肃顺护送咸丰灵柩刚到密云，就被连夜抓捕，也一同押送至宗人府。三人面面相觑，肃顺瞪圆眼睛怒骂载垣、端华：“如果你们早点听我的，何至有今日！”肃顺此言事出有因，原来他早已定下除去那拉氏之计，可惜没有被载垣、端华采纳。
载垣、端华垂头丧气，他们先是异口同声：“事已至此，还有什么可说的呢。”接着载垣也责怪起了端华：“要不是因为听信了你的话，我怎么会蒙受现在这样的罪名？”
其实在这场宫斗大戏中，哥儿仨谁也不见得比谁高明到哪里去。肃顺要除那拉氏，不过是二人积怨最深罢了，并没有高屋建瓴地谋划全局的意识。要知道他们八大臣得罪的可不光是那拉氏，还有钮祜禄氏呢！问题的关键不在这里，问题的关键是他们太过于轻视对手，倘若他们能够看到恭亲王的作用和能量，提前与之结纳或交好，结局或许完全不同。
1861年11月8日，载垣、端华被赐令自尽，肃顺处斩，杜翰、焦祐瀛等五人发往军台效力。之后政变者又顺藤摸瓜，处理了一批与肃顺关系密切的所谓“肃党”。
因为这一年是辛酉年，所以史书将此次宫廷政变称为“辛酉政变”，政变成功扫清了垂帘听政道路上的一切障碍。11月11日，载淳在北京即位登基。之前他实际上已经称皇帝了，载垣等人还拟了年号，叫作“祺祥”，如今载垣等成了罪人，自然他们拟的年号也就不能用了，遂被改为“同治”。
不久，在同治皇帝的名义下，两宫太后正式实行垂帘听政。原先钮祜禄氏称母后皇太后，那拉氏称圣母皇太后，那拉氏不喜欢这种称号，就与钮祜禄氏商议，分别改为慈安皇太后、慈禧皇太后，自此诏书上便以慈安、慈禧并称。因为慈安的居所在东，慈禧的居所在西，俗称东太后、西太后。
两宫太后各有长处。西太后“优于才”，无论是批阅奏章、裁决政务，还是召见臣下谈话，都能抓住要点，切中肯綮。东太后见到大臣就好像不太会说话了，声音低沉而又含混，每次收到奏疏，也都需要西太后给她讲授诵读，看起来她直接理政的能力确实不是很强。不过这只是一方面，另一方面是东太后“优于德”，善于抓大放小，她有时可能一个月都不会决断一件事，但一旦涉及大诛赏、大举措之类的军国大事以及重要的用人方案，一定会及时果断地予以拍板，而且处理结果往往令人心服口服。当时外界对其评价很高，乃至“东宫偶行一事，天下莫不额手称颂”。
恭亲王奕訢在辛酉政变中厥功至伟，两宫太后论功行赏，封其为议政王，掌管军机处及总理衙门。奕訢、文祥与肃顺一样都是能干实事的人，不过他们作为洋务派，更侧重于师夷长技，相比之下，肃顺虽然主张重用曾国藩和湘军，但在洋务方面仍偏于保守，这是他不及奕訢、文祥的地方。
同治初年，两宫太后的相互牵制、优势互补，奕訢、文祥的与时俱进、励精图治，使得中央政府内部不仅迅速趋于稳定，而且还形成了一股积极有效的向上势头，这也是所谓“同治中兴”现象能够出现的一个重要原因。
肃顺掌权时，对湘军格外看顾，他一倒台，会不会牵连到曾国藩及其湘军呢？得知京城发生政变，一批与肃顺交好的大吏已被划入“肃党”，得到了革职永不叙用的处分，曾国藩在日记中用了“悚畏”两个字来概括自己的心情，说明他本人对此不无担忧和恐惧。
不过事实证明曾国藩是多虑了。肃顺被处决后，为了清查“肃党”，那拉氏下令查抄肃府，从中搜出一箱书信，不过里面并没有找到关于曾国藩的一个字。这表示曾国藩不但不是肃顺的党羽，并且还有意与之疏远。
不得不说，曾国藩与肃顺这类人的最大区别，就在于学而且有术。他熟读史书，深知朝廷对臣下结党有多么忌讳，所以在朝为官多年，遇到这种事都是绕着走。以前穆彰阿曾是跟肃顺地位相仿的权臣，以穆彰阿为中心有一个“穆党”，曾国藩是穆彰阿的门生，如果他愿意，完全可以顺理成章地加入“穆党”，结果他没有，也因而避免了一场是非。后来曾国藩做了疆臣，而疆臣若与在朝权臣相互呼应，则更是皇家大忌，所以无论肃顺对曾国藩表示出多少好感，他都是敬而远之，尽量不与其发生私底下的直接联系。
联想到肃顺得势走红时，许多官员主动向其示好或靠拢，那拉氏感叹之余，将曾国藩褒奖为“第一正人”。