基督教在中国的传播，唐代的景教为第一次，元代的也里可温教为第二次，明朝中叶天主教传入为第三次。
在明朝来华的传教士中，为天主教在华传播奠定基础的是利玛窦。利玛窦1552年生于意大利，名玛泰奥·利奇（Matteo Ricci），19岁时加入耶稣会，次年进入耶稣会士办的罗马学院，接受神职教育。明万历十年（1582年），他奉教会之命由印度来到由葡萄牙人租占的澳门，接受中国文化的各种训练。耶稣会士即耶稣会传教士。耶稣会是基督教内部与新教势力相抗衡并以扶助罗马教皇为宗旨的一个传教组织。从利玛窦来华，至1783年（清乾隆四十八年）罗马教皇宣布解散耶稣会，耶稣会士在华活动长达200年，经历了明末清初的变革。
利玛窦
万历十一年（1583年）九月，利玛窦和另一位传教士罗明坚从澳门来到广州，他们送给当地官员一幅世界地图和一些西方新式器物，使广州人耳目一新。感到在广州传教有困难，他们就来到西江下游的肇庆，得到知府王泮的礼遇和支持，传教活动得以开展。万历十三年（1585年），利玛窦在西江边上兴建了我国第一座天主教堂——仙花寺，并在教堂内设立了一个图书仪器室，展出西方图书和天文仪器、世界地图等。利玛窦用粤语讲解，使参观者大开眼界。他带来的世界地图，使人们第一次看到世界是如此之大，国家是如此之多，相信者、怀疑者各有其众。后来应王泮的要求，利玛窦将这幅地图翻译成中文，并且把中国放在地图中央，命名为《山海舆地全图》。这是世界上第一幅中文世界地图。利玛窦在肇庆除了传教外，还和罗明坚一起编纂了我国第一部中西文字典——《葡华字典》，首创用拉丁字母注汉字语音。为了便于和中国人打交道，他自称“利玛窦”。万历十七年（1589年），由于肇庆士绅的反对，利玛窦前往北江流域的韶州传教。他在韶州建立起第二所天主教堂，将我国儒家经典《四书》译成拉丁文，使我国传统文化传播到欧洲。在这里传教六年后，利玛窦前往北京。此时，正值中国与日本在朝鲜打仗，利玛窦到达南京后，只得返回南昌。
万历二十五年（1597年），利玛窦被提升为耶稣会中国传教区会长，不再受澳门支委会的管辖，并要求他前往北京晋见皇帝，以图传教事业能得到皇帝的批准。次年，在南京礼部尚书王忠铭的帮助下，利玛窦进入北京。这时，朝鲜战事仍在进行，北京气氛很紧张，对外国人防备较深。在北京居留两个月后，因无望晋见万历皇帝，利玛窦只得返回南京。
利玛窦回到南京后，大量结交士大夫，并与徐光启相识。万历二十九年（1601年）初，利玛窦第二次进入北京。在太监的安排下，利玛窦向万历皇帝进贡天主图像一幅、天主母图像两幅、《天主经》一本、十字架一座、报时自鸣钟两架、《万国图志》一册、西洋琴一张等。同时上了一道奏章，表示愿以自己天文历算的特长为明朝效力，但只字不提传教。利玛窦在北京定居后，虽然有机会多次进宫，但都没有见到万历皇帝。
虽然没有机会见到皇帝，利玛窦在北京结交了大批官宦和文人，通过介绍科学知识，进行天主教的传播。礼部尚书徐光启、太仆寺卿李之藻向他学习西方科学技术知识，协助翻译西方科学著作，而且成为虔诚的天主教徒。万历三十三年（1605年），就有超过200名的在京人士入教。万历三十八年（1610年），59岁的利玛窦因病去世。万历皇帝批准将阜城门外二里沟滕公栅栏的20亩地基作为利玛窦墓地。次年举行葬礼时，万历皇帝派员致祭。
基督宗教（当时来华的耶稣会士翻译为天主教）在明朝中后期第三次传入中国，能否像魏晋时期的佛教一样，在中国进行广泛传播，很大程度上取决于天主教对中国传统文化的态度。明清两代，儒家学说已经成为社会主流文化，祭祖尊孔早已是中国传统文化的核心，传统礼仪得到社会各界层的高度认同。天主教教义反对偶像崇拜，便与中国传统文化产生了严重对立。利玛窦为了便利传教，减少文化冲突，采取了一种变通的传教策略，大致有以下数点：一是争取士大夫的同情和支持，因为士大夫在中国社会中起着重要的作用；二是采用适合中国习俗的传教方式，允许中国士大夫祭祖和祭孔；三是以科学和技术吸引中国士大夫，然后再传布教义；四是反对武力传教。也就是在政治上要拥护中国皇帝和官僚阶层的统治；在学术上要有高水平；在生活上要灵活适应中国的风土人情。