吴淞铁路很快就被拆除了，清朝大臣们关于铁路的争论还在长久地进行着，而且随着中外形势的变化日趋激烈。
一开始争论的焦点，是在中国要不要修铁路，修铁路有哪些利弊。1880年12月3日，曾任直隶提督的刘铭传（后为首任台湾巡抚）上奏《筹造铁路折》，认为“铁路之利，于漕务、赈务、商务、矿务、釐捐、行旅者，不可殚述，而于用兵尤不可缓。中国幅员辽阔，北边绵亘万里，毗连俄界；通商各海口，又与各国共之。画疆而守，则防不胜防，驰逐往来，则鞭长莫及。惟铁路一开，则东西南北呼吸相通，视敌所趋，相机策应。虽万里之遥，数日可至，百万之众，一呼而集”。这是从国防的角度阐述修建铁路的重要性。保守派则认为中国不能造铁路，原因有几个方面：首先是没有钱；其次是铁路不能发展经济，只是转移财富；第三，铁路会造成民风颓废，惰游盛行，竞相奢侈。
在旷日持久的争论中，1881年建成了唐（山）胥（各庄）铁路，这是中国人自己修建的第一条铁路，目的是为了解决轮船招商局和北洋舰队的用煤问题，将开平矿务局的煤，通过铁路运到胥各庄，然后通过运河运到塘沽。因为唐山靠近东陵，清政府一开始以火车奔驰会“震动陵寝”而坚决反对。在洋务派大臣李鸿章的授意下，轮船招商局总办唐廷枢提出了一个折衷的方案：这条铁路不用机车，改用以驴马为动力进行拖载，清政府才同意修建。因此，唐胥铁路在当时被人称为“马车铁道”。1882年，清政府才同意以蒸汽机车牵引。由中国人自己制造的轻型蒸汽机车这时也已完成，中国成为世界上第56个拥有铁路的国家。
此后，洋务派与保守派争论的重点，从中国要不要修建铁路，逐渐深入到要在哪里建铁路，是在边疆，还是内地。大权在握的慈禧太后，对此事一直犹豫不决，没有明确表态。
洋务派代表李鸿章在利用一切机会，向光绪帝和慈禧太后进行铁路知识的启蒙，以争取这两位当权者的支持。
清光绪十一年（1885年）的一天，庄严巍峨的北京紫禁城里，一群人正兴致勃勃地观看着一套玩具在运转。观看的人群中，有大清国皇上光绪帝，有掌握国家实权的慈禧太后，还有一批皇族大臣。那些玩具，原来是一整套铁路模型，包括干线、侧慈禧线、转辙器、转台、客车、机车和煤水车，与真的一模一样，也能开动运转起来。这是一位美国商人送给李鸿章的礼物，李鸿章在天津一看，感觉不错，就把模型带到北京，先是向光绪帝的父亲——醇亲王奕譞演示了一遍。奕譞感觉很新鲜，就把模型送进皇宫，供光绪和慈禧太后观看。
慈禧
两年后的1887年，李鸿章和奕譞（时任总理海军衙门事务大臣）抓住了一个非常有利的机会以争取慈禧对修建铁路的支持：整修三海（北海、中海、南海）的同时，在西苑修建了一条铁路。这条铁路南起中南海紫光阁旁的仪鸾殿瀛秀园门外，向北经福华门，沿北海西岸北行，至极乐世界转弯向东，又从龙泽亭转向北行，终点在镜清斋前的码头。铁路全长472丈，约合1510米。铁路经过的福华门内、福华门外至阳泽门前、阐福寺前的神路三处，因是交通要道，为了方便日常车马通行，就设计了“活按”铁路，也就是火车通行前现时安装铁轨，火车通过后将铁轨移走。史称这条铁路为西苑铁路、紫光阁铁路。整条路线的所有装备是从法国进口的，有1台机车、6节客车，客车内部为面对面两排位置，能乘28人，可见是窄轨火车。西苑铁路的工程报价为白银6000两，动用的是海军经费。实际造价远远大于这个数字，承办商法国新盛公司和银行大约赔贴了4万余金，也算是一笔不小的“广告费”。
龙旗飘飘的火车头
