这一期间陈玉成正与李秀成合兵征战江南，尽管他在安庆四镇都派了兵进行驻守，但由于留下的兵力不敷使用，各镇驻守力量均显单薄，石牌守军就只有数千人，这就为湘军攻城提供了极好的机会和条件。
1859年9月24日，半夜四更天，在鲍超堵截太湖外围太平军的前提下，多隆阿督率各军分扑石牌城东南北各门，并于次日上午攻陷城池。
石牌城上城下均密布炮眼，城外还有六道拱卫木城和三道深壕，若是双方打相持战，多隆阿可能还要费点劲，他能如此轻松得手，说到底还是陈玉成未能亲自在皖北主持战守事宜，守军疏于防范之故。
石牌乃安庆门户，石牌既下，就轮到了太湖、潜山、枞阳。后者大致构成一个半圆，为安庆提供外围屏障，曾胡决心在打破这道屏障后再进图安庆。
得知湘军攻陷石牌，陈玉成颇为震惊。安庆是他的根据地，他的家眷都在安庆城内，岂能不救，当下他赶紧把江南一头交给李秀成，自率大军西上赴援。如同曾胡之前所预料的，这个时候陈玉成根本就顾不上北进——南京、安庆既是太平军立足的根基，但也同时成了他们的两大包袱。
11—12月间，曾国藩、胡林翼先后移师宿松、英山，对即将开始的太湖之战进行指挥。随他们征战皖北的将领官衔都不低，这么多高级将领聚在一起参加同一场战役，如何协调是个大问题。
唐朝安史之乱时，郭子仪率九节度使包围叛军所在的相州，却因内部不团结而反被叛军击溃。这是清以前发生的事，最近的例子也不少：1851年，乌兰泰与向荣不合，致使官军包围永安失败，太平军得以冲出广西；1852年，太平军围攻长沙，赴援的领兵大员包括军机大臣一人，总督两人，巡抚三人，提督三人，总兵十一到十二人，这么多人挤成一堆也没能把太平军怎样，甚至可以说还没有江忠源一个人顶用。
胡林翼怕就怕类似的事情发生在湘军身上，他致信曾国藩：“事权不一，兵家所忌。”在写给官文的信中，也表达了同样的意思：“军事以统一事权为第一要义。”
胡林翼在组织指挥安庆战役期间，对调和将帅、团结内部、统一事权非常在意，他也在其中起到了别人难以替代的作用。相对于胡林翼，曾国藩个人性格的棱角则比较分明，为人处世也不够圆润，喜欢谁，不喜欢谁，有时会放在脸上，或者表现在行动中。例如，他不太喜欢某几个湘军小统领，结果却让人家都感觉了出来，于是他就很难再直接调遣那几个统领。
曾国藩摆不平的人事，胡林翼全都能搞定，曾国藩自愧不如，承认：“江楚皖豫诸将帅，唯润帅（胡林翼）能调和一气，联合一家。”
从本质上来讲，参加安庆战役的军队虽然都可以算成湘军，但原来的统属关系并不相同，按照曾国藩的说法，是江楚皖豫都有，号令很不一致。这样的话，就必须任命一个前敌总指挥（当时叫总统），用以更好地统一事权。
让谁当前敌总指挥呢？胡林翼驻于英山后方，还要负责粮饷调运，自然不能直接到前线去厮杀。曾国藩也一样，必须留在大本营运筹帷幄。三河战役后，都兴阿曾临时负责指挥皖北战场，但他因患足疾，经朝廷批准已离开了前线。
剩下来最有资格和能力的大将，非多鲍莫属。都兴阿临走时曾推荐多隆阿代替他的位置，胡林翼也认为多隆阿最合适，遂决定将这一任命奏报朝廷。
曾胡的大营相距两百多里，两人虽不能常见面，但每天都要互通信件，以交流彼此的看法。对胡林翼的提议，曾国藩表示反对。
在胡林翼所提拔的鄂军将领中，多隆阿与鲍超以“多龙鲍虎”并称，然而两人又都是争强好胜的脾气，平时谁也不服谁。得知上面在考虑前敌总指挥的人选，两人一个向胡林翼提出老母有病要省亲，一个告病请假，都拿出了打死也不肯归对方隶制的劲头。曾国藩担心，多隆阿若是担任前敌总指挥，会立刻造成多鲍的决裂，乃至贻害全局。
除此之外，多隆阿爱争权，都兴阿在任时他甚至连这位上司都排挤。有一种说法，都兴阿离开前线并非真的是因为足疾，而是被多隆阿给挤对走的！作为佐证之一，都兴阿不久就又率骑兵到江北打仗去了，确实没看出“足疾”对他带兵打仗有很大的影响。
如此骄横的一个人，若是让他做了前敌总指挥，如何能够服众？曾国藩一天之内给胡林翼写去三四封信，极力言明利害，劝其慎重考虑：“让鲍归多节制，是非常不适宜的。鲍战功卓著，又不肯屈居人下，就算是让他在迪庵（李续宾字迪庵）下面听令，他还不答应，何况多公（多隆阿）？如果你一定要这样做，就怕反而激怒他，生出异心。”
为了这件事，胡林翼日夜忧虑，寝食难安，最终经过一番权衡，终于痛下决心：“打仗最重要的是统一指挥，绝不能分权，就选多礼堂（多隆阿字礼堂）了！”
他通过官文奏报朝廷，很快就把任命多隆阿的事情给办了下来。