孙士毅倒霉透顶了。
1784年4月，4名意大利人从澳门偷渡到了广州，帝国顿时风起云涌。
罗马传信部一直希望打开中国教区，可是在雍正年间，天主教被列入邪教行列。到了1751年，发生了西洋幼主朱洪锦谋反案，乾隆皇帝再次将天主教列入邪教行列。30年过去了，乾隆皇帝对天主教的禁令有所缓和，甚至允许懂医学的传教士，在政府许可的情况下到北京效力。罗马传信部错误地理解了乾隆皇帝的意思，以为大清帝国开了教禁，于是就在1784年派出4人秘密到中国传教。
罗马传信部在广州有个中国教务代理人，这位代理人也是罗马人，名字叫哆罗，从1781年开始，经皇帝批准在广州居住。哆罗的主要责任就是传递京城传教士的信件。所以哆罗住所“哆罗夷馆”就跟中国的驿站差不多，只是这个驿站是中国跟罗马之间的驿站。4名偷渡的罗马传教士到了广州就悄悄住进了哆罗夷馆。
传教士的恐怖在于他们的信息传递非常隐秘快速，4名意大利人到广州没几天，陕西的天主教徒焦振纲、秦禄就到了广州，这两人是专门来请意大利人到陕西传教的。4名意大利人在中国教徒的帮助下，从广东北上湘潭，走樊城穿襄阳，由于路上为了躲避帝国军队的检查，他们是昼伏夜行。3个月后终于到了襄阳，就在这时，意大利传教士被军队巡逻发现，被当场抓获。
意大利人迅速被押到了武昌，湖广总督特成额一看高鼻梁蓝眼睛的洋鬼子，心里暗吃一惊，这4个人怎么就一路毫无阻拦到了襄阳呢？特成额是原两广总督、大清名将策楞的儿子。将门虎子，这位特成额也是从部队里成长起来的一方大员，深知乾隆皇帝对传教士的忌惮。特成额马上挽起袖子提笔给乾隆皇帝写汇报奏章。特成额万万没有想到，自己的一份情况汇报，在大清帝国掀起了一场惊天教会大案。
特成额的情况汇报其实非常简单平实：“盘获西洋四人，起出书信一封，系广东罗马当家所发，往陕传教，令蔡伯多禄送至湖南湘潭暂住，另着人送樊城，直走西安，札托李姓送往。”特成额所说的罗马当家就是指哆罗夷馆。没想到乾隆皇帝看到这份再也平常不过的奏章后勃然大怒，政府早已颁布禁教令，哆罗并未禀知督抚，辄遣人私至内地，送信传教，是严重的违法行为，必须严肃处理。
刚刚上任广东巡抚的孙士毅压根儿就不知道特成额的情况汇报，更对4名意大利传教士毫不知情。乾隆皇帝却不管孙士毅怎么想，下令孙士毅一定严查。早在当年4月15日，也就是意大利传教士偷渡到广州的时候，伊斯兰教哲赫林耶派创始人马明心的弟子田五，深恨清政府杀害马明心，领导回民在甘肃固原州盐茶厅起义，攻破西安州营土堡。南巡途中的乾隆皇帝，不得不在一个星期后返回京城，迅速调集大军镇压回民起义。乾隆皇帝接到特成额的汇报，马上就联系到了田五领导的回民起义，甚至潜意识里怀疑意大利传教士就是去甘肃联络起义的回民。
乾隆皇帝对孙士毅不满到了极点。因为外国人进入大清帝国只有粤海关一个口岸，西洋人跟中国人相貌差别很大，哆罗居然能够秘密派4名意大利人如过无人之境到内地传教。难道孙士毅就一点没有觉察？一路上途经千里，就没有关卡盘查？乾隆皇帝不由得担心起帝国军备之松弛，纪律之涣散，这样的军队连几个洋人都看不住，如何维护天朝上国的绝对安全？
孙士毅很快就得到了乾隆皇帝的旨意：西洋人与回人向属一教，恐其得有逆回滋事之信，故遣人赴陕，潜通消息，亦未可定。乾隆皇帝同时将旨意传遍全国，凡是接送过传教士、为传教士送信、留传教士住宿的中国教民一律逮捕究办。乾隆皇帝更想知道，哆罗派往陕西传教者，究竟要传与何人？他们传教的背后是否还有更大的阴谋？
