曾国藩虽不敢直接交结肃顺，但他和湘军集团通过肃顺门客的牵线，仍与肃顺有着不少间接或直接的交往，比如说左宗棠“昭雪案”、曾国藩推荐高心夔为肃顺幕僚等，这些在后来的一些私人记载中都可以获得蛛丝马迹。
不过在辛酉政变后，朝廷为稳定政局、争取人心起见，对与肃顺有关系的一般党羽都未予追究，高心夔、王闿运等肃府门客均得以全身而退，未受牵连或审问。与此同时，有关他们在肃顺和湘军之间牵线搭桥的详细资料也都遭到了销毁，以至于当年肃顺与湘军具体的交往细节，后人已无法完全弄清楚了。
换句话说，那拉氏、奕訢等人不是不能深究湘军集团与肃顺的关系，他们是不愿意深究。
以往朝中专与湘军作对的人也有不少，祁寯藻、彭蕴章就是其中比较突出的两位。这两位京师大佬一向都是自己不做事，专跟在别人后面挑毛病，并以此来获取皇帝的欢心，他们在咸丰朝时曾不断攻击曾国藩和湘军。
政变后，祁寯藻做了同治的老师，彭蕴章则还担任着左都御史。彭蕴章故技重施，又想靠过去的老一套在新主子面前讨巧。他写了一个时事条陈，准备让军机处代奏，条陈的大意是说湘军遍天下，曾国藩权太重，恐有尾大不掉之患，建议撤除湘军和削去曾国藩的权力。不料军机大臣们不但不肯为他代奏，还讥笑老头子已经糊涂到看不清基本的政治形势，连投机都不知道该怎么投了。
御史就是靠上条陈吃饭的，至此彭蕴章不再能够获得重用，他自己也很无趣，未几即以生病为由辞官回家了。彭蕴章为三朝元老，有名的政治不倒翁，他这一失手，让百官都意识到，曾国藩和湘军在朝廷心目中的地位已今非昔比，不是谁都能扳得倒的了。
辛酉政变毕竟只是权力之争，对立两派在许多政见上其实并无根本不同，他们都必须根据实际需要来做出自己的政治判断。就在辛酉政变告一段落的时候，南方的太平军和北方的捻军仍方兴未艾，朝廷曾经亲信的武装力量却已所剩无几：八旗绿营基本被太平军摧毁，僧格林沁军虽尚有一定战斗力，但他们也在上一年的对外战争中遭到沉重打击，尚在恢复过程中。
在各军纷纷溃灭的情况下，湘军可谓一枝独秀，仅仅通过上传的捷报就可以看到，这支军队越战越强，兵力越来越多，控制地区越来越广，声望也越来越高。处在这样一个内外交困，嫡系军事力量严重削弱的环境下，无论从哪一方面考虑，那拉氏都不能不继续重用曾国藩和湘军。军机大臣们对此岂能不了解，如果他们真的代彭蕴章上那种不合时宜的条陈，不是自己找骂吗？
那拉氏执政后一个月，即命曾国藩在两江总督辖区外，再节制浙江。同治元年元旦，朝廷颁布了几道赏赐殊荣的诏旨，被赏赐的汉员仅曾国藩一人，且旨中有“你是朕的心腹，请辅佐朕来完成大治”等语。十二天后，再发诏旨，称：“每次该大臣（指曾国藩）的奏报送到，朕都会认真披阅，朕对他的一切规划都感到满意，总是言听计从。”
诏旨中的皇帝不过是个名义，背后当然是那拉氏在主事。她在诏旨中说的话也绝非虚饰之辞，事实上，在这段时期内，她不仅在用兵方略上唯曾言是听，就连任命大员，也会听从曾的意见。
朝廷的破格重用与信赖，令一度忧心忡忡的湘军集团欢欣鼓舞，但一贯冷静而又明智的曾国藩并没有因此而志得意满、骄横跋扈，相反表现得更为谦让和谨慎。那拉氏让他节制浙江，他再三辞谢不受，朝廷要他推荐巡抚人选，他更是力陈不可，说：“封疆将帅，乃朝廷举措之大权，岂敢干预。”
曾国藩的低调姿态，让经历政变之后的那拉氏对他极抱好感，专门传旨要他“不要存有避嫌的想法，如果知道有谁能当重任，不妨用密折呈进，以备朝廷选择和录用”。
有了朝廷的这种认可和鼓励，曾国藩才一面恳辞节制四省之任，一面推荐左宗棠督办浙江军务。