吴文镕有长远眼光，江忠源有战场谋略，可惜他们都无法让时局的车轮跟着自己转。在吴文镕临时调任湖广总督时，长江沿线战场已经风雨飘摇，太平军更是进逼武昌。
这个时候就如何守城，吴文镕和湖北巡抚崇纶产生了分歧。
清代的督抚制是一个很让人纠结的制度。从名义上来看，总督的权力要大过巡抚，但他们之间没有直接的隶属关系，巡抚并非总督的下属，大家都只对皇帝一人负责。
这样一来，一把手和二把手的关系就很微妙。合得来当然没问题，可以做到齐心协力、优势互补，比如广州反入城斗争时的徐广缙和叶名琛，可若是合不来，就免不了互相扯皮。
吴文镕和崇纶便是一对很悲催的搭档。崇纶以武昌缺乏军饷且兵力单薄，无法固守为由，主张移营城外进行野战，实际上是想随时找机会开溜。吴文镕则坚持死守待援，与武昌共存亡。
就在两人争执不下时，太平军已经逼近，想出去也不可能了。吴文镕指挥守城，武昌居然守住了，太平军撤围而去。
这对崇纶来说可真不是什么好消息。他和庐州知府胡元炜是一样的小人，都是有祸事就躲，有功劳就抢，有能人就妒，吴文镕的成功毫无疑问意味着他崇纶的失败。
“鸡蛋里挑骨头”是小人常用的招数，崇纶也精通这一招。他向咸丰告了吴文镕一状，说吴文镕闭城固守的战术属于守株待兔，不仅没功劳，还因此放跑了太平军。
给崇纶这么一诬陷，吴文镕的守城功绩大为失色，反倒是崇纶似乎有先见之明——要早点照我说的去做，野战于武昌之外，太平军怎么会说溜就溜，肯定能予以一举歼灭啊！
看了崇纶的奏折，咸丰也糊涂了，不知道谁说得对。他只知道一样，这两督抚在一起，不仅不和衷共济，还在相互拆台，那就干脆一拆两半吧：崇纶守城，吴文镕负责去野战。
收到咸丰的旨意，崇纶幸灾乐祸，天天催着吴文镕出城，但吴文镕一直不肯动身。他已经发出信件，陆上征调胡林翼的黔勇，水上邀约曾国藩的水师，请这两路人马赶来助战，到时他再率军从武昌杀出，野战才有胜利的把握。
吴文镕迟迟不动身，就是想抓紧战场上宝贵的暂停时间，继续选拔和训练官兵，同时等待其他水陆两军聚齐。可是他的举动在崇纶看来，就是怯懦：哈哈，不敢去了吧，就知道你会这样。说我无能无胆，你倒是表现一下你的英勇气概呀？
崇纶对吴文镕极尽冷嘲热讽、贬损挖苦之能事，甚至还用“抗旨不遵”来进行威胁和逼迫。吴文镕气愤不已，他说我受到国家厚恩，难道还会怕死吗？我是在等待一个夹击太平军的最佳时机啊，现在你既然这样说我，“今不及待矣”，我不能再等下去了。
吴文镕随即亲率数千清军进驻武昌周边的黄州，与太平军相抗。从出城的那一刻，吴文镕就知道黄州一行意味着失败和死亡，但他只能如此。
自吴文镕出发后，崇纶便暗中掣肘，甚至不按时向黄州运发粮草。加上天气严寒，士气低落，黄州战败不可避免，吴文镕所建十一座兵营被全部烧毁。最后时刻，他选择了和老部下江忠源一样的道路，即投水自尽。消息传来，崇纶还落井下石，报称吴文镕失踪，意思就是并非战死，而更可能是逃跑或投降了。
几个月之后，曾国藩进兵黄州，访问当地老百姓，人们都说吴文镕死得很壮烈，很多人还流了眼泪。为了给老师洗清不白之冤，曾国藩据实上奏，咸丰了解实情后十分震怒，当即要下诏将崇纶逮捕治罪。崇纶闻风服毒自尽，也算给了死者一个交代。
江忠源和吴文镕的相继战败自杀，对曾国藩造成了极大的刺激。
江忠源与曾国藩不仅有十多年的交情，他还利用自己不断跃升的政治地位，进言咸丰，让咸丰支持曾国藩扩充水师。可是当太平军包围庐州，江忠源向曾国藩求救时，曾国藩仅派了一千陆师赴援，而没有派出至关重要的湘军水师前去解围。