对于据守在罗得岛的骑士团，不断扩充势力的新兴国家土耳其并非对其束手无策、置之不理。苏丹穆罕默德二世一直热衷于称霸地中海世界，以至于在1453年将拜占庭帝国推向灭亡，把首都迁至君士坦丁堡，宣布取代拜占庭帝国。1480年，他为征服罗得岛而派出10万大军。圣约翰骑士团在大团长皮埃尔·德·欧比松的指挥下选择战斗到底，经受住了长达3个月的攻防战的考验。由于苏丹没有亲临督战，将军们的战术出现了破绽，加上瘟疫袭击了土耳其军，600名防卫军才幸而得救。
这一战在土耳其看来并非有多大不光彩，也没有导致士气衰退，对圣约翰骑士团来说，却是相当于必须追溯到300年前巴勒斯坦时代的极具价值的胜利。他们面对连拜占庭帝国和海洋女王威尼斯也无法战胜的土耳其，成功地将其击退。西欧各国仿佛是重新认识到罗得岛骑士的存在一样，庆祝了这一对基督教世界来说令人称快的壮举。德·欧比松甚至获得了历代骑士团大团长都没能如愿得到的枢机主教地位。在西欧，捐款和志愿骑士的激增更是自不待言。
但是，难以想象土耳其会就此收手。这之后的40年间，骑士团一直专心于增强防卫能力。其中，从1513年到1521年担任骑士团大团长的意大利人法布里齐奥·德尔·卡莱特，在君士坦丁堡陷落后，为了防备已成为攻城武器主力的大炮，在彻底改变城墙建筑的过程中立下了汗马功劳。正因为出身于当时的技术先进国意大利，他对只凭武勇决一胜负的时代业已结束一事颇为理解。
圣约翰骑士团之所以能够享受40年相对平稳的时期，只不过是因为土耳其在此期间没有认真地把注意力放在罗得岛上而已。
这是因为在穆罕默德二世的儿子巴耶济德时代，他不得不专心于巩固父亲所向披靡征服而得的巨大版图，穆罕默德的孙子塞利姆实现了土耳其民族的夙愿，即对叙利亚、阿拉伯、埃及的征服。1517年完成的这一大征服并将麦加纳入版图的土耳其，在精神方面也成为伊斯兰世界的盟主。对实现了地中海完全内海化的他们来说，进攻眼中钉肉中刺罗得岛的时机终于到来。
浮现在这一“内海”的基督教徒要塞有两个，即塞浦路斯和克里特岛，这两个岛屿由海军力量依然强大的威尼斯共和国掌控。另一个要塞罗得岛在大国土耳其看来，是一个只由一小撮男人把守的岛屿。而且，与不做海盗的威尼斯不同，征服罗得岛也可以说是打击海盗行为。而且，由于对手是高举十字架冲上前来的僧兵，因此伊斯兰的正义百分之百能够行得通。1520年，成为土耳其苏丹的苏莱曼终于下定决心要征服罗得岛。
对已经感觉到必须与在西面崛起的哈布斯堡王朝相对抗的年轻苏丹来说，“基督之蛇的巢穴”已是不能再允许其存在的东西。即位一年后就远征匈牙利，并成功征服了贝尔格莱德的苏莱曼一世的目光，朝向了罗得岛。