早在湘军组织安庆战役时，朝廷就曾令湘军出兵江浙，胡林翼也有派李元度率部出杭州入浙的设想，只是当时上游尚未廓清，湘军的兵力有限，总的出兵条件尚不成熟。
此后曾国藩扎营祁门，与浙江巡抚王有龄、广西提督张玉良建立了联系。王有龄和其前任罗遵殿一样，官声不错，是个清官，但他和何桂清关系密切，且已俨然结成派系。
罗遵殿任浙江巡抚时，何桂清任两江总督，王有龄任江苏藩司，何桂清、王有龄计划撵罗遵殿下台，由王有龄接任其职。李秀成围攻杭州正好给他们造成了这一契机，张玉良军从苏州出发，赶到杭州最多不过三日行程，正常情况下，在李秀成攻克杭州城的前一天，张军就可以抵达杭州，但由于何、王的有意阻滞，张军救援迟缓，直接导致了罗遵殿城破自杀。
罗遵殿自杀后，王有龄如愿以偿地得到了浙江巡抚一职。两人犹不罢休，又在罗遵殿的恤典问题上大做文章，唆使御史奏劾罗遵殿在守杭州时“一筹莫展，贻误生民”，朝廷不知真相，竟然依言撤销了罗遵殿的恤典。曾国藩、胡林翼耳目众多，对此了然于心，悲愤莫名的同时，也对何、王的为人极为不屑。
作为新任浙江巡抚，王有龄同样面临着遭到太平军进攻的威胁，李世贤一边在皖南与湘军作战，一边也没忘记经营浙江。王有龄是个文官，文不知兵，同时驻守浙江各州县的八旗与绿营在战斗力上又都较弱，于是他便派使节赴祁门请援，希望曾国藩能够出兵增援。
从大局着想，曾国藩不会完全无视王有龄的求援，前提是王有龄必须提供足够的军饷，这样曾国藩才能派员回湘招募更多的兵勇。浙江乃富庶之省，原为江南大营的饷源基地，拿出军饷本来是应该做也能够做到的，但王有龄可能是仍被派系斗争的思想所左右，既要湘军为他出力拼命，又不想因而壮大湘军实力，他派出的使节竟然自始至终都不肯提及饷银。
那个时候湘军在皖南处境极其艰难，连曾国藩都数次遇险，王有龄再持这种态度，就等于自己把求援的大门给关死了。曾国藩拒绝派援的理由虽然简单，却也令浙江方面无话可驳：湘军目前尚未能够全部集中，援浙心有余而力不足。
正面求援失败，王有龄没有在认真检讨自己的基础上，与曾国藩重新进行磋商，反而祭起派系斗争的一套，挖起了对方的墙脚。他之前就曾上奏朝廷，要求将李元度交由他差遣委用，并实保李元度为浙江温处道道员，虽然未能完全达到目的，但还是产生了一些效果。徽州城破后，李元度之所以没有第一时间到祁门大营报到，就是因为他选择了向浙江败窜，倾向王有龄的迹象已很明显。
接着，李元度和曾国藩闹翻，愤然离营回乡。王有龄认为这是一个机会，又进一步拉拢李元度，他与杭州将军瑞昌联名上奏，请求朝廷撤销对李元度的处分，并升任其为浙江布政使。李元度急于摆脱自身的不利处境，遂就势改换门庭，他回湘募集了八千湘勇，取名“安越军”，之后即应邀入浙。
然而事实证明，李元度确实不是合格将才，“带勇非其所长”。李秀成大军自湖北退入江西，李元度率安越军一路追踪其后，但只是虚报胜仗而已，安越军相继收复的全都是太平军弃守的城池。直到李秀成进逼杭州，该部还被阻遏于浙江龙游一带，而不能前进半步，曾国藩因此参劾李元度，在奏疏中指责他“前既负臣（指曾国藩自己），后又负王有龄，法有难宽，情亦难恕”。
王有龄懊悔莫及，他转而奏请由左宗棠督办浙省军务，后又保荐左宗棠接任其巡抚一职。在保荐折子中，他甚至还赌咒发誓自己这么做完全是出于真心实意：“倘有虚言，有如此日。”可惜他醒悟得太晚了，杭州已被太平军紧紧包围。
得知杭州被围，张玉良自浙江上游来援，但上一轮的江南大败已令他的部队战斗力尽失，打仗的时候官兵都不肯用命，张玉良没办法，只好亲自冲到一线督战，结果中炮阵亡。
在援兵败退后，杭州城外的交通线被全部切断，所有粮道也尽为攻城部队所阻。杭州被困整整两个月，粮秣无继，陷入了绝境。
王有龄与师爷商量，能否写信给李秀成，放杭州军民一条生路。师爷说，你这封信怎么写呢，说人家不好，更令大家受害；说人家好，皇上会饶了你吗？
王有龄无言以对，捶胸而叹：“不必写信了，杭州城终究是保不住了。”他准备坐在大堂上，看看李秀成究竟是个什么样的人，之后再一死了之。师爷则提醒他，说如果李秀成来了，能不能死，怎么死，就不是你自己能决定的了。
等太平军攻入杭州外城，李秀成亲自骑马冲入巡抚官署，发现王有龄已在后花园自缢而亡。外城既克，瑞昌率旗兵退入内城作殊死战，满人聚居区的男女老少也都投入战斗，只是上一次守城成功的运气未能再次降临，最后瑞昌自杀，内城亦告陷落。
杭城既下，李秀成将浙江留给李世贤主持和打理，自率大军返回苏州。至此，太平军在江浙复放异彩，他们所横扫过的区域，清军或不加抵抗便望风而逃，或毫无组织地作困兽之斗，根本抵挡不住对方的攻势。
正是这种严峻形势下，朝廷根据曾国藩的奏请和保荐，决定由左宗棠督办浙江军务，三个月后，又委任他为浙江巡抚，命其率部杀入浙江。