作为招牌的医院就这样一帆风顺地经营下去，而另一个本行海盗业，也毫不逊色地一路兴旺发达。
这是由于随着东地中海西欧势力的衰退，取而代之的土耳其势力不断延伸，罗得岛近海越来越成为东西交流的“主要街道”。从土耳其帝国主要港口君士坦丁堡或加里波利启航的船只，如果想前往叙利亚或埃及的话，无论如何都必须经过罗得岛近海。由于距离也较近，从航海方面的各种理由来看，这是最自然的选择。而且，土耳其人既不是贸易民族也不是海洋民族，因此希望尽量一直沿着海岸航行。他们大多数时候都把航海交给土耳其统治下的希腊水手，而希腊人又是只习惯于特定海域的民族，在这一海域随时都要能看到爱琴海岛屿的身影。他们无法像热那亚人和威尼斯人那样，即使在什么陆地也看不见的海域也能沉着地航海。因此，从土耳其的港口出发后，他们会尽量沿着已成为土耳其领土的小亚细亚海岸南下，行驶到爱琴海尽头，就只好进入地中海。但是，在那里却有罗得岛顽强地守卫着。
而且，罗得岛近海属于在地中海较为罕见的季风海域，每个季节都会刮起方向一定的海风，因此大气清澈、天空晴朗的时间较长，航行视野绝好。此外，由于处在爱琴海的延长线上，海水深度也较浅，少量的风也会轻易掀起海浪。海潮也有从南朝北流动的部分，时速为0.5海里到2海里。这些也并非什么大不了的恶劣条件，但只要土耳其船不是海盗船，其航海能力还是逊色于西欧船只的。与此相反，掌控骑士团船只的，是从孩提时代就对这片海域了如指掌的罗得岛人。
在战术转换为从船上相互炮击的特拉法尔加海战以前，提起海盗，就意味着接近并登上敌船，在船上展开白刃战的海战。只要接近敌船，剩下的就与地面战没有多大差异。只有与敌人的战斗，方可显示出流淌着“蓝色血液”的圣约翰骑士团骑士们的存在理由。罗得岛人巧妙娴熟的驾船技术与骑士们的勇猛果敢相辅相成，土耳其船闻风丧胆也理所当然。而且，越是随时被迫面临战斗的战士就越是强悍。在这一点上，圣约翰骑士团也保持住了作为战斗集团的理想状态。
圣约翰骑士团的海军力量无论是量还是质，都不能与威尼斯共和国相匹敌。在量的方面，也不及非海洋民族的土耳其和西班牙。但是，他们没有扩展战场的必要。只要把守好岛屿的近海，猎物就会自己送上门来。此外，旨在充分利用这一海域的要塞和基地，已选择战略要冲建设而成。船只也能在当天返回港口，因此与远航的船只不同，无须装载多余之物，反而能搭乘更多的战斗人员。船只的大小只有威尼斯的三桅大型加莱舰的一半左右，但桅杆数量却相同。只考虑到用于罗得岛近海的战斗而建造的这种快速加莱舰，是圣约翰骑士团海军的主力，可以轻易驶出4.5海里到7海里的时速。
还有一点，圣约翰骑士团的军船也不同于威尼斯和热那亚的加莱舰。意大利的海洋城邦一般不在船上搭载大量专门参加战斗的士兵，为了让划桨手在接近敌船后也作为战斗人员发挥作用，他们使用了并非奴隶的自由民，与此相反，骑士团的划桨手大多是被俘后沦为奴隶的伊斯兰教徒。因此，骑士团的船只不能像意大利船那样让划桨手坐在上层甲板。他们在甲板的下面增设了顶棚较低的一层，把划桨手拴在这里排列的木制枷锁上，让他们划动船桨。这是为了避免在接近敌船时，从背后遭到同为伊斯兰教徒的划桨手们的威胁。在这一点上，骑士团船与使用枷锁将基督教徒奴隶拴在一起，让他们划桨的土耳其船相同。
通过各个岛屿上的要塞逐一升起狼烟传递的信号传到罗得岛时，4艘一组的船队便会立刻出发。一艘船上一般有100名桨手，20名水手，50名骑士。
首先，两艘船快速从靠近的敌船旁边驶过，绕到猎物背后。接着，其余的两艘堵在敌船的正面。这样形成夹击后，尽可能地让己方船只接近敌船。当敌船和己方船只的船桨咬在一起时，就向敌船投掷“希腊火”。
当然，土耳其船也不会仅只一艘游荡而来，基本上都是四五艘组成一个船队，有时也有近10艘结队而行。圣约翰骑士团方面也根据瞭望哨传来的情报，增加或减少派遣的船只数量。根据不同情况，既有己方两艘对敌方一艘的时候，也有一艘对一艘的对决。即使这样，驾船技术和战斗能力均十分出色的骑士团船只也足以让土耳其船闻风丧胆。飘扬在桅杆顶端的红底白十字旗在伊斯兰教徒的眼里，简直就像是恶魔的宣示。
