根本就无法再与日军对决，兵疲将乏，士气低落，如何守？这样一来，也就等于形成了一个纠结难解的问题：南京守不守？如果不守，怎么给国民作出交代？如果守，谁来守？怎么守？
这是一个关系到千百万生命乃至一个国家生死存亡的大问题，很难一时作出决定，但这却又是不得不去面对的问题。自从日军第10军登陆杭州湾之后，整个11月上旬，淞沪战局形势急转直下，日军华中方面军数路疾进，直扑苏州、嘉兴一线，此时的南京已然危在旦夕，如果国民政府不尽快作出决定，那么时机将转瞬便逝。南京是守是弃，问题已再不能拖下去了，日军攻陷上海之后，最高统帅部就已经感到了事态的严重了，南京的防守问题不得不重视了。