大清帝国掀起了一场全民抓教徒的运动。在湖南、湖北、陕西、四川、广东、福建、江西、甘肃、山西、山东、直隶、安徽、贵州等省，凡是有信奉天主教的人，以及传授天主教的西洋人，统统抓起来送到北京受审。随着一份份情况汇报送到京城，乾隆皇帝震惊了。原来在帝国多个省份的角落，都有隐藏的西洋鬼子在传教，这远远超过自己当初的估计，现在看来绝不止4人，这些人可都是未经允许窜到内地的。愤怒的乾隆皇帝更加对广东官员失望，马上下令全国各地秘密严查。
全国行动起来了，一些怪异的教徒也浮出水面，乾隆皇帝的宠臣、陕甘总督福康安抓的嫌疑犯一下子增加到72人，这些天主教徒主要集中在甘肃、凉州二府，有些中国居民信奉了天主教后，甚至将父母所起的名字都给改了，其中有一位非常崇拜传教士多明我，也就是那位想方设法把澳门变成葡萄牙人的多明我，这位中国教民改名刘多明我。汉奸当到这份儿上也算铁杆儿了，连祖宗都能够背弃，乾隆皇帝能不害怕吗？
孙士毅接到乾隆皇帝旨意后，早已胆战心惊，意大利人就是从自己管辖的地盘上出发的，可以说是帝国教案的风暴源头。孙士毅毫不手软，将哆罗以及接送过意大利人的相关中国传教士一干人马全部抓获。这一抓又让乾隆皇帝大吃一惊，在广东竟有上百人信奉天主教，可是特成额情况汇报中的关键人物蔡伯多禄却神秘失踪了。
蔡伯多禄本来是福建人，真名叫住蔡鸣阜，信奉天主教后就改名了，这位爷一直在广东当江湖郎中，也属于崇洋媚外的汉奸，4名意大利传教士偷渡到广州，就是这位改掉父母所赐姓名的铁杆儿汉奸运作的。孙士毅的巡查部队先抄了蔡伯多禄的家，他只有逃到另外一位信徒家里。1784年9月26日晚上，孙士毅带着军队抄了蔡伯多禄躲藏的教徒家。这位汉奸跳窗逃走，连夜乘船逃到了澳门。
孙士毅的噩运来了。
乾隆皇帝怒气冲天，一定要将蔡伯多禄抓捕归案。孙士毅掌握了蔡伯多禄的情报后，便派了两名官员到澳门要人。当时澳门的葡萄牙人根本不知道蔡伯多禄已经逃到澳门，对孙士毅派来的人说蔡伯多禄不在澳门。孙士毅不信邪，很快就找到了运送蔡伯多禄逃亡澳门的船夫，船夫称看到蔡伯多禄进了澳门方济各修道院。10月3日，孙士毅再派人到澳门索人，可是蔡伯多禄已经乔装打扮，藏到了奥古斯丁修道院。
孙士毅很快意识到，从正常的渠道要想抓住蔡伯多禄基本不可能，葡萄牙人一定会想方设法阻挠。要想让葡萄牙人乖乖就范，那就要断了葡萄牙人的生路。孙士毅非常清楚，澳门的食物都是依靠广州供应，只要封锁澳门，葡萄牙人就会乖乖地交出蔡伯多禄以及其他的天主教徒。孙士毅立即又派官员到澳门，非常强硬地警告葡萄牙人，如果不交出蔡伯多禄一干人马，广东就封锁澳门。
澳门的葡萄牙人之前一直搪塞孙士毅，主要是葡萄牙驻澳门总督华利亚到果阿出差去了。孙士毅的通牒下达后不久，华利亚就从果阿回到了澳门。华利亚对孙士毅的脾气秉性不了解，所以态度非常地强硬，就是坚决不交蔡伯多禄，甚至还提出一个侮辱大清帝国的理由：澳门当局不对中国逃亡者负责任，澳门是向所有人开放的，无法阻止逃亡者的入境。
华利亚的强硬激怒了孙士毅，孙士毅立即下令封锁澳门。
封锁澳门后，1784年10月26日，孙士毅给乾隆皇帝写了一份情况汇报。乾隆皇帝拿到汇报后，一看也就是一份简单的搜捕汇报。这份汇报的末尾，孙士毅写道：窃思，西洋人来广贸易，寓居商人十三行内，该商分应稽查、约束，岂容内地奸民与之交接。乃蔡伯多禄擅行出入招引，该商等置之不见不闻，一任改装越境，咎实难辞。
孙士毅为了推卸责任，将蔡伯多禄秘密帮助意大利传教士偷渡的责任，以及后来流窜到内地的责任，统统推到了行商身上，乾隆皇帝还没有老眼昏花，特地在蔡伯多禄的名字后面朱批：“此人何尚未获？”通览孙士毅写给乾隆皇帝的汇报，除了汇报材料末尾有乾隆皇帝朱批的三个字“知道了”之外，就是对蔡伯多禄的批示了，可以想象乾隆皇帝对传教士可能勾结起义回民是多么地警惕，抓住蔡伯多禄是乾隆皇帝的心愿。
