被称为巴勒斯坦地区最坚固城堡的克拉克骑士城堡的所有者正是圣约翰骑士团，他们在罗得岛开始构筑的要塞城市也坚如磐石，其坚固程度在这个岛屿曾为其繁荣而引以为豪的古代都没有出现过。
港口也分为军港和商港，两者均得以不断扩建和完善。与城墙为了应对兵器的进步和战术的转换而反复改造、日臻完善的理由相同，港口的建设和完善也没有终点。从失去对巴勒斯坦的控制权时起，罗得岛的圣约翰骑士团就已肩负起在最前线与伊斯兰相对抗的重任。这意味着他们都要进入战时体制。
整个罗得岛随时都处于战时体制，就等于左右这一岛屿去向的骑士团也命中注定地要建立起适于战时体制的组织。从十字军时代起军事色彩已经相当浓厚的圣约翰骑士团，在迁往罗得岛后，朝着进一步加深军事色彩的方向一路迈进。
骑士团按照骑士们的母语，分为各自独立的军团。意大利、英吉利、德意志骑士分别构成一个军团。虽说条顿骑士团已撤到普鲁士盘踞固守，但当时依然存在，因此在德意志军团里南德意志地区的贵族子弟居多。西班牙人虽然起初是一个军团，但不久就变成两个军团，一个由包括葡萄牙出身者在内的以卡斯蒂利亚人为主的西班牙人组成，另一个由包括纳瓦拉和加泰罗尼亚在内的阿拉贡出身者组成。称呼也随之改变，前者被称为卡斯蒂利亚军团，后者被称为西班牙军团或阿拉贡军团。从十字军时代开始提供绝大多数骑士的法兰西，进入罗得岛时代之后，其优势也没有变化，分为三个军团。它们分别是平时只称为法兰西军团的、由法兰西岛大区出身者组成的军团，普罗旺斯军团以及奥弗涅军团。这些军团的成员人数有多有寡，即使是分割后，法兰西人的三个军团和西班牙的两个军团在数量上的优势并没有动摇过。各个军团分别拥有类似总部的骑士馆，法兰西的三座和西班牙的那座骑士馆尤其宽阔雄伟。
这些军团都由可被称为军团长的骑士馆长率领。八个骑士馆长，骑士团大团长和副大团长，加上负责罗得岛宗教事务的枢机主教等人，组成了圣约翰骑士团的最高决策机构，也就是可被称为参谋总部的委员会。由于这一委员会拥有罢免骑士的权力，因此可以说也兼有立法、行政、司法的职责。此外，从骑士团在西欧的资产的运作，到对居住在以罗得岛为核心的周边岛屿和基地的人们的统治，均由这一委员会掌管。
各骑士所属的骑士馆都隶属这个委员会。设在圣约翰骑士团领地内的要塞的指挥官和军船的舰长，均从可以说属于士官阶层的这些骑士当中任命。西欧资产的运作是上了年纪的骑士，即退役骑士的工作。但是，随时都处于战时体制的罗得岛的骑士们因战争而丧命的不在少数，能在年老后回到西欧的寥寥无几。由于处于可以从西欧补充“新兵”的体制下，远在东方的圣约翰骑士团骑士的平均年龄任何时候都相当年轻。
以上这些人都是士官。他们是必须具备有贵族血统这一条件的骑士。由于是宗教骑士团，因此骑士们与修道士一样要发誓恪守清贫、服从、贞洁这三原则。当然，他们被禁止娶妻成家。在以罗得岛为根据地的东方的圣约翰骑士团，骑士的人数为500~600人，即使明知敌人将发动全面进攻，人数也不会大大超出上述范围。
虽然也有身在西欧，一次也没踏上过罗得岛土地的骑士团成员，但他们几乎全都是具有强大实力的王室和大贵族的子弟，大多也是枢机主教等罗马天主教的高层神职人员。比如美第奇家族出身、当时的教皇利奥十世的表弟，后来也成为教皇的朱利奥·德·美第奇枢机主教，也是未曾与伊斯兰教徒战斗过的圣约翰骑士团的骑士。
在这些骑士的下面，有属于下级士官阶层的骑士们的侍从和罗得岛原住民船员，以及在医院工作的医师。这些人当然没有继承贵族血统的必要，而且也不用与骑士们一样起誓。骑士们也有义务一周在医院服务一次，但在当时的贵族当中几乎没有人会立志学习医术，即便在身为天主教宗教团体的圣约翰骑士团，专职的医师也多是犹太人。
骑士团的通用语言虽然是当时欧洲的通用语言拉丁语，但会议上使用的却是法语和意大利语。由于法兰西出身者人数居多，使用法语就理所当然，使用意大利语则是因为负责为骑士团供给物资和运输的主要是意大利商人，此外，在战时体制下负责不断建造城寨和维修工程的技术人员当中，意大利人占绝对多数。当然，在各个骑士馆里，骑士们都分别说着自己的母语。