通称为“希腊火”的火器，据说是拜占庭人的发明，巴勒斯坦时代的十字军也对其进行过广泛应用。它由硝酸钾、硫黄、铵盐、树脂等混合制成，但混合的比例是机密，即使现代也不得还原。
“希腊火”的使用方法也多种多样。有将其装进铜制的长筒，点火后对准敌人，如同现代的火焰喷射器那样的用法；也有放在陶制圆坛里向敌人投掷过去，类似手榴弹的用法；除此之外，还有装入同样的陶制坛子之中，通过导火索将其点燃，然后投掷过去的炸弹式使用方法。拜占庭人似乎还有从装在船头的动物形装饰口向敌方喷火的用法。圣约翰骑士团的船只没有采纳这一用法。这可能因为一旦风向不对，自己的船只就面临被火焰吞噬的危险。
无论是哪种使用方法，只要将这一“希腊火”投在敌方船只上，当时的木制船只的甲板、桅杆、船帆就都会立刻被火焰吞没。骑士团用这一方法让敌人陷入混乱，然后让身披钢铁盔甲的骑士们冲入敌阵。尽管其战马早已被剥夺，但这一战术对中世纪骑士们的战斗精神来说，似乎再合适不过。
虽然圣约翰骑士团一次也没有装备过大舰队，但他们通过小舰队进行的彻底的游击战术，切实地取得了战果。土耳其船只被烧，船员不是被杀就是被俘，船客全部被扣为人质，而且如果想获得自由就必须用巨额赎金来交换。船上的货物也被抢夺一空。如果土耳其船想避免这一命运，就只好依靠大舰队的护航。但是，并非海运国家的土耳其实际上没有足够能力为每一支在“主要街道”上航行的船队配备大舰队。而且，使圣约翰骑士团的这一海盗行为正当化的是攻击异教徒，以及解放被套在异教徒枷锁中的基督教徒这两件事情。
但是，由于他们对伊斯兰教的憎恨过于矢志不渝，因此与原本应该志同道合的基督教徒的关系，有时会变得十分不妙，尤其是与由于身为贸易国家而只好采取现实路线的威尼斯共和国之间的关系。
有一年，发生了一起事件，正在北非沿岸航行的威尼斯船只遭到了有时也去远征的骑士团船只的袭击，不仅被拖到罗得岛，作为船客搭乘在船上的10名阿拉伯人还被当作奴隶贩卖。这是在1453年君士坦丁堡陷落导致拜占庭帝国灭亡之前，土耳其与威尼斯尚未陷入对立关系的时代所发生的事情。得知此事的威尼斯政府指出，无论信仰如何，保证乘客安全是让人们乘船一方的义务，因此紧急命令驻扎在克里特岛的威尼斯舰队出动。挤满罗得岛港入口的威尼斯军船将炮口对准了港口城墙，并质问骑士团是交还阿拉伯人还是开始交战。威尼斯船与乘客一道得以归还。
但是，到了15世纪后半叶，威尼斯共和国也迫不得已与土耳其进行过两次战争，在其间的和平时期，圣约翰骑士团也公然袭击威尼斯商船。因为在骑士团看来，与异教徒缔结协约的基督教徒是比异教徒更可恨的存在。可是，正因为彻底坚持了这一做法，圣约翰骑士团在失去巴勒斯坦以后，也能继续具有作为宗教骑士团的存在理由。而且，不仅是精神方面的理由，也由于这样做有助于接受土地和财产的捐赠，因此他们形成了适应自身发展的生存方式。
威尼斯共和国依靠贸易生存，圣约翰骑士团却没有开展贸易的必要。通过舍弃依靠贸易的生存方式，他们生存了下来。
这样一来，热那亚衰退之后，威尼斯和骑士团就成为在东地中海与土耳其相对抗的两大势力，而两者的关系也变得不再单纯。
威尼斯的豪门贵族家庭中，没有一个人参加圣约翰骑士团。这也是因为骑士团一方不承认以做买卖为根基的所谓“贵族”身体里流淌着“蓝色血液”，但同为城市贵族的美第奇家族却有人参加，热那亚人也有很多。威尼斯政府也不允许国民加入圣约翰骑士团。
但是，对选择像威尼斯共和国那样的生存方式的国家来说，没有比把某一势力作为敌人更愚蠢的行为了。威尼斯经常在形势允许的时期公然地，在形势不允许的时期背地里满足着圣约翰骑士团的要求。但是，骑士团一方却在其愿望背地里得到满足的时候，几乎没有察觉。欺骗敌人首先必须欺骗己方的高超技巧，似乎不是中世纪继承“蓝色血液”的人所应具有的。