六月十二日，司马光病情再度加重。这一次发病，脚上的疮引发的脓肿一直肿到前脚掌，导致整个脚面都不能着地，只能仰面躺着。太皇太后遣来的医官回去之后，得到的结论是“司马相公恐怕是来日无多了”。太皇太后闻言，神色泫然，良久不语，随后下旨，司马相公居家休养，为国珍摄，暂可不必忧劳国事。
然而，值此新旧交替、路线变换之际，司马光哪里可以静得下心来踏实休养？他的心里有太多的事情放不下。
司马光放心不下的头一件事是对西夏政策。他主张尽早与西夏正式休兵，结束边境的紧张状态，与国休息，与民休息。司马光认为，用兵是神宗时期一切恶政的源头。他在给哲宗和太皇太后的形势分析报告中写道“在我看来，如今公家和民间资源耗竭，疲敝不堪，这一切的根源都是因为用兵”，尤其是既无战略规划、又无充分准备的非正义的用兵。先帝为什么要打仗？说得好听点，是因为先帝认为本朝的疆域“跟汉、唐相比，还不够完整，深感耻辱，于是慨然生出征伐开拓之志”。说得难听点，还不是为了满足大国虚荣、证明自身血统的高贵？！ 打仗您倒是认真打呀，十年生聚，十年教训，厉兵秣马，选将练兵，搜集情报，充分准备，认真谋划。可是，神宗的西北拓边行动，既没有通盘的战略考虑，也缺乏有秩序的战场组织。一个大国主动发动的对外战争，就像是做小买卖，放任“边鄙武夫”去折腾，赢了是皇帝英明，输了便处罚将领。战场之上，宦官成为统帅，神宗遥控指挥，朝令夕改—打着打着，一封手诏下去，将领之间的统属关系就变了—种将军手下的军队、所控制的给养，原本归王宦官节制，忽然就不归他管了，王宦官的如意算盘全数落空，只好眼睁睁地看着麾下的数万军队在沙漠的朔风里饿死、冻死和逃跑。这样的战争简直就是灾难本身！
司马光希望，趁着新帝即位，摆出大国胸怀，高屋建瓴，早下诏书，赦免夏人罪过，归还宋朝从西夏掠取的土地，恢复之前的朝贡关系，重建两国间的和平。只有这样，才能重新把握宋夏关系的主动权，恢复“天子”的体面与尊严，与民休息，与国休息。
六月，听说夏国使节前来，司马光连上三札，请求扶病入见，早定大计。太皇太后制止了司马光。司马光建议将边疆问题交由文彦博讨论，最终，文彦博的意见与司马光相同，太皇太后接纳了二人的建议，宋与西夏恢复了和平交往。
役法改革也是司马光心心念念的。司马光坚信，原则上差役优于雇役；但他也承认，部分役种“雇”优于“差”，各个地区的情况也有不同，必须予以尊重。蔡京、蔡朦事件更让他意识到事情的复杂性。六月二十八日，司马光专门上疏重申役法改革问题，特别强调，权力下放到县，允许各县因地制宜，制定适合本地的差役执行办法，他说：“对于民间利弊的深入了解，转运司不如州，州不如县。”假以时日，司马光也许可以成长为一个更为务实的政治家。
八月六日，司马光最后一次上殿，面见太皇太后。这是一次突如其来的上殿，事先并未报告。司马光为什么要上殿？因为竟然有人要恢复青苗钱！青苗钱，在司马光眼里是如假包换的害民之法。在司马光的坚持下，朝廷已于闰二月下令废除青苗钱。可是谁想到，才到四月间，“青苗钱”竟然改头换面，又偷偷地溜回来了。司马光起初被蒙在鼓里，到八月五日，才得知真情。他愤然上殿，在帘前高声抗议：“不知是哪一个奸邪之人，劝陛下复行此事的！”
当司马光拼着老命喊出这一声的时候，有一个人的脸色顿时变得煞白，像被雷劈了一样站在当地，一句话也不敢说。这人不是别人，正是范纯仁。司马光所选定的政治接班人范纯仁做出了部分恢复青苗法的提议。范纯仁有充足的理由—政府缺钱花啊！神宗朝攒下的钱并没有拿出来打入正常的财政支出，司马光主政之后所做的主要努力是减少民间税费，换句话说，也就是减少政府的收入，可是政府的开支并没有相应减少。在范纯仁看来，青苗法害民，是因为执行不当，如果适当控制，为什么不可以用？当然，他也知道司马光对青苗法的态度，所以，青苗法的恢复推行是遮遮掩掩的。如今，被司马光当面这么一喝，范纯仁真如五雷轰顶，不能动弹。
