决意离岛而去的人们携带物品和行李前往商港，繁忙的装船作业使商港呈现出6个月没有见过的热闹景象。因为只是居民就有5 000人已做出决定，哪怕沦为难民也要撤出罗得岛。其中只有少数人已制订好能寻找到落脚处的计划。即便是骑士团，在沦为难民这一点上也完全相同。
要让5 000人和他们的行李上船，至少需要50艘船。但是，踞城而战6个月的罗得岛已没有这么多的船只。没能搭乘上热那亚、威尼斯、马赛商船的人和行李，只好利用土耳其海军提供的船只。土耳其船承诺将把这些人和行李运送到威尼斯属克里特岛。人们自然都希望尽量搭乘西欧的船只或罗得岛人的船只，商港因此混乱。
在军港，尽管性质有所不同，但混乱却同样存在。这并不是因为要装载骑士们的物品。如果为此，就不会花费很多时间。比这更重要的是，既然被允许在保持军人尊严的情况下投降，武器和武具就必须全部带走。但只有大炮，土耳其没有允许他们带走。
但是，骑士团拥有在巴勒斯坦地区活动时收集到的圣人遗物。这些圣人遗物是从不得已放弃巴勒斯坦的时候起，到将根据地设在罗得岛，与骑士团同呼吸共命运的圣物，离开罗得岛之后，在得到现在还不知在何处的下一个根据地之前，这些圣物与骑士团一样，也失去了安居之地。收在一个精美绝伦的银制容器里的圣约翰的右手、耶稣曾被钉在上面的十字架的木片、钉在十字架上之前被戴在头上的耶稣受难荆棘冠的两根木刺、圣女欧斐米的圣髑，以及十分灵验的老圣像，这些都是圣约翰骑士团的珍宝。圣人遗物被安放在了骑士团大团长乘坐的旗舰圣马利亚号的客舱里。
珍宝、武器、军旗以及骑士们的物品装船后，还要让伤员上船。能走的靠着同僚的肩膀，不能走的被人用担架抬着上了船。
所有这一切结束时，已是12月的最后一天。出港定于第二天的1月1日。出港前一天的早晨，骑士团大团长为了进行撤离时的寒暄而访问了苏丹的帐篷。苏莱曼备好了保证全体离岛人员在土耳其帝国内通行安全和自由的通行证，等待大团长的到来。这一天，大团长与苏丹相对而坐的时间超过了上一次。
后来大团长评价苏莱曼时曾指出：
“他才是真正的骑士。”
1523年1月1日，大气令肌肤感到寒冷难耐，但天空却万里无云、一片湛蓝。如同罗得岛脊梁一样的山脉的最高峰也被一层薄雪覆盖。
在军港，骑士们开始登船。在商港，居民当中的第一批已于前一天夜晚登上了总计11艘的船只，并等待出发，这11艘船中也包括飘扬着热那亚、威尼斯、法兰西旗帜的船只。除此之外，决定离开的人将在土耳其船准备就绪后搭乘上去，紧随今天出发的船只。前来送行的人们和被送行的人们在船上和船下相互诉说着难舍难分之情。
在苏莱曼的关照下，军港没有出现土耳其士兵，由于出发的人都是在这座岛上没有亲属的骑士团相关人员，因此送行者寥寥无几。骑士们默默地登上了预备好的船只。安东尼奥一瘸一拐地拖着右脚。他被土耳其士兵的短刀刺到骨头，虽然伤已治好，但还是要拖着腿行走。能用自己双脚行走的骑士今天也穿着圣约翰骑士团的正装。
在军港的停泊处，25艘船整装待发。1艘大型运输船，14艘一根桅杆的小型加莱舰，3艘两根桅杆的大型加莱舰，7艘具备三支桅杆以及四角帆与三角帆两种船帆的战斗用帆船，这是离开罗得岛的骑士团可以使用的船只。对200年来一直拥有这一带海域制海权的圣约翰骑士团海军来说，这一数量只能用“太寒酸”一词来形容。几艘船被用于居民的撤离，还有10艘左右的船要想与以后不知去向何处的船队同行，令人担心的因素实在太多，因此只好将它们留在造船厂。
骑士团大团长和总主教乘坐的圣马利亚号是一艘具有三根桅杆的战斗用帆船，体积明显大于其他6艘。舰长是英吉利骑士威廉·威士顿爵士。这艘领航船驶出了港口。
紧随旗舰，其他船只也一艘接着一艘地离开了停泊处。不知是谁在敲打，罗得岛城墙内所有的教堂同时响起了钟声。
离开停泊处的各艘船都在桅杆上挂起了圣约翰骑士团的旗帜，呈三角形的红底白十字旗在风中高高飘扬。船舷上整齐地排列着同为红底白十字的骑士盾牌，盾牌背后是手持长矛站立着的骑士们。这也是骑士团奔赴战场时的例行做法。防护堤上的风车发出嘎啦嘎啦的声音。
以旗舰为排头的船队正要通过守卫军港入口的圣尼古拉要塞前方时，要塞里响起了阵阵炮声。这是苏莱曼下令鸣放的礼炮。骑士们默不作声地盯着渐渐远去的罗得岛，谁都没有说一句话，只是久久地站立在船上。
这是200年来他们的家园，现在他们即将离开这个玫瑰花盛开的古老岛屿。站在圣马利亚号船尾的军号手为回应钟声和礼炮开始演奏。军号声高高升起，沿着海面传向远方。无论是来到这座岛上还不到一年的新骑士安东尼奥，还是并非骑士的马尔蒂嫩戈，他们都与两眼紧盯着远去的罗得岛的骑士们有着相同的内心感受。
船队的第一站已定为克里特岛西端的哈尼亚港。这是因为克里特岛所属的威尼斯共和国将哈尼亚城区的几座建筑提供出来，用作难民们暂时落脚的地方。病人也被允许收容在当地的医院里。
以后呢？这之后的目的地还没有决定。
但是，在辽阔的土耳其帝国构筑于其属国的院子里，虽小但却凶猛的“基督之蛇的巢穴”终于被铲除了。这是付出巨大牺牲后取得的成果，但对土耳其人来说，即便如此，所获也十分丰厚。从帝国首都君士坦丁堡出发，无论是前往遥远的叙利亚和埃及，还是前往阿拉伯半岛的麦加朝圣，再也不用担心途中会遭遇袭击了。
可是，28岁的胜利者此时还没有察觉，自己在发扬了甚至超越法兰西贵族的骑士精神之后，竟然放过了“蛇群”中毒性尤其强的一条年轻的蛇。