封锁还在继续，澳门的食品很快就严重短缺。
华利亚这个时候依然拒不交出蔡伯多禄，甚至还假模假样地在整个澳门搜索蔡伯多禄的下落，目的是希望孙士毅能够解除对澳门的封锁。孙士毅看穿了华利亚的花招，下令继续封锁澳门。华利亚的强盗嘴脸一下子露出来了，为了解决粮食危及，公然下令驻扎在澳门的葡萄牙军队进行武装抢劫。
葡萄牙人的海盗习性很快就取得了成果。一艘正要离港的载有大米的中国船只成了他们的目标，葡萄牙军队迅速包围了船只，关押了船上的中国船员，明目张胆地将船上的大米运到了总督府的仓库。一艘船的大米无法满足危机，华利亚下令继续抢劫，凡是发现运载粮食的船只，只要经过澳门就无条件开火。
华利亚的海盗抢劫行径顿时将澳门周边海域推向了恐怖境地，往来广州黄埔港的欧美商人陷入了恐慌，当地的中国老百姓也陷入恐慌，葡萄牙军队甚至冲到老百姓家里抢劫。孙士毅毕竟是文人出身，之前也没有在部队待过，根本没有什么打仗的经验，本来蔡伯多禄逃跑已经让乾隆皇帝很生气，现在因为封锁澳门引发冲突，那样自己肯定掉脑袋。10月28日，孙士毅下令解除封锁。
孙士毅窝囊之极，乾隆皇帝再次下令全国通缉蔡伯多禄，这让孙士毅如芒在背。万般无奈之下，孙士毅只有继续跟华利亚交涉，甚至将葡萄牙驻扎澳门的所有官员都召集到修道院开现场办公会议。孙士毅的代表脑子不好使，现场就要华利亚交出蔡伯多禄，甚至当着所有澳门官员的面交给华利亚一封强硬的谕令，如果澳门当局再不交出逃犯，帝国的军队已经枕戈待旦，朝发夕至，踏平澳门。
华利亚是澳门历史上有名的死硬分子，孙士毅来硬的，这位爷偏不信邪，就是不交蔡伯多禄。这个时候，澳门的商人坐不住了，一旦商人关门停业了，华利亚的税收什么的就收不了啦。华利亚意识到问题的严重性，但是又不想交出蔡伯多禄，华利亚秘密将蔡伯多禄送到一条葡萄牙船上。10月30日夜晚，蔡伯多禄等乾隆皇帝下令通缉的要犯，在澳门码头秘密登船，天还没有亮，葡萄牙人就急匆匆开船离港，直奔亚洲老巢果阿。
跑了朝廷钦犯，孙士毅只能抓住哆罗的担保人潘振承打板子。顺势给乾隆皇帝写信：臣钦奉谕旨，遵即传唤商人带领哆罗即罗马当家同至臣署，晓以天朝法令，复宣扬皇上恩德，该哆罗觳觫跪聆，叩头认罪，商人潘文岩等在旁目击，亦十分惶悚，自称防范不严，愿求一体议罪，以冀稍赎前愆。
孙士毅提出以银子认罪的法子，源于当时乾隆皇帝的宠臣和珅提出的议罪银，只要犯罪分子交出银子，就可以免罪。潘振承这一次是出了大血，孙士毅再给乾隆皇帝汇报的时候，潘振承还不得不装孙子认罪：洋商潘文岩禀称，哆罗罗马当家住宿行中，失于防范，任由蔡伯多禄来往勾通，致有揽送洋人越境之事，非寻常玩忽可比，情愿罚银十二万两，着照所请，准其认罚。
潘振承交了议罪银，按照当时的规定，只要交纳两万到十四万两银子，什么罪过都可以免，当然造反是不行的。孙士毅将所有责任都推卸到了潘振承身上，甚至包括蔡伯多禄的逃跑。当然潘振承也交纳了快接近议罪银上线的银子才得以平安。可是孙士毅却对华利亚耿耿于怀，秘密地集结部队，准备好好地教训一番葡萄牙人。
孙士毅万万没有想到，就在葡萄牙嚣张跋扈跟帝国唱反调的时候，英格兰人的大炮在黄埔港打死了中国居民。就算自己理解为那是误伤，可是乾隆皇帝绝对不会相信英格兰人的行为是无意的，洋鬼子炮击命案会不会是他们跟葡萄牙人勾结的一个阴谋，尤其是现在欧美鬼子们将武装力量集结到了黄埔港，这是不是葡萄牙人在背后的诡计，将帝国军队拖入两线作战的困境，然后瓦解帝国军队对澳门的攻击呢？