司马光感到了深深的失望。他没有能力也没有时间像我们一样理智地思考青苗法与国家财政之间的关系。他只是感到了失望，并因失望而愤怒。
在接下来的日子里，司马光的失望在一点一点加深。朝廷要求推荐学官，司马光推荐了王大临，那是他在郓州做通判管理州学的时候认识的一个老学生，“通经术，会讲课，安仁乐义，誉高乡曲，贫不易志，老不变节”。朝廷立刻批准，任命王大临为太学录。可是朝廷的任命状抵达的时候，王大临已经过世。司马光并没能等来多年后的师生重逢。
坏消息接踵而至。司马光推荐过的一个官员孙准出了问题。孙准跟老婆娘家的人发生诉讼，遭到了罚金处分。这件事本身跟司马光没有关系，可是司马光自责，自己可是在推荐词里说“孙准行谊无缺”的，这能算得上“行谊无缺”吗？司马光上奏朝廷，自责“举非其人，请连坐”。“我最近上奏，要求提高荐举在官员选任中的权重，建议举人不当者，荐举人要负连带责任。……我是宰相，自己立的法，自己第一个违犯。倘若不加处罚，又凭什么约束别人？”这件事情发生在八月二十六日。
两天之后，司马光上奏朝廷，请求授予已故殿中侍御史里行陈洙的一个儿子官职。陈洙是谁呢？仁宗末年的御史，跟司马光一起力谏仁宗及时立储，“忘身殉国，继之以死，而天下莫知”。他们共同奋斗，把英宗扶上了皇位，可是英宗之子神宗却把国家搞成这个样子。司马光泪眼迷离。
三天之后，九月一日清晨，司马光溘然长逝，得年六十八岁。那一枚烈风中的黄叶终于坠落。
司马光死了，他是累死的。病中的司马光“躬亲庶务，不舍昼夜”。朋友担心他的身体，劝他说：“诸葛孔明二十罚以上的罪过都亲自处理，操心太细，因此落下一身的病。大人不可不引以为戒啊！”司马光答以“死生，命也”，反而更加用力。
在生命的最后时光，司马光已经失去意识，他喃喃自语，就像是在说梦话，又像是在做临终嘱托。司马康俯身贴耳倾听，断断续续听到的都是朝廷、天下，只听得司马康满脸泪水。司马光死后，家人在他的书房里找到八页文稿，那上面说的都是当世要务。司马光真的是在“以身殉国”，他用生命实践了修齐治平的理想。司马光二十岁中进士，为宋朝服务四十八年，官至宰相，位极人臣，然而终身衣着朴素、饮食简单，保持了书生本色，只在洛阳置下一处小小宅院和三顷田地，那三顷田地，元丰五年张夫人去世，“质田以葬”，已经不无损失。
在司马光的心中，是非最大。他直道而行，梦想建立一个上下和谐、秩序井然、安定富足的国家，“让中外之人都能安闲地吃饭、喝茶、游赏、嬉戏，不受战乱的惊吓，不用担心有人窥视窃听”，没有战争和动乱，社会秩序稳定，老百姓春耕夏耘、秋收冬藏，丰年留客有鸡有肉，腊酒虽浑，宾主尽欢。这是最简单的梦想，也是最宏伟的蓝图。为了这个理想，司马光反对朝廷对百姓的过度剥削，他主张皇帝和国家要削减开支，要藏富于民，给老百姓休息的时间。当朝廷政策违背他的理想，司马光断然离去，对于神宗捧出的枢密副使的高位，他不屑一顾，情愿躲在洛阳编著《资治通鉴》，一躲就是十五年，开封的荣华富贵只等闲。当太皇太后发出召唤，委以大政，给他调整政策、救民出水火的机会时，司马光明知艰险，仍毅然还京，主持调整大计，“尽人谋而听天命”，这就是“司马相公”的态度。司马光曾经为韩琦祠堂写作碑文，他借韩琦的口说：“为人臣者，当尽力以事君，死生以之，只看事情本身的是非如何。至于成败，那是天命。怎么可以因为事先担心事情不能成功，就撒手不管呢！”
这样的司马相公死了。太皇太后得到消息，恸哭了一场，小皇帝也掉了眼泪。司马光是九月初一过世的，初六日正是每年一度明堂祭天大典的日子，而这一次的明堂是哲宗即位以来的第一次。作为首相，司马光本来是当仁不让的明堂大礼使，这个光荣的差使，由于身体状况，司马光辞掉了。可是谁也没有想到，司马光竟然没能撑到明堂这一天。想到这里，太皇太后、吕公著、范纯仁诸人都无比感伤。国之大典不可废，六日，太皇太后忍住悲伤，完成了明堂大典。可以告慰司马光的是，此番明堂大赦所颁布的利民措施，比以往任何一次都多。明堂大典完毕，哲宗宣布，由于司马光之丧，此次明堂，取消祥瑞展示、百官称贺环节，只行大赦之仪。大赦仪式后，太皇太后和皇帝一起驾临宰相府，吊唁司马光，“哭之哀甚”。
