在多次解围未果的情况下，天王洪秀全以不容置辩的态度，急切要求李秀成自领大军来援，甚至派大员至苏州坐催。
李秀成分析形势，认为曾军营垒很坚固，短期内要想予以攻陷非常困难，同时湘军又主要通过长江运粮饷，太平军无战船之利，要从下游截粮道也不容易。他为此提出不如先取宁国、太平，从上游截断湘军的粮道。可是洪秀全却以这一方案需时过长，而天京缺粮，刻不容缓为由，仍促其直接来援。
李秀成思前想后，决定统筹兼顾，把几个方案和天王的要求放在一起进行处理。1862年8月6日，他召集杨辅清、黄文金等人在苏州开会，会上确定将全军分成三路，其中两路在皖南，一攻宁国，一攻金柱关，其目的在于牵制曾国荃的援军，并相机夺取长江要隘金柱关，从而威胁乃至切断湘军粮道，同时割断曾国荃军与大本营安庆之间的联系。李秀成自领主力部队为第三路，负责围攻曾军，直接为天京解围。
会议结束后，太平军各部便为即将开始的大战做准备。在此期间，江南突然暴发特大疫情，令他们的对手遭受到了比单纯作战更为沉重的打击。
这次疫情并非没有预兆。所谓“大兵之后，必有大疫”，长期而残酷的战争令江南各地已经遍布死尸，江湖溪流甚至井水都受到严重污染，疫病于是便毫不留情地对人类发动了袭击。
在疫病的大面积攻袭之下，湘军各部无一能够幸免。在皖南，霆军染病者达万人，每天都要死数十人，张运兰等军的百分之六七十官兵都病倒了。在浙江，楚军病者过半。在天京，曾军染病者亦逾万人。
曾军军营内一片愁云惨雾。湘军部卒之间大部分是亲戚关系，常见的情形是：哥哥刚刚病倒，弟弟就又染疾；有人早上还笑着和人打招呼，晚上就咽了气；一人暴毙，数人送葬，结果在回来的路上，送葬者竟也有一半人倒毙；因为不断有人病倒病死，十个营帐里面每天都有至少五个不能正常开饭。
湘军在整个江南的军事都陷入了停滞。与此同时，曾国藩希望派去天京助阵的大将仍然没有一个能够成行，鲍超、张运兰、杨岳斌等皆卧病不起，多隆阿继续滞留于陕西，李续宜因母亲去世已丁忧回籍，原部暂归曾国藩节制。唯一能够让人稍感宽慰的，倒是曾国荃本人尚未病倒。
许多天过去了，疫情仍未有消散迹象，湘军官兵互相传染，“死者山积”，而药物已尽，水师不得不将船开到皖鄂诸省去买药。曾国藩忧惧不已，偏偏朝廷还在不断催其进兵，内外压力之大，几乎将其击垮。无奈之下，他逐渐萌生退意，遂上奏告以实情，坦承自己才能不济，无力挽救厄运，请求朝廷另派得力大臣驰赴江南，会办军务。
朝臣中惯于指指点点，评你议他的人不少，但懂军事，能打仗者却是凤毛麟角，更何况湘军岂是局外人能指挥得动的？一见曾国藩有卸责之意，朝廷的态度马上软了下来。那拉氏、奕訢等以同治皇帝的名义下谕曾国藩，表示对他和湘军完全信任，以后战守均由其自主，不会再进行催促。
清廷的用人手段和技巧远在太平天国领袖之上，这封入情入理的谕旨与天王洪秀全的那些气急败坏的诏书一比，可谓高下立判。曾国藩收到后大感宽慰，“读之感激涕零”。
朝廷与曾国藩虽达成了谅解，但并不能使湘军马上摆脱尴尬被动的局面。得知湘军营中疫病大作，有机可乘，李秀成加快了部队集结速度。一俟集结完毕，他便立即下令按苏州会议的决议案展开行动。
在苏州会议上，李秀成曾呼吁诸王团结对敌：“如欲奋一战而胜万战，先须联众心而作一心。”几名具备作战能力的王侯也都以实际行动做出了回应，辅王杨辅清一路进逼宁国，鲍超只得抱病迎战，结果一路连败。与此同时，护王陈坤书一路水陆并进，对金柱关、芜湖一带展开反攻。
这两路都是为了策应天京城下对曾国荃军的攻击。1862年10月13日，李秀成自领的第三路从苏州出发，他亲率十三王计十万人马，号称六十万大军，经溧水、秣陵关，直达天京城下。太平军与湘军的最后一次大会战由此揭开帷幕，加上在外围的杨辅清等部，太平军投入会战的实际兵力达到了三十万人以上。