洪兵并不甘心如此落败，除继续指望佛山的陈开外，又以水路补陆路，将两千多艘大小战船开入珠江，试图沿水面杀入广州。
形势又复杂起来。这次感到最紧张的不是广州军民，而是居住在珠江通商口岸的洋人，因为黑压压的战船就在他们面前。英国驻广州领事赶紧写信，从本国要来了一艘军舰。
英国的军舰是为了保护在华洋人，不是与洪兵作战，所以打仗的事还得叶名琛自己操心。他选择兵分两路，一路由沈棣辉统率，在会合“九十六乡练勇”后，争取完全解决陈开，另一路由他亲自部署，在珠江上抵御洪兵水师。
叶名琛指挥作战，必画地图，这是他取胜的法宝。他所绘制的水战地图更为细致，连可能影响船只进退的风向，都要一一标明，以便对战场上的各种变化做到心中有数。
在广州水战中，叶名琛贯彻了以静制动的原则，即先避一着，由着你攻。洪兵水师虽来势汹汹，但改造的民船很是脆弱，一进入广州炮台的火力范围，基本上都是肉包子打狗，一去不回。
等消磨了对方锐气，便是发起凌厉一击的时候。叶名琛除将原先从战船上拆下的大炮再装上去外，还额外配备了进口洋炮，使得整顿后的广东水师在火力上又超过了对手。
1855年1月，广东水师在珠江上大败洪兵。与此同时，沈棣辉也旗开得胜，顺利收复了佛山。
两个月后，叶名琛发起全面反击，水陆洪兵均被彻底击溃，广州才算完完全全地得到了拯救。
假如洪兵占领广州会怎么样呢？这里可能成为第二个南京，太平天国不仅将拥有一个有力的同盟者，并且还可以从广东得到军火和兵员补充，因此对咸丰来说，守住广州并击败洪兵的叶名琛，其功绩不亚于保卫京城的僧格林沁。
在此时咸丰的心目中，要给得力将帅排名次的话，叶名琛纵使不能与僧格林沁争夺第一，至少也可列第二，至于曾国藩则还得往后面排——这位老兄刚在湖口落败，曾得意过的湘军也正在晦气之时。
叶名琛被授以协办大学士。在此之前，能得到这一殊荣的两广总督只有耆英。
守住广州后，叶名琛才得以腾出手来打理别的地方，到1855年夏基本稳定了广东全境。
尽管大股洪兵多已被击溃，但两广各地仍遍布着各种中小股的洪兵，且蔓延达数年之久，也就是说，大家还得继续打下去。在此非常时期，处决洪兵人犯也成了一种震慑手段。一般而言，在太平年间，杀一个人是比较慎重的，必须经知县层层上报，经刑部核准才能执行。比如，后来的杨乃武与小白菜一案，就反反复复折腾了很多年。
可是战争时就不一样了，人命还不如一条狗，反正不是你杀我，就是我杀你，一切程序也都相应成了虚设，普通地方官即有生杀大权。在广东的一个县里，曾报告说处决了八千多洪兵人犯，当时的广东有八十多个县，杀掉的人无疑是个天文数字。
叶名琛自己也在广州成立谳局，专门用于审判和处决附近的洪兵。这个从血雨腥风中闯出来的大吏，早已不是一个手无缚鸡之力的单纯文官，更不是当初“以诗文鸣一时”的白面书生，杀戮对他而言，亦不过是家常便饭。
清末改革家容闳那时居住在广州，寓所与刑场只隔着几里路。他所见到的刑场之上，无头尸体纵横遍地，而且已经堆成了山。他去刑场时，这些血淋淋的尸首还全部暴露于烈日之下，没有得到任何清理，原因是被处死的人实在太多，一时找不到合适地点掩埋，暂时只能任其暴尸荒野。
时值盛夏，刑场周围完全被毒雾所笼罩。容闳震惊之余，也不免担心，广东人口如此稠密，在毒菌弥漫的情况下，如不对现场进行及时处理，难保不会暴发大瘟疫？
政府当然也想到了这个问题，不久就有人来处理现场了，但也不过是找一个僻远的大沟渠，尸体拖过来就往里面扔，一层叠一层，满了以后往上盖一层土了事。
容闳自小接受的是西方教育，他无论如何也想象不到，世界上还有这样一种简易到极致的埋死人方式，这跟屠牛宰羊又有什么分别呢？
在广州，容闳还听说，叶名琛因为资产被源自两广的太平军全部焚毁，所以才迁怒于广东百姓。只要被他抓住的嫌疑犯，口供都不问，来一个杀一个，来一双杀一双，迄今已杀七万五千余人，其中有半数是无辜良民，与太平军并无瓜葛。
坊间流传的说法当然与事实并不完全一致，然而广州当年的那种恐怖气氛却是千真万确。其中的一个依据是，经过血腥杀戮，广州刑场上的黑色泥土已经被血水所渗透，变成赭色，从而变为了红土。有人在原址挖土烧炉子，用这种红土烧制的炉子都特别坚硬，很是耐用，因刑场靠近码头，所烧制出来的炉子便被称为“码头炉”。
很多年后，人们已经忘记了“码头炉”的来历，不知道这个老字号品牌其实蕴藏着一个年代的血泪记忆，但广东民间还是牢牢记住了这一切，叶名琛也因此被冠以“刽子手”的称号，与曾国藩的“曾屠户”算是齐名了。