哲宗下令，司马光“赠太师、温国公，赙银三千两、绢四千匹，赐龙脑、水银以敛”。哲宗御篆，亲自为司马光书写了神道碑的碑额—“忠清粹德之碑”，并命令苏轼为司马光写作神道碑文，又赐银二千两，专门为司马光修盖碑楼。司马光的谥号被定为“文正”，这是一个文官所能得到的最崇高的谥号。
司马光得到了一个宋朝高官所能得到的所有哀荣，还有一般高官得不到的老百姓的爱戴。得知司马光过世的消息后，“首都百姓主动罢市，前往司马府外吊祭，很多人典当了衣物来置办祭品”。司马光的灵柩离开首都，运往涑水老家安葬，起灵那天，开封人“巷哭以过车者，盖以千万数”。
司马光在涑水故园下葬的日子，是元祐二年（1087）正月初八日。这一年的冬天，天气格外寒冷。可是在初八这天，从四面八方赶来送葬的人却有好几万，从司马家的墓园一直排到远处的峨眉岭上。这些素昧平生的人素服哀嚎，就像是在哀悼自己死去的父母亲人。负责主持司马光安葬仪式的户部侍郎赵瞻、大宦官内侍省押班冯宗道回朝报告，惹得太皇太后又是泪水涟涟。开封有人画了司马光的像，刻印出来到市场上去卖，开封人家几乎一家一幅，外地人也纷纷到开封来购买司马光像，不少画工因此致富。人们像供奉祖先和神明一样供奉司马光。
为什么人们这样爱戴司马光？答案很简单，因为司马光爱百姓，在朝廷与百姓之间，司马光所考虑的，不单单是皇帝和朝廷，还有老百姓。皇帝、朝廷、文武百官和老百姓合在一起才构成了宋朝国家，司马光所关注的是国家的整体利益，他希望在朝廷和老百姓之间求得和谐，建立平衡的统治秩序。司马光的这番努力，这番心意，老百姓收到了。
苏轼为司马光书写了《行状》和《神道碑》。这是两种完全不同性质的写作。《行状》是私人写作，代表着司马光家族；《神道碑》是官方书写，代表宋朝官方对司马光的评价。在这两份出自一人之手的不同性质的文字当中，苏轼反反复复地提到一个关键词，强调着同一件事。
这个词就是“神宗”，这件事就是“神宗对司马光知遇最深，司马光的复出是神宗的旨意”。《行状》说：“司马光历事四朝，皆为人主所敬重，而神宗对他的知遇是最深刻的。”《神道碑》说得更为直接透彻：
舆论只看见今上（哲宗）与太皇太后对司马光的提拔之快，任用之至，却不知道神宗皇帝对司马光的知遇之深。
在苏轼的笔下，神宗对司马光的知遇是一种更高级的知遇，“知之于方异”—明知意见不同而格外爱惜：
从普通老百姓到公卿大夫，不管是上下级、师生还是朋友，即便是彼此间都没有足以干涉对方命运的权力，可还是会亲近跟自己观点相同的，疏远跟自己观点相左的，没有人听到批评而欢喜、受到教训而不怒。更何况是君臣之间呢？可是在熙宁年间，有关朝廷政事，司马光没有一件不反对的，他上疏几十封，全都直言不讳、言无不尽。这样的情形，平等相交者尚且难以忍受，而先帝安然受之，非但不生气，反而想要让司马光做自己的宰相大臣，甚而至于亲自为司马光的书作序，在迩英阁研读。倘若是不是深知司马光，怎么可能做到这些呢？
苏轼总结说：
今上和太皇太后对司马光的知遇，是“知之于既同”；而先帝对司马光的知遇，是“知之于方异”。
苏轼所说的，司马光对神宗政策的批评，神宗要司马光做枢密副使，为《资治通鉴》作序，将《资治通鉴》纳入经筵讲读，都是事实。然而事实与事实之间的关系和解释，却显然是苏轼的“创作”。苏轼力图在司马光与神宗之间建立更为紧密的良性联系。在《行状》中，苏轼把司马光在哲宗朝的复出描述成神宗的意图：