光绪十四年（1888年）冬，西苑铁路建成通车，慈禧极为高兴。奕譞邀请了以庆亲王为首的一批皇室贵族前来参观，使清朝当权者亲眼看到了火车的优越性。当时，慈禧太后已经宣告归政，移驻西苑，以勤政殿为议政处，以仪鸾殿为寝宫，将北海的镜清斋作为临幸的别墅。慈禧上午从仪鸾殿到勤政殿上朝，散朝后，与光绪皇帝和王公近臣乘火车到镜清斋用膳。由于是御用火车，装饰得极为华丽：“坐车六辆内，上等极好车一辆，上等坐车二辆，陈设华美，制作精工；中等坐车二辆，行李车一辆，亦俱材质光洁。”车窗上挂的都是上等丝绸窗帷，慈禧和光绪乘坐的客车用的是皇帝专用的黄绸，其他王公贵族用的是红绸和蓝绸。
经过李鸿章等洋务派的努力，清廷在1889年5月5日发布上谕，以铁路为自强要策，“但冀有益于国，无损于民，定一至当不易之策，即可毅然兴办，毋庸筑室道谋”。终于同意兴办铁路。
慈禧是一个迷信的人。西苑铁路开工前，有风水先生专门查看地形，确定各个地点的开工吉日。相传，慈禧深信蒸汽机车工作时的震动声是不祥之声，会引来神灵的惩罚，会破坏皇城的气脉。通车后不久，就下令将机车扔在一边，每当行车时，在客车四周拴上绳索，由太监拉着前行。保守派人物、光绪皇帝的师傅翁同龢在日记中写道：“火轮驰骛于昆湖，铁轨纵横于西苑，电灯照耀于禁林……历观时局，忧心忡忡。忝为大臣，能无愧恨？”比起吴淞铁路来，西苑铁路的寿命算是很长了，前后共运行了12年。光绪二十六年（1900年），八国联军侵占北京，慈禧太后与光绪皇帝仓皇西逃。主人西逃，这条皇家铁路也就失去了往日的辉煌，任由列强士兵任意破坏。一直到光绪三十四年（1908年）慈禧死去，再也没有修复。
聪明而又迷信的慈禧也许没有预料到，在她死后三年，清王朝就被革命党人推翻，而其导火索恰恰与铁路有关——四川等地轰轰烈烈展开的保路运动。
1911年5月9日，清政府颁布了一个上谕，规定将各省商办铁路收归国有，实行铁路国有政策：“中国幅员广阔，边疆辽远，袤延数万里，程途动需数阅月之久，朝廷每念边防，辄劳宵旰。欲资控御，惟有造铁路之一策。……熟筹再四，国家必得有纵横四境诸大干路，方足以资行政而握中央之枢纽。从前规画未善，并无一定办法，以致全国路政，错乱纷歧，不分枝干，不量民力，一纸呈请，辄行批准商办。……所有宣统三年以前，各省分设公司、集股商办之干路，延误已久，应即由国家收回，赶紧兴筑。”这个政策表面上看起来是为了加快各地的修路速度，实际上暗含着打击、压制正在蓬勃兴起的中国资产阶级的目的。当时，各省的商办铁路公司是惟一能与国家资本和外国资本相抗衡的私人资本，也是实力最强的民间资本。5月20日，邮传部大臣盛宣怀在北京与英、法、德、美四国银行团代表订立《湖北、湖南两省境内粤汉铁路、湖北境内川汉铁路借款合同》，将从资本家手中夺得的权利转手献给了外国人。消息传开，湖南、湖北、广东、四川四省先后形成了声势浩大的保路运动。四川省的保路运动尤为波澜壮阔，各地知府、知县及省城的中下级官吏130余人也加入进来，于9月2日联名具奏内阁，支持保路运动。清政府面对这个局面，极为恐慌，次日即派两江总督、粤汉川汉两路督办大臣端方前往四川查办铁路事宜，并指令四川总督赵尔丰严加镇压。在清政府全力应付四川保路运动时，湖北新军中的文学社和共进会等革命团体乘机发动武昌起义，揭开了辛亥革命轰轰烈烈的一幕。孙中山先生认为：“若没有四川的保路同志会的起义，武昌革命或者还要迟一年半载的。”