军中关于杨芳的传奇故事还有不少。某次，一支官军因待遇不公而闹哗变。杨遇春督军平变，却吃了败仗，急得不知如何是好。杨芳对杨遇春说：“这批官军曾是我的部属，大家处得如兄弟一般。现在他们见了我都躲着走，显然仍记着我的好，所以我愿意一个人深入虎穴，去劝回他们。”
说完，杨芳单人独骑去了对方军营。起先，他说道理：你们难得打赢一仗也没什么了不得，该吃亏还得吃亏，如果早点投诚悔过的话，还来得及。
这些人仍然犟着脖子不为所动。见此情景，杨芳又赶紧拿多年的兄弟情说事，而且越说越激动，说得声泪俱下。男儿有泪不轻弹，何况还是老上司，众人大为感动，也跟着流下了眼泪，一场兵变奇迹般地被予以化解。
论在朝野间的名气，其时的杨芳不如杨遇春，但他却是最有可能超越杨遇春的人，而南疆平叛给予他的，正是这样的天赐良机。
1826年10月，杨芳奉命突袭柯尔坪，只带了两千多兵卒。他的老本行是侦察兵，因此非常注重侦察，无论行军还是扎营，周围随时都有探马负责察看敌情，即使突袭也不例外。这一招成了他的护身符。在距离营地仅几公里的林丛中潜藏了两千多叛军，为的就是打埋伏，但他们被杨芳的侦察兵提前发现了。一场遭遇战之后，伏击的叛军反而被杀得大败而逃。
第二天，杨芳采取两面夹击的战法，在柯尔坪将叛军牢牢夹住。双方冷热兵器一齐上，真个是杀得天昏地暗，日月无光。这一战，基本将柯尔坪守军予以全部歼灭。
柯尔坪的克复，为直取喀什噶尔创造了先决条件，但此时南疆逐渐进入冬季，大雪封山后，道路崎岖难行，官军被迫暂停进攻。
从各地调集的大军陆续集中于阿克苏，这么一块巴掌大的地方，短时间内一下子集中如此多的人马，吃穿成了最大难题。政府的后勤补给点远在陕甘，往新疆运点粮草不容易，相比之下，乌鲁木齐的屯粮倒是很足。道光马上决定将乌鲁木齐设为新的粮台，并派钦差大臣具体督办，就近采买粮食。
从乌鲁木齐到阿克苏，路途比内地近了一半还不止，平叛大军再不用为粮草不继而发愁，长龄等人转忧为喜。
肚子是吃饱了，但天气还是不好，进攻喀什噶尔非得推到第二年不可，此时就明年究竟如何打，君臣之间展开了争执。
清代皇家时不时就要举行的“木兰秋狝”式围猎，实际上是一次次向祖先致敬的军事大演习，所谓“围猎以讲武事，必不可废，亦不可无”。正是在这样不间断的仿生军事训练中，道光知道了要如何“运筹帷幄之中，决胜千里之外”，知道了怎样才能“给馈饷，不绝粮道”，也逐步培养出了“连百万之军，战必胜，攻必取”的信心和决心。
自从开战以来，不在第一线的道光，比在第一线的长龄还要忙。为了毕其功于一役，他为来年作战构想了一个出奇制胜的策略，即三路进兵，一正二奇，一路为“正兵”，两路为“奇兵”，从而给张格尔布下天罗地网。
可是道光的这一战策也存在不足。张格尔在喀什噶尔驻军不下数十万，官军加起来才五万，很多还没到达，加上又要分兵留守阿克苏，实际能够进兵喀什噶尔的只有两万两千人，这种情况下，兵分得越多其实越不利。再者，若完全按照他的奇兵路线行军，官军要经过长达数百里的大漠戈壁，沿途的少数民族部落又被张格尔所蛊惑，部队一边走一边还要防，效果将大打折扣。
长龄是一个军事行家，他看出了问题所在，因此在收到道光的密折后，毫不客气地给皇帝打了回票。
对他的抗旨不遵，道光没有动怒：“好了，当地情况你一定比我更了解，我不会再遥控指挥，你觉得该怎么打就怎么打。”