尽管司马光的言论违逆了神宗的意思，但是神宗却深知他的心意，待他越发的好。神宗晚年，拜司马光为资政殿学士，肯定是有意再度起用司马光的。有意再度起用，难道会白用吗？他必定会践行司马光的主张！司马光也懂得神宗的心意，因此当政之日，锐意调整，自信而不疑。呜呼！像先帝这样，才可以说是“知人”，他的知遇是深刻的；像司马光这样，才可以说是“不负所知”，他的报答是伟大的。
可是，神宗毕竟没有用司马光做过宰相。关于这一点，苏轼解释说，司马光是神宗为下一代皇帝所储备的宰相人才。在苏轼的笔下，神宗对司马光的安置高瞻远瞩，充满了预见性：
古代的君主为子孙考虑长远的，都是这样的，宁可自身不享有“知人”的虚名，也要让子孙享受“得贤”的实利。神宗如此了解司马光而终于未尽其用，谁知道他的心意不是这样的呢？
对于“司马相业”，《神道碑》的铭文做了如下总结：
为政一年，疾病半之。功则多矣，百年之思。知公于异，识公于微。匪公之思，神考是怀。天子万年，四夷来同。荐于清庙，神考之功。
未来的人将会怀念司马光的功德，而在对司马光的怀念之中，天然寄托着对神宗的感激，因为是神宗的赏识、拔擢把司马光推上了宰相的高位。
这样的说法，在熟知本末的人看来，简直近乎胡编乱造。然而，在这样的“胡编乱造”之中，却蕴含着苏轼作为政治人的高度敏感。司马光当政以来所进行的一系列路线政策的调整，都是“反王安石”或者直接说是“反神宗”的—这一点，千真万确，不容否认。司马光的权力来自哪里？来自神宗之母太皇太后高氏的授权；而在当时的政治伦理结构中，太皇太后自身无权干政，她的权力来自皇帝—哲宗年幼，无法行使皇权，作为祖母，太皇太后代行皇权。所以，原则上，太皇太后所行使的皇权应当贯彻哲宗的意志，太皇太后本身无所谓意志。那么，哲宗是谁呢？神宗之子！子之于父，孝道第一。何为孝道？“三年无改父之道”，继承发扬父亲的想法和做法，这才是孝道的正宗！司马光在太皇太后的支持下大改神宗之政，对错得失姑且不论，这种行为本身就隐含着巨大的政治风险。哲宗亲政之后不认怎么办？万一哲宗不认，要重回神宗路线，那么，司马光必定死无葬身之地—不仅司马光，所有跟随他一起推翻神宗路线的人都将粉身碎骨。因此，必须让人们相信，司马光的当政和他所推行的反神宗路线都出自神宗的本意。
“现在”需要跟“过去”和解，才能走向更好的“未来”，此事关系“天下所以治乱安危者”。悠悠万事，唯此为大。苏轼已经嗅到了统治集团分裂、恶斗的危险，他想要用文字来补救。神道碑就矗立在那里，它是司马光的丰碑，也将成为神宗赏识、支持司马光的明证。苏轼想要给司马光的事业和大宋王朝的未来加上一道保险。然而，谈何容易！
葬礼是与死亡相联的仪式，而仪式提供了不同于日常的氛围、场合和规则。葬礼的主题是哀悼，它的规则是死者为大，庄严肃穆，哀伤而节制。在葬礼中，真实生活中的矛盾对立暂时退场，人们掩藏起素日的不满和愤懑，专意表达哀悼—“日常”暂停了。然而，仪式过后，“日常”还要继续，旧问题仍待解决。
司马光死得很不安静。司马光生命最后十八个月的大宋朝廷就像是一艘大船，路线政策发生了方向性调整，换了船长、大副，调整了航线。那么，应当怎样对待那些旧日的船员水手？照道理，旧的船长撤职了，可以换去做非领导性的事务。一般水手，只要不捣乱，就应当留下他们，既往不咎。这才是同舟共济的道理。只可惜，人世之中，宽容最难。在很多时候，人们会忘记大家是在同一条船上，会因为人与人之间眼前鼻尖的矛盾纠葛忘记海上的惊涛骇浪。
司马光过世的当天，左司谏王岩叟即上疏太皇太后，指出“‘去奸’和‘进贤’是稳定局面的两大法宝。如今司马光薨逝，更不能把奸人继续留在中央领导岗位上了”。这“奸人”指的就是神宗旧臣副宰相张璪、李清臣等人。九月二十四日，张璪出知郑州。第二年四月，李清臣出知河阳。
