腓特烈二世在耶路撒冷停留了一个星期。
加冕仪式第二天，腓特烈向由于各种交接事务而频频会面的总督阿尔·高吉提了一个问题：
“我来耶路撒冷这些天，一次也没有听到清真寺的召唤声。这是为何？”
总督回答说，根据苏丹的指示，皇帝驾临这段时间，清真寺不发出召唤。
腓特烈笑着回答说：
“这么说来，如果贵国有要人前往寡人的领土，教堂就因此不鸣钟了么？”
次日清晨起，清真寺的尖塔上响彻召唤祈祷的声音，一天5次。当腓特烈率领部下视察城内时，他的穆斯林部下们听到召唤声，立即从队列出来，匍匐在地面上祈祷。
这样的情景令周围的穆斯林大吃一惊。他们无人料想到，整个基督教世界的皇帝所率的部下当中，有那么多穆斯林；令他们更加吃惊的是，腓特烈二世默默注视着自己部下进行完整个祈祷过程，回归队列之中，没有丝毫的异样，然后继续率领着全队完成视察。
伊斯兰世界中，留下了不少关于腓特烈在耶路撒冷时印象的评论。
其中有一个人认为，皇帝根本就是一位无神论者。
皇帝在工作之余，参拜了城内的圣迹。但他每到一处，绝不会双膝跪地，哭泣着祈祷。
耶路撒冷的穆斯林见惯了基督徒的朝圣。在他们看来，腓特烈到圣迹前的游览，根本就是观光，而并非参拜。当皇帝进入伊斯兰区之后，也会对圆顶清真寺和阿克萨清真寺的雄美赞叹不已。
穆斯林中还有一个评价：这位皇帝即使是拿到奴隶市场卖，也卖不出去。
在穆斯林，特别是阿拉伯人看来，男子要么肌肉发达，要么身体肥硕，才能卖出好价钱。
腓特烈的身体虽然不能称为羸弱，却既不是肌肉男，也不是胖子。他是那种阿拉伯人不喜欢的皮肤惨白、发色绯红的样子，继承了同名的祖父“红胡子腓特烈”的体貌特征。
腓特烈在耶路撒冷停留一周之后，于3月25日启程回到阿克。腓特烈计划在阿克对整个中近东十字军国家的防御进行重新整备。然而这座城市迎接他的气氛，却与耶路撒冷迥然不同。
事实控制阿克的耶路撒冷牧首，对腓特烈的态度毫无变化。尽管条顿骑士团团长赫尔曼一直努力希望改善双方的关系，同在阿克的牧首始终拒绝与皇帝会谈。腓特烈也拒绝任何让步。
回到阿克的腓特烈，不仅面临着牧首和全体神职人员的反对，还受到了皇帝的敌视。但居民的反对，并非因为牧首的煽动，而完全是由于现实的原因。
腓特烈二世和十字军从西欧到来之前，阿克一直是西欧朝圣者来到中近东登陆的第一站，位于朝圣之路的关键位置。然而随着腓特烈为了进行和谈，将驻跸地转移到雅法，并在雅法滞留三个月间加强当地的基础设施和防御工事，最终使和议达成之后的雅法，发展成为比阿克更安全、设施更完备的城市。
更有甚者，与阿克相比，雅法到耶路撒冷的路途更近。因此，朝圣者转而从雅法登陆，前往耶路撒冷。这使得阿克居民通过朝圣经济获得的收入锐减——牧首和神职人员反对腓特烈的呼声，进一步得到了现实利益的支持。
腓特烈自己并未把阿克人的敌视放在心上。在他看来，由于和约达成，叙利亚和巴勒斯坦的诸多海港城市都将繁荣起来，作为其中之一的阿克自然也会注入经济活力。对皇帝来说，当地人暂时的敌视，不会使他放弃自己未完成的大事业，自然也不会让他灰心。
然而事件的发展并不以皇帝的计划为转移。他刚刚进入阿克城，就得知了一桩完全不曾料想的突发事件。