刚到伊犁的那段日子里，林则徐明显变得消沉起来。在给友人的书信中，谈到“制夷”，他的回答竟然是“得了且了”，能结束就快点结束吧。
这不应该是林则徐的风格，可是他能够怎么办呢？伊犁将军布彦泰久闻大名，很器重他，然而关照方式也无非是给安排一个相对轻省些的活，把他派在粮饷处当差，此外就是“终日萧闲，无所事事”。
林则徐有过获赦的机会。民间士绅曾自发筹资，准备采取用钱赎罪的方式，把林则徐从新疆接回内地，但被林家父子婉言谢绝。
如果他愿意，还可以变卖不多的家财，罄其所有，亦足以自赎，更不要说去花别人的钱了，后者是林则徐的道德品质所不能允许的。
他不想这样屈辱地回到内地，既然辜负了皇帝和国家的期望，也许就应该活活受罪，他不再寄望于“生入玉关”了。
一天天过去了，边塞“雪窖冰堂”的生活严重摧残了林则徐的健康，以至于他几乎没有哪一天不生病，心情也时时处于抑郁之中。
即使在自己最困顿的日子里，林则徐也没有忘记要造福当地。1844年夏季，他捐资承修了清代伊犁最大的水利灌溉工程阿齐乌苏渠。这条水渠修成后，极大地改善了伊犁的农田灌溉状况，当地称之为“林公渠”。
在伊犁，从伊犁将军到普通百姓，没有人不尊敬这个光荣的囚徒，并皆以能够得到林则徐的书法题咏为荣。有一段时间，人们在伊犁街头争相购买用于写字的绢纸，以便找林则徐求字，最后导致绢纸都断了货，而林则徐的手迹墨宝则传遍“冰天雪海”。
好人有好报，“林公渠”诞生半年后，林则徐的人生转机开始出现了。1845年初，布彦泰鼓足勇气，向道光保举林则徐，没想到道光破天荒地点了头，允许让林则徐负责查勘南疆的垦荒情况。
这是一个可虚可实的活儿，实际上可看作道光宽赦林则徐的一个过渡，布彦泰特地征求林则徐的意见：“你是想远一些，还是近一些？”
林则徐回答是远一些。
远一些，无疑会艰苦一些，但可以更好地了解边远地区百姓的生活情况，解决他们的困难。这一路上，林则徐一边实地勘查地亩，一边到农家访贫问苦。他发现当地回民生活艰难，就提议把三万七千余顷垦田全部交给回民耕种。同时，他还发挥自己精于民生治理的长处，改进和修建了许多新型的坎儿井，又帮助棉花产区的老百姓制造纺车，后来二者被分别冠名为“林公井”和“林公车”。
林则徐行经两万余里，几乎踏遍了南疆的山山水水，使沿途百姓大获其利，并对林则徐感激涕零，称之为神人。
林则徐当然不是什么神人，他只是凡人，但他是一个具有非凡的意志品质和人格的凡人。当他得以再次为这个国家服务时，所有的坎坷、无奈、委屈都成了过往。他只知道，他深爱着这个国家，所以无怨无悔：“苟利国家生死以，岂因祸福避趋之。”
重新出山后，林则徐历任陕甘总督（代理）、陕西巡抚、云贵总督，其政绩仍像过往一样显著，被朝廷加以太子太保，赐花翎。
但是林则徐更多的心结，还在“制夷”上面。当时人们都以英吉利为虑，有后辈向林则徐请教方略，没有想到林则徐出语惊人：“英吉利不难对付，以后将成为中国祸患的国家，恐怕是俄罗斯吧？”
大清国与俄罗斯的直接冲突，还要追溯到康熙年间的雅克萨之战。那是有清一代，中国对外战争的一次重大胜利，之后俄罗斯就乖乖地缩了回去。这数十年来，从未听说中俄边境有过什么冲突，所以听者很是疑惑。
注意到对方惊讶的表情，林则徐叹了口气：“我老了，可能看不到这一天了，但你们会见到的。”
林则徐的预言不是空穴来风，忧虑也不是无缘无故。
英吉利固然厉害，属于最强之“夷”，但林则徐也看出来了，这个最强之“夷”距离遥远，只能通过水路入侵，而且他们主要是想通商做生意，尚无领土上的直接诉求。俄罗斯却不一样，这个陆上邻国随时可以呼哨一声，从边境线上杀奔过来。特别是在充军伊犁期间，林则徐得以对俄国进行就近观察和研究，这让他不由得倒吸了一口凉气。
俄罗斯军队的实力绝非从前的张格尔叛军或浩罕军队可比，也远超康熙时代，最主要的是这个国家攫取领土的野心很大，而反观己方，由于鸦片战争的影响，守备力量逐渐向沿海倾斜，已导致新疆守备趋于松弛。
这个时候，林则徐已注意到内乱的不断爆发。他担心，如果朝廷的主力再用于平定内乱，将不会有多余力量防守西北边陲，到时俄罗斯将会乘虚而入，打中国一个冷不防。
林则徐害怕这一天的到来，他多么期望年轻后辈中能产生挽狂澜于既倒的英才啊：“谁能继老夫之志乎？”