元祐元年（1086）十月间，还发生了一件对后来政局影响深远的人事案。章惇自汝州调任扬州，途经开封上任，却被堵在城门之外“奉圣旨”，当场收缴了知扬州的任命敕书，勒令即刻返还汝州旧任。章惇跪接圣旨，心中羞愤难当，满腔的血一下子冲上脸颊，脸红得就如残阳一般。如果不是儿子章持在一旁扶持，恐怕直接晕死在当地亦未可知。等到章惇在儿子的连扶带抱之下挣扎站起身来，挺直了腰杆，他脸上的血红已经褪去，人们看到的，又是那个骄傲无比的章惇了。他嘴唇紧闭，牙关紧咬，显露出颌角坚硬的轮廓，昂着头，一语不发，面色就像日落之后的天空一样阴沉平静，深不可测。看到那一幕的人，心中都充满了恐惧。
遭遇了这样的奇耻大辱，章惇竟然一语未发。只有他的儿子章持忿然上疏，为父鸣冤：“太皇太后、皇帝陛下把我的父亲调任扬州，是为了方便他就近照顾我八十七岁的老祖父。两位陛下的深恩厚德，我们祖孙三代感激涕零，粉身碎骨，无以为报。可是，没想到却发生了这样的事。这一定是执政大臣与台谏官相互勾结，欺罔陛下……”
章持的话只对了一半—台谏官的确对章惇进行了猛烈的攻讦。谏官王岩叟说：“像章惇这样跋扈的人，心怀怨望，任性无礼，对太皇太后和皇帝所为悖逆，要是按照制度来，绝对是应当杀头的。给他一个汝州知州，已经是罪大责轻，凭什么又改到扬州？！一定是有人想要为章惇翻案，扬州之后，必定还有后续节目，请陛下务必留意。”章持没有说对的，是执政大臣的态度。隔着帘子，太皇太后手中挥舞着台谏官的奏疏，怒气冲冲地问道：“是谁在为章惇主张？”吕公著毫不犹豫地回答说：“大家的意见。”太皇太后又要处分章持，也被吕公著拦下了，吕公著说：“儿子为父亲，做什么都不过分。”孝道在上，太皇太后不再穷追。然而，想当初章惇在讨论垂帘仪制时说过的那句话却一直在她的耳边回绕—“待与些礼数！”“待与些礼数”，轻慢无礼，大逆不道，这样的人就应当万劫不复！惟其如此，才能让他们明白君臣之道！
在维护自身权威的问题上，太皇太后心如铁石，不可转移。司马光死后三年，元祐四年（1089），前任宰相蔡确被指控所作《车盖亭诗》谤讪太皇太后，责降英州别驾，流放到新州（今广东新兴）监视居住。蔡确的贬谪决定是太皇太后在帘前办公会上当众亲口宣布的，事先并未与宰相们商量。各位宰相的第一反应是倒吸了一口凉气，流放岭南，岂不是要置蔡确于死地吗？本朝上一次给卸任宰相如此严厉的处分，还是在六十年前。真宗晚年，丁谓当政，把寇准流放到雷州；仁宗即位，刘太后当政，又把丁谓流放到崖州。寇准和丁谓虽然忠奸有别，但都是当时在位的宰相，在激烈的政治斗争中败北，遭遇对手清算，容或有之。可是蔡确三年以前就已经离开相位，如此处置，岂不过分？这一年的二月，吕公著已薨，当时的首相是吕大防，次相范纯仁，副相孙固、刘挚、王存。吕大防、刘挚想用孝道来打动太皇太后，说：“蔡确的母亲已经很老了……”却没想到，这话被太皇太后直接打断，帘后传出的圣谕简短有力，不容置疑：“山可移，此州不可移。”太皇太后的回答透露出满腔的怨愤。今上即位奉的是先帝遗诏，还有太皇太后的庇佑，蔡确当时恰在相位，躬逢其时，又非首相，却敢自夸有定策大功，眩惑皇帝，谋求复相，是可忍孰不可忍！话已至此，吕大防只得率领一众宰相领旨退下。只有范纯仁不死心，与王存二人单独留下，继续为蔡确求情，太皇太后没听完，就转身回宫了，丢下范纯仁和王存两个，从头顶凉到了脚底。
范纯仁一身疲惫，满面忧伤地对吕大防说：“这条往岭南的流放之路荒废了七八十年了，为什么要重新开启呢？此路既开，咱们这些人恐怕也无法幸免啊！”这句话，像极了庆历新政时期范仲淹对富弼说过的，不要引导皇帝杀人，“万一他杀得手滑了，早晚有一天会杀到你我头上！”范仲淹说这话的时候，富弼是不服的，后来，当富弼遭到皇帝猜疑，命悬一线的时候，他终于理解了范仲淹。庆历一代的政治家与皇帝之间，终究还是做到了君敬臣忠，有始有终。那么，范纯仁的话是张大其词的杞人忧天，还是会一语成谶呢？
