在安徽捷报的反衬下，太平军在江南的形势却更显黯淡。
向荣病死于丹阳后，他的老部下和春接班，以钦差大臣的身份执掌江南大营。和春能力平平，军事方面主要依赖于张国梁。张国梁原名张嘉祥，十八岁即为盗魁，在江湖上以有勇有谋、盗亦有道著称，时人谓之“拯弱锄强张嘉祥”。因为有着做盗魁的“黑历史”，张国梁即便已被官府招安，也总有人看不惯他，想找机会进行暗算。还是代理广西巡抚周天爵爱惜其才，保护备至，这才把他留了下来。
此后张国梁随向荣转战数省，经历了大小数百战，仗越打越多，名气也越打越大。他的军事天分很高，虽然没有读过什么兵书，但排兵布阵每每都与古兵法相合，也经常能够做到以寡敌众，以少胜多。
作为江南大营中不可或缺的大将，张国梁被清军视为“东南半壁，倚如长城”。太平军一向看不起绿营八旗，但唯独不敢小看张国梁，江南大营第一次被太平军击破时，就是靠张国梁护佑，向荣才得以逃到了丹阳。
向荣病死后，新江南大营的主要亮点全都集中在张国梁身上。他先解金坛之围，继而连克镇江、句容，其中镇江已被太平军占领达五年之久。消息传到京城，咸丰大喜，在诏书中嘉奖张国梁“谋勇超群”。
得到皇帝的嘉奖，张国梁更加起劲，在原有基础上，他不断增挖壕沟，扩建土墙，里三层外三层地对天京进行包围和封锁。在天京所面临的几次围困中，以这一次为最严密，威胁也最大。人们看到，大队的清军战船已经从上游封锁了天京的水上交通，旗帜林立的陆上围城部队更是遍布城外的山岗、凹地以及几乎所有村庄。
围困使得天京城内的粮食供给越来越困难，洪秀全只能不断抽调部队增援安徽、江西和长江北岸，以保证粮道，这又使得城内兵力剧减，防守力量捉襟见肘。
为解天京之围，受李秀成之邀，陈玉成紧急自安徽回援，两人再次在江苏区域实施联合作战。与此同时，天京城也迎来了另一位重要人物，1859年4月，洪秀全的族弟洪仁玕到达天京。
天京事变使洪秀全受到了很大刺激，他时时刻刻都害怕出现第二个杨秀清与韦昌辉，由此对所有外姓大臣都存有猜忌疑惧之心，遂封洪仁发为安王，洪仁达为福王，让两位王兄共同参与政事，以挟制石达开。洪仁发、洪仁达皆庸碌无能之辈，石达开岂甘于受二人挟制，他之所以出走天京，这是其中很重要的一个原因。
在石达开被逼出走后，为了给文武百官一个交代，洪秀全宣称将永不封王，并被迫削去了洪仁发、洪仁达的王爵，但实际仍将朝政委之于自己的“皇亲国戚”。
洪仁玕虽不是洪秀全的近亲，但他是最早信教的洪氏族人，而且早期与洪秀全的关系就较为密切。金田起义后，洪仁玕在香港皈依基督教，还在教会担任职务，对中西学问都有一定研究，自非洪仁发、洪仁达可比。对于他的到来，洪秀全感到满心欢喜，当即便封其为干天福。
按太平天国后期官制，王以下为爵，爵有六等，干天福是第三等。应该说这已经是超规格任用了，但洪秀全觉得不够，仅仅几天后，又封洪仁玕为干天义加护京主将。
干天义是六等爵中的第一等。太平天国实行五军主将制，陈玉成、李秀成、杨辅清、李世贤、韦俊分别是前、后、中、左、右五军主将，洪仁玕被封为护京主将，意味着他已和这些戎马多年、屡立战功的高级将领同级。
还没完，5月，洪秀全自食其言，打破永不封王的承诺，再封洪仁玕为干王和开朝精忠军师，主理军国大政。不仅如此，他还将洪仁玕的地位明确为与死去的南王冯云山相当，也就是说即便已经出走的石达开回来，也只能位居洪仁玕之下，更不用说陈玉成、李秀成了。
太平天国是靠马上打天下的政权，一般情况下，将士们的每一步升迁都需要用鲜血乃至生命去置换。洪仁玕初来乍到，一仗未打，没有任何战功，仅仅因为他是天王的族弟，就被授予如此显要官职，自然会惹得众人不满。
当然，洪仁玕如果真的具备与其职位相匹配的才气，时间一长，也能像诸葛亮出山那样，逐渐得到大家的认可，问题是他又不具备这样的条件和资质。
不错，刚到天京的洪仁玕在见识、学识方面确有过人之处。在他起草的《资政新篇》中，不仅提出要学习引进西方先进的武器和设备，还主张系统地学习其法规、制度，比如建立法制、创办银行、修建铁路、发行报纸以及废除占卜和溺婴陋习等。
《资政新篇》可谓是开天国风气之先，很多方面甚至超过了素为人称道的《海国图志》。这让它即使在敌方阵营中也赢得了较高评价，曾国藩的幕僚赵烈文读到《资政新篇》后曾经惊呼：“此文颇有见识，作者对夷情非常熟悉，由此来看，似乎贼（太平军）中也不是没有能人啊！”
《资政新篇》得到洪秀全的亲自批注。在发行报纸、传播信息一条上，他批示道：“因为可能招来妖魔（清军）乘机反间，此策现在还不能实行，等杀绝残妖（残余清军）后，再实施不迟。”除此之外，对其他所有改革措施，天王都表示赞同并允许推广。
可惜的是，《资政新篇》和太平天国的另一文件《天朝田亩制度》命运相似，都不过是表面文章而已，除了额外增加了几个新潮官衔外，在实践中几乎没有得到任何推进。对此史家众说纷纭，有人判断是洪秀全并不真正认可，推动不力，有人分析是战争环境使然，内外都没有实现的条件，还有人认为是因为洪仁玕在朝中缺乏权威，尤其是武将们对他不服所致。
应该说这些因素多多少少都存在，但洪仁玕自己也难辞其咎。与洪仁玕打过交道的英国人评价他“志向特高，但赋性特懒”，换言之，他或许能够提出让人眼前一亮的见解，但却缺乏付诸实施的勇气、能力和韧性。