朝廷最初给左宗棠下达的进兵方案是，先援救被困的衢州，再设法攻取杭州，但左宗棠经过分析，对这一方案予以了否定。
从整个形势上来看，浙江大部分地区已为太平军所占据，清军在浙西仅控制着衢州一城，且已成孤城之势。凭借多年与太平军作战的经验，左宗棠总结出，太平军每次攻打诸如衢州这样较为坚固的城池时，都会采取远势包围的战术，待守军陷入困境再一鼓而下。如果楚军率先进入衢州，不但救不了衢州，自身也将陷入太平军的长围陷阱，成“粮尽援绝之局”。
经过反复斟酌，左宗棠决定暂时弃衢州不救，首先确保婺源一带的安全。因为这些地方位于皖浙边境，既为饷源之地，又是入浙的后路，只有它们得到保障，楚军在入浙时才能做到无后顾之忧。
李世贤也早就在婺源集结了部队，两军展开大战，楚军三战皆捷，在击退太平军后乘胜攻占了开化。开化在婺源和衢州之间，占领开化，不仅保障了婺源一带的安全，巩固了后防，而且对围攻衢州的太平军造成严重威胁，间接为衢州守军解了围。
下一步该怎么走变得很关键。为了阻止楚军由西向东继续进击，李世贤以金华为中心，以严州、处州为掎角，在浙西、浙中集结了二十余万兵力。左宗棠审时度势，认为在楚军兵力不足的情况下，若贸然与李世贤决战于金华，恐怕取胜的希望不大。怎么办？他的考虑是“置子四旁，渐进中央”，即像下象棋一样，把对方的车马炮兵先放到一边，直接“将军”！
这就是“直捣严州，以规省会”，说白了就是走捷径，抛开金华及其他州县，直接从严州进取杭州。李世贤当然也不是好惹的，就在左宗棠准备进兵严州的时候，他突率大军出金华再攻衢州。楚军后路面临被切断的危险，左宗棠不得不把“将军”先搁到一边，集中力量回兵救援。
双方在衢州相持交战达两个多月，打得难分难解。李世贤久攻衢州不下，只得依旧撤回金华，并以龙游、寿昌、兰溪三县为掎角之势。
到衢州战役为止，经过半年多的作战，左宗棠已牢牢地控制住了衢州府绝大部分地区，从而在浙江站稳了脚跟。楚军自身的实力也大为增强，从湖南、江西调来的几支新募部队陆续到达，其中一支部队还在衢州造船添炮，积极筹建水师。原在浙江的李元度等部则归入楚军建制，虽然左宗棠进行了改编，裁汰了其中的大部分人，但留下的兵勇全为精壮，部队战斗力反而提高了。
左宗棠入浙后，只能在浙西同太平军交战，对于浙东沿海鞭长莫及。在此期间，英国海军以保护租界地为名，向占据宁波的太平军发动进攻，攻克了宁波城。接着，英国海军军官乐德克、法国海军军官勒伯勒东仿照华尔的洋枪队，在宁波招募华人兵勇，分别以本国人作为教练，组建了常安军、定胜军以及常捷军。
各洋枪队很快就在“助剿”太平军的过程中担当起了角色，勒伯勒东及其常捷军更是首当其冲。经法国公使同意，勒伯勒东被免去法国海军军职，由中国政府任命他为署理浙江总兵，“听浙江巡抚及宁波道节制”。勒伯勒东等人指挥洋枪队与楚军遥相呼应，先后协助当地清军攻克台州府等地，对太平军形成了东西夹击的有利态势。
面对中外之敌的猛烈进攻，李世贤在战略上陷入越来越被动的局面。与此同时，其内部也发生了问题，本与太平军协同作战的花旗军不但公开抗拒他的调遣，还与太平军发生了武装冲突。更为严重的是，由于曾国荃已屯兵南京城下，天王洪秀全不断严令李秀成、李世贤回援，李世贤不得不着手进行准备。种种情况表明，在未来很长的一段时间内，浙江地区的太平军都只能被动地组织防御，而无法再组织反攻。