又一次延和殿会议，太皇太后主动问起了外间舆论对责降蔡确的反应。吕大防回奏说：“蔡确积恶已久，此番罪状尤其不堪，正该这样处理。心中不乐的，只有蔡确的朋党。”谁是蔡确的朋党呢？难道说所有反对蔡确流放岭南的人，都是蔡确的朋党吗？对于这样的质疑，太皇太后会毫不犹豫地回答：“是的。”经历了五年的垂帘听政，太皇太后想问题的方式，已经非常接近神宗—这是王安石思想的伟大胜利！
因为“不言”—没有批评蔡确或者试图“营救”蔡确遭到处分的官员已达八名。到了六月，范纯仁、王存主动上章求退，二人的奏章，太皇太后“皆留中不出，亦不批答，亦不封还，亦不遣使宣押”，只等宰相主动表态。最终，还是老臣文彦博体悟圣意，主动提出了对范纯仁、王存的处理意见。范纯仁罢相，出知颍昌府；王存解除副宰相职务，出知蔡州。虽是外放，所得之州都是好地方，太皇太后的意图是明确的—她并不怀疑范纯仁、王存的忠诚，但是，在蔡确这件事上，二人处置严重不当，必须惩戒，以观后效！
就在司马光的吊祭过程中，还出现了一段小插曲。明堂大礼之后，一群中央官打算前往司马府上吊丧。崇政殿说书程颐觉得不合适，说：“‘子于是日哭则不歌’，怎么能大赦才了，就去吊丧呢？”程颐（1033～1107）是大儒，一直不肯做官，司马光和吕公著联名推荐他以布衣身份直接出任小皇帝的老师，程颢、程颐兄弟与司马光都住在洛阳，忘年相交，相知甚深。程颐曾说，与范纯仁讨论，十件事若能有三四件争论到底，便觉得满足；与司马光讨论，则可以斤斤计较，不放过任何一处细节。别人问他为什么，程颐说：“司马光是真能容纳直言不讳的，不管别人怎么违逆他，也不会生气，这是司马光的好处。”程颐的毛病是书生气太重，喜欢掉书袋。这一句“子于是日哭则不歌”出自《论语·述而》，意思是说孔子遇到哭丧之事，那么在这一天之中就不会再唱歌了。
苏辙当即表示反对，说：“孔子说的是‘哭则不歌’，没有说‘歌则不哭’。现在咱们庆贺大赦已毕，前往吊丧，论礼是没问题的。”苏辙的话是顺着程颐的逻辑来的，程颐掉书袋，苏辙也便跟着他掉书袋，只不过比程颐分析得还要精准。苏辙的话纵然不能完全说服程颐，但基本在理论上解决了大赦之后吊丧的问题。这番谈话，倘若到这里就结束，双方面子上都还是过得去的。可是，就在这个当口，苏轼说了一句俏皮话，他笑着对程颐说：“您这是枉死市上叔孙通所制的礼呀！”周围的人都哈哈大笑。枉死市是民间传说中冤死鬼的所在，叔孙通是汉初儒生，为汉高祖制礼；叔孙通所制的礼，在后世儒家看来是简陋无比的。“枉死市上叔孙通所制礼”，何其不通乃尔！这样聪明的比喻，大概也只有苏轼想得出。
程颐用大笑遮掩了尴尬，程门弟子却咽不下这口气。元祐元年（1086）十二月，左司谏朱光庭上疏，指控学士院馆职考试出题官“不忠”，这出题官便是苏轼。
馆职是宋代文官的高级人才储备库，进入馆职需要考试，考试内容是一篇命题策论。苏轼在题面中代天子立言，表达了对于当前局势的深刻忧虑，问计于宋朝未来的领袖人才：“当今之势，我们在政治上左右为难，想要师法仁宗的忠厚宽容，却担心百官有司不能振举职事，陷入偷堕；想要效法神宗的励精图治，又恐怕路、州、县各级长官不能领会精神，流于苛刻。……汉文帝是宽大长者，却没听说他治下有怠惰废弛效率低下的问题；汉宣帝综核名实，却没听说他治下有监督审察过分严苛的错误。这是为什么呢？我们怎样才能进入中庸平衡的状态？”
这样一段忧国忧民的叙述，竟然被朱光庭读出了“不忠”的味道：“仁宗、神宗的伟大，只能赞美，岂容评论？策问如此措辞，实在不知大体。仁宗这样的深仁厚德，竟然被指为偷堕；神宗这样的雄才大略，竟然被指为苛刻。一面赞颂汉文帝、宣帝完美，一面声称本朝仁宗、神宗不足为法，还有比这更加不忠的吗！必须惩处，以戒人臣之不忠者！”朱光庭的指控，完全不顾苏轼原文的逻辑，断章取义，深文罗织，诬以重罪。
类似的诬告，元丰年间苏轼就曾经遭遇过，那一次，诬告来自王安石的爪牙；而这一次，诬告来自二程的学生、司马光提拔的谏官。难道他们不应该是一条船上的人吗？然而，这样的诬告也便发生了。“王安石的反对派”内部也在严重分裂中。
