宋永祺案事关重大，直接牵连到李秀成，当然瞒不了天王洪秀全。如果真要依法办事，宋永祺免不了要满门抄斩，就算李秀成也脱不了干系，轻者囚禁审问，重者斩首示众。可是从洪秀全到满朝文武，都知道李秀成对天京防守意味着什么，哪里敢动他分毫。
李秀成牵连宋案的事没人提了，就好像从没发生过一样，对宋永祺的处分也从满门抄斩降为对其个人予以正法。李秀成为了救出宋永祺，暗地拿银两对莫仕暌进行贿赂。莫仕暌遂利用自己的职权免除宋永祺死刑，予以从轻发落。
当年李秀成被天王猜忌，身为监军的莫仕暌曾主动站出来为他仗义执言，也算是天国政权中难得的直臣，如今却也随波逐流，做起了收受贿赂、徇私枉法的事，天国政治之腐败与不可救药于此可见一斑。
莫仕暌徇私的前提，是其实已得到了天王洪秀全的默许，所谓“奏旨轻办”。这个时候的洪秀全既不敢也无心处分李秀成及其亲属，自从传旨“食甜露”之后，他就一直卧病在床，其间病情曾有所好转，但很快又加重了。
洪秀全致病的原因不详，李秀成认为他是吃了有毒的“甜露”也就是野草，且不肯让医生开药方之故，这反映出洪秀全对待眼下困境的态度：好就好，不好就拉倒，反正都已无能为力。
洪秀全在创立拜上帝会后，天国高层有三个人掌握着“通灵”的能力，除洪秀全本人自许为上帝耶和华的儿子、耶稣的弟弟外，杨秀清、萧朝贵分别负责传达天父和天兄的信息。
在天国最初的那些时光里，每逢危难或重要时刻，天父、天兄都会下凡给他的信徒们带来鼓励，信徒们也个个精神饱满、斗志昂扬，即便遇到重重困难甚至牺牲也百折不挠。
永安突围是太平天国战史上的关键性战役，当时太平军后勤不继，士气不高。为了鼓舞士气，萧朝贵假装神灵附身，手执宝剑，跳到桌子上与“妖魔”大战，没想到跳着跳着，一不小心从椅子上摔下，跌伤了颈椎，乃至接连几个月都无法起身。躺在病床上，他仍不忘激励众人，说：“越受苦，越威风。”
可惜的是，后来天父天兄的信息以及神灵附身却被越来越多地用在了争权夺利上。天京事变前，杨秀清之所以被诛，秦日纲、陈承镕起到了重要作用。秦、陈原先都是杨秀清的亲信，但因为抗议杨办事不公，杨秀清便借天父下凡进行报复，以天父的口吻指责他们企图叛变：“秦日纲帮妖，陈承镕帮妖，放火烧朕城了矣！未有救矣！”
如此严重的罪名，砍秦日纲、陈承镕的头都是轻的，秦、陈二人走投无路，只得依附于洪秀全和韦昌辉，从而酿成天京血案，杨秀清自己反倒人头落地。
“放火烧朕城了矣！未有救矣！”天父这一声愤怒而又绝望的嘶喊，仿佛又回荡在了天王府的上空，只不过即将毁于一旦的，不再是天父的城池，而恰恰就是人间的这座天国之城。
1864年5月30日，洪秀全下发诏令，称：“朕即上天堂，向天父天兄领到天兵，保固天京。”事后，这一诏令被解读为他在借宗教安抚人心的同时，已下定了自杀的决心。
距诏令下达仅隔两天，洪秀全忽然很感慨地问了左右一个问题：“自古以来，有肯做敌人俘虏的帝王吗？”这个问题其实他并不需要别人回答，因为他自己已经准备好了答案——当天，洪秀全即一命呜呼。
关于洪秀全的死因，流传着两种说法，一为自杀说，依据来自于天王府一位参与掩埋洪秀全尸骸的黄姓宫女，另外李秀成在供状中也隐隐约约地透露了这一信息。一为病故说，干王洪仁玕说洪秀全之死是一次“拖了二十多天的病”，洪秀全长子幼天王洪天贵福则说父亲是“被病拖垮了”。
洪仁玕、洪天贵福均非亲眼看到，所说得自于传闻。事实上，即便他们亲眼看到了洪秀全是自杀，也会讳言为病故（李秀成也是在后来的供状中才加以说明），因为在此危急关头，如果有天王因绝望而自杀的消息传出，无疑将对太平军坚守天京的意志造成毁灭性打击。
天王死后的葬事处理似乎也说明了这一点。李秀成等诸王秘不发丧，只派那名黄姓宫女用黄绸尸布将洪秀全的尸骸裹起，安葬于御林苑东边的一座山上。
6月6日，在城内一片喧嚷，传言官军即将入城的情况下，众人才扶幼天王洪天贵福登基。新天王年仅十六岁，毫无治国或从政经验，遂决定由干王洪仁玕掌管朝政，封李秀成为大元帅，执掌兵权。用洪天贵福的话来说：“朝事都是干王掌管，兵权都是忠王掌管，所下诏旨，都是他们做现成了叫我写的。”
由于洪仁玕尚在湖州，所以军政大权基本都掌握于李秀成一人之手，然而不管城内的军政事务究竟由谁主持，都已经无法动摇大局。