由英吉利骑士诺福克在绝密情况下展开的调查，到了10月26日，总算结出了果实。几个可疑人物之一终于露出了马脚，而且是在试图向敌营发射箭书时被人赃俱获地抓住的，因此证据确凿，无法狡辩。
现行犯是在骑士团医院工作的一名犹太医生。
犹太民族自从失去祖国以来，从地中海世界流散到欧洲各地，无论何时何地，都没能摆脱异邦人的境遇。在任何时候都可能遭到迫害和驱逐的情况下，势必会选择即使只身逃出也可以在第二天重操旧业的职业。犹太民族在子女的教育方面重视医生等知识性行业，也是这一倾向的典型表现。而且，如果这种选择能够长期、持续、有意为之的话，产生优秀人才也就只是一个时间问题了。整个中世纪和文艺复兴时代，如果从医生阶层中剔除犹太人的话，这一阶层本身也就无法成立。这一点无论是基督教世界还是伊斯兰教世界都并无二致。
圣约翰骑士团是一个医疗和军事双管齐下发展起来的组织。承担军事任务的是骑士，但医疗任务却不得不依赖骑士以外的人。当时西欧屈指可数的名门望族的子弟完全没有立志成为医生的想法。在类似威尼斯那样的国家，不存在以拥有土地为基础的统治阶级，依靠工商业做成大事的城市贵族的子弟当中，时而会有立志行医的人，但这些人属于例外。在这种状态下，高举基督教旗帜的宗教骑士团医院的医生全部为犹太人，也完全不足为奇。这些犹太医生是因为技能得到认可而在骑士团医院获得工作的。无论医生信仰哪种宗教都不是问题，而且假如将其视为问题的话，医院也无法成立。
但是，犹太人就是再才华出众，也不会被安排担任军务。由于他们没有以身相殉的祖国，因此得不到信任。在圣约翰骑士团，军事上的事务也没有一项能被医生们知晓。
尽管如此，箭书上还是写明了从骑士团所拥有的弹药到可使用的大炮数量等情报。因此只抓到一个现行犯当然不够。
被拷打的犹太医生坦白还有同伙，而且声称自己并不是主谋，只不过是一个跑腿的而已。他只是接受一个人的指令，将这个人给予的情报传递给敌人而已。他指称的这个人是一个名叫迪亚斯的男子。
迪亚斯被捕后立即被拷打。他是葡萄牙人，也是在骑士团地位仅次于大团长的卡斯蒂利亚骑士馆馆长安德烈·达尔马的侍从。迪亚斯在拷打开始后不久便交代了。他说确实曾多次将信函送到犹太医生手中，但都不过是因为接受了主人的命令，自己连信的内容都不知道。
到了这一步，骑士团的高层都大惊失色。可耻的奸细竟然是自己的伙伴之一，而且是骑士团中位居第二，每次都必定会出席高层会议的人物。圣约翰骑士团的骑士将贵族的骄傲和消灭异教徒的使命感当作存在依据，而这名骑士竟然会暗中勾结基督教的敌人土耳其。这一切都将骑士们推进绝望、愤怒、悲伤的深渊。
10月28日，达尔马被逮捕，并被带到伸向大海的堡垒、圣尼古拉要塞最顶层的房间里。在那里，他接受了审讯。但是，这名葡萄牙骑士一句话都没说。虽然也施以拷打，但却没能改变其沉默的态度。达尔马一句话也不说，简直就像是认为说什么都等于徒劳一样。他也不争辩。迪亚斯几次被带来在他面前反复坦白，但此时，他只会说一句：
“你这个胆小鬼！”
对达尔马不利的证词很多。
有人说，在他还是一名中层骑士的时期，与现任骑士团大团长亚当一起，被委以指挥舰队的任务，那时候，由于战术上的问题，两个人的意见经常不合。此外，还有人做证说，在亚当当选骑士团大团长的选举中，达尔马曾是实力雄厚的竞争者，但选举落败时，曾听到从他口中漏出这样一句话：“亚当将是以罗得岛为根据地的圣约翰骑士团的最后一个团长。”这个葡萄牙骑士的态度和举止中平常就有排斥他人的地方，也因其封闭的性格，在骑士当中没有什么威望。
但是，没有任何确凿的证据。可他保持沉默的态度，却不能不刺激因城防战而早已消耗惨重的骑士们的内心。
11月3日，高层会议做出决议，对三人全部处以死刑。决议规定，医生和侍从处以绞刑，骑士处以斩首。
11月4日，在骑士团大团长城堡前的广场，三人被执行死刑。三人中最后一个被执行死刑的达尔马拒绝了神父奉劝的最后一次忏悔，作为一个基督徒在没有得到祝福的情况下死去。直到最后，他也只字不说。
但是，并不是骑士团的全部成员都对这一判决表示信服。由于没有反证，大家都保持了沉默，但还是有几个人无法排除内心的疑惑，觉得他是否当了奸细值得怀疑。其中之一，就是奥尔西尼。他来到病房时，安东尼奥在确认房间里只有他们两人之后，曾小声问过他对此事的看法。罗马的年轻骑士用沉静的视线扫了一眼安东尼奥的脸后，终于说了一句：
“不知道。”
三枚叛徒首级都朝着敌营的方向，被挂在了他们与敌人暗中勾结时使用的场所圣乔治堡垒的前面，身躯则被大卸八块后烧毁。显示土耳其方面如何看待此事的史料一份也没有留下。
南方的罗得岛也正在逐渐进入雨季。