人都是会死的，哪怕权势赫赫。元祐八年（1093）九月初三，太皇太后高氏薨逝，结束了长达九年的摄政，十八岁的哲宗终于亲政了。九月二十八日，司马光的学生范祖禹对哲宗发出了祈求：
如今一定会有小人进言说“太皇太后不当改先帝之法，放逐先帝旧臣”。这是离间陛下与太皇太后感情的话，陛下一定要警惕啊！……太皇太后与陛下一同改法，是顺应天下人心而改，非为一己之私而改。……她所放逐的那些人，都是上负先帝，下负万民，为天下人所切齿痛恨的。对于这些人，太皇太后本人哪有个人憎爱呢！只是因为，当时若不如此，则天下不安啊！
范祖禹的话流露出强烈的不安。可惜，在哲宗看来，这番话说得太晚，也太虚伪了。什么叫“与陛下一同改法”呢？哲宗有充足的理由感到悲愤—这九年来，这帮人张口闭口都是“太皇太后”，有谁把他这个皇帝放在眼里吗？！在他们的眼里，朕就是个小孩子，一言一行都受到严格管束，连饮食器具都是陶制的，说是要“疏远纷华”“服勤道义”，敢问他们在私宅之中也是如此吗？太皇太后和元祐众臣所营造的威压时代终于结束了！第二年四月九日，哲宗下令，改元祐九年为绍圣元年。“绍”，意思是继承发扬；“圣”，指的当然是先帝神宗。
又一个新的时代开始了，死去的和活着的都将被重新安排，从前在上的要打入泥潭，从前在下的要奉上高台。神宗朝的历史被改写。太皇太后摄政时期臣僚所上章疏被编类整理，编类章疏的对象从三省、枢密院扩大到侍从台谏官，然而并未就此打住，哲宗去世之后，有关部门发现，已经编类整理的章疏达到了1,900册，如果按“人为一本”算，那么就是1,900人的规模了。编类的目的是甄别立场，提供未来官僚选任的依据，凡是曾经反对神宗—王安石的，就算是“记录在案”，永不提拔了。报复和打击都不再遮遮掩掩，而是光明正大，理直气壮。
章惇还朝，出任首相，安焘、许将、蔡卞等出任副宰相，曾布出掌枢密院。太皇太后提拔起来的宰执范纯仁、吕大防、刘挚、苏辙、梁焘被一贬再贬，同样遭到贬谪的，还有苏轼、范祖禹、程颐等人。已经退休的文彦博、韩维等人也遭到了黜责。贬谪报复性地不断加重，比如苏轼先贬惠州，后来又被赶到昌化军（在今海南）。他的老朋友章惇未再援之以手。以上是对活人的处置。
死人方面，同样是天翻地覆，王安石获得了配享神宗庙庭的荣誉，富弼被赶出了配享队列。蔡确恢复名誉，追赠高官美谥。司马光先被剥夺了谥号，继而又被追贬为清远军节度副使，最后是崖州司户参军。受到类似处分的还有吕公著等人。据说，章惇和蔡卞本来是主张要对司马光“发冢斫棺”的，掘开坟墓、砍裂棺材，暴露尸骸，还有比这更恶毒的吗？哲宗没有允许，只是下令褫夺了司马光的“文正”谥号，推倒了他亲自撰额的司马光神道碑。曾经铭刻着光荣与恩宠的丰碑轰然倒地，跌为三块，逐渐被杂草所覆盖。
元符三年（1100）正月，哲宗驾崩，刚刚迈入生命的第二十五个年头，在位十五年，亲政六年零四个月。在哲宗嫡母、神宗向皇后的主持下，哲宗异母弟、十九岁的端王即位，这就是徽宗。对于端王的即位，章惇曾表示反对，理由是“端王轻佻，不可以君天下”。事实上，即位之初的徽宗也曾胸怀大志，有过敉平新旧矛盾的想法和努力，只可惜力不从心，“建中靖国”（1101）只维持了短短的一年，便改志“崇宁”，宣示重归神宗—王安石之道，崇尚熙宁，拜王安石的学生蔡京为相。
蔡京应当是非常迷信石头的告示和铭记作用的，他热衷于刻石。拜相两个月之后，蔡京就搞出了一个120人的黑名单，自司马光以下，举凡元祐年间曾得太皇太后重用者悉入其中，名为“元祐奸党”，由徽宗御书刻石，竖立于端礼门外。端礼门为皇帝正衙—文德殿的南门，是文武百官入朝的必经之地，设碑于此，目的是不言而喻的。“上行之，下效之”，为了向中央表达忠诚，陈州有人在本州复刻了端礼门的石刻。陈州的做法反过来又启发了中央，徽宗于崇宁二年（1103）九月下旨，命令各路、州长官在官厅复刻“元祐奸党碑”。但是，蔡京并不满足于此，第二年六月，他又搞出了一个更大规模的黑名单—“元祐党籍碑”。这个黑名单上，除了司马光、吕公著、范纯仁这些“元祐奸党”以外，王珪和章惇的名字也赫然在列，这两个人的罪名是“为臣不忠”。什么叫“为臣不忠”？据说王珪是因为没有绝对支持哲宗的上台，而章惇当然是因为反对徽宗即位！凡是反对徽宗的，反对蔡京的，都属奸党。凡入党籍者，生者“不得与在京差遣”，“不得擅到阙下”，监视居住者不得同在一州；“不得入京”的禁令同样适用于党人的子孙和兄弟，“不得到京城注官，入太学、应科举，甚至京城有宅亦不能归”。“元祐党籍碑”也分为中央和地方两个版本，中央的版本仍由徽宗御书，“置之文德殿之东壁”，地方的版本则由蔡京亲笔书写，“将以颁之天下”。蔡京和宋徽宗都是中国历史上造诣极高的书法大家，可惜了这样的两手好字！
崇宁二年九月、三年六月的两次刻碑，等于是两次全国范围内的石刻黑名单的活动。这两次刻碑活动，几乎没有遭遇来自官僚集团内部的任何抵制，却有两名卑微的刻工表达了抗拒。
应当是在崇宁二年九月的刻碑活动中，江西九江的碑工、“琢玉坊”主人李仲宁对江州知州祈求说：“我们家原来穷得揭不开锅，后来刻印苏东坡、黄庭坚的诗词文章，才吃饱穿暖了。如今这碑文却把苏、黄两位当作奸人，我实在是不忍下手。”
崇宁三年六月，刻碑的命令下达到永兴军（古长安，今西安），当差的石工名叫安民。面对着光滑的石头，安民迟迟不忍动刀，他说：“我是个愚蠢的人，实在不知道立碑的用意。但是像司马相公这样的人，全天下都赞美他正直，这碑文却说他是奸邪。这样的碑，我实在不忍刻啊！”
这两位刻工的遭遇大不相同，李仲宁得到了江州知州的谅解，赠给他美酒，批准了他的请求。知州甚至感叹，李仲宁的行为“贤哉！士大夫所不及也！”那么，江州的这块碑还要不要刻呢？当然要，换一个只认得刻刀不认得文章的便好。安民的祈求则令管事的人大怒，威胁说要治他的罪。安民无奈，哭着请求说：“既然是轮到我当差，那我也不敢不刻。我只求老爷允许我不在石头上刻上我的名字，我怕后世的人会怪罪我啊！”说完嚎啕大哭，碑，还是刻了。
在大宋的疆域之内，曾经存在过多少块“元祐党籍碑”呢？徽宗初年的州级单位是316个，分为24路，路级分设四种机构，粗略计算，州级衙门需立碑316块，路级衙门须立碑96块，两者相加，400块应当是有过的。那么，这些碑到今天还有多少块呢？荡然无存。消灭这些碑的，并非岁月，而是政治风云和行政命令。崇宁五年（1106）正月初五，“彗出西方，其长竟天”，徽宗下令毁弃“元祐党籍碑”，表面上是应答“天谴”，实际上则是在对蔡京势力的膨胀表达不满和抵制。用行政命令立起来的碑，又被行政命令毁弃，无根之物，片石不存。
说到这里，有必要对广西桂林龙隐岩的摩崖“元祐党籍碑”做个简单的介绍。那是对北宋政治斗争的遥远回响。在徽宗和蔡京的手上，北宋走向了灭亡，北方异族的打击固然是灭亡北宋的直接原因，然而，徽宗和蔡京也难辞其咎，是他们的施政让北宋政治走向了彻底的腐败，完全失去了应变抗击的能力。徽宗是神宗之子，蔡京是王安石之徒，他们高举的正是神宗和王安石的旗帜。皇帝永远正确，臣子的忠奸却是可以随政治形势而发生变化的。在南宋，高宗金口玉言，宣布王安石为导致北宋灭亡的罪魁祸首；相应的，王安石的反对派获得了无比崇高的评价，作为王安石反对派的绝对领袖，司马光则被塑造成为一个完人，一个本来可以挽救北宋的，出师未捷身先死的英雄—这样的故事，得是多么一厢情愿的人才肯相信！伴随着政治的翻云覆雨，“元祐党人”也从罪人的标签变成了英雄的勋章，甚至有人冒充党人后裔。于是，敏感的党人后裔开始了重刻、重刊、重抄“党籍碑”的活动。这便是龙隐岩摩崖的来历。党人后裔所关心的，其实也只是那一点来自皇帝和朝廷的微小的实惠罢了。但不知，南宋之人，站在龙隐岩摩崖之前，可曾有片刻回想起东京梦华？