皇帝的请求导致了教皇愤怒的暴发。怒上心头的教皇，以腓特烈违反约定为理由，对其公开处以开除出教的绝罚。
绝罚的理由并不仅仅是这些。绝罚敕令中简单回顾了孤儿出身的皇帝是如何在教廷的支持下，一步步成为西西里国王、德意志国王和神圣罗马帝国皇帝的，指出假如没有教廷的支持，就没有腓特烈二世的今天。
格列高利立即将这一敕令传达给整个西欧的大主教、主教、国王和诸侯。敕令的全文更是于1227年11月18日张贴在罗马圣彼得大教堂正面的大门上。这样一来，对腓特烈二世的绝罚，就得以完全公之于世。
此时的腓特烈，采取了与自己地位相称的一套强硬说辞，把想法写成书信，呈送给教皇。
寡人在幼年时代固然受到了罗马教廷的襄助，但在那之后西西里的岁月中，寡人就是在教廷完全漠不关心的情境中成长的。而当寡人成年以后取得的神圣罗马帝国皇位，则是由伯父奥托让位而来，并非教皇所赐予。
因此，寡人达到今日地位的原因，一方面是由上帝所护佑，另一方面则是意大利与德意志诸侯的支持。
这封信令格列高利九世怒不可遏。他根本无视腓特烈信件末尾的1228年春季率领十字军出征的承诺。
1228年3月23日，罗马的圣彼得大教堂门前，再度张贴了绝罚的告示。在第一次绝罚还未解除的情况下，腓特烈面临第二次绝罚的惩处。
第二次绝罚的理由，是皇帝缺少一颗对罗马教皇恭顺的心。
在格列高利九世看来，受到绝罚的皇帝理应身着罪人的粗麻布服装，前往教皇的驻跸地，跪在大雪中三日三夜，祈求自己为他解除绝罚。而腓特烈现在却在温泉疗养地独自享受着悠闲的时光！
然而腓特烈二世却并非忍受“卡诺萨之辱”的皇帝亨利二世。
因此，格列高利只得变本加厉地发出第二份绝罚告示。这封文书很快传遍了整个天主教世界，其中加入了如下的指示：
第一，对受绝罚者所在地的所有居民，作禁止圣务的处罚。
禁止圣务是开除出教的前一步。教皇以此惩罚俗人，禁止他们从事宗教活动。从弥撒开始，新生儿的洗礼、婚礼、葬礼等一概不能举行。
如果说开除出教的绝罚是针对个人，禁止圣务就是对整个地区居民共同的惩罚。
第二，受绝罚者所拥有领地内的全体居民，从对此领主服从的义务中解放。因此，居民不再有纳税的义务，也不必响应征兵的要求。
第三，受绝罚者所率的军队不再是十字军。因此，其军队所到之处，当地居民有权利阻止其行军，也可以任意掠夺其军备物资。
以上三项中，第二项的作用最厉害。
但在腓特烈二世已经明确宣布进行十字军东征以后，教皇提出的第三项指示带来了与之预期相反的效果。
那个时代的西欧大多数人，还是信任十字军的。此时在普通人看来，地位并不如皇帝高的教皇对皇帝的军队进行处罚，就成了教皇自己阻碍十字军东征的实施。这一举动让普通平民感到极大的疑惑。
而从腓特烈二世一边来看，他虽然受到了两次绝罚，实际的损害却并不大。领地上的居民没有起来反抗，神职人员也没有造反。西西里岛的大主教和主教们本来有绝对服从教皇的义务，但他们都选择站在皇帝一边。没有人真的服从教皇的命令。
1228年春天，除了两次受到绝罚以外，腓特烈二世还不得不处理另外两件大事。
第一件事是皇后约兰达的去世，这发生在4月。不到17岁的约兰达，在诞下皇子康拉德10天之后撒手人寰。在那个产妇死亡率很高的年代，失去妻子的腓特烈立场有了微妙的变化。
通过婚姻得到耶路撒冷王国国王身份的他，从此失去了作为继承者的合法性。但由于康拉德的出生，腓特烈又戏剧性地成为了耶路撒冷王国正统继承者的父亲。这对于已遭绝罚的腓特烈来说不啻是一个好消息。虽然受到绝罚者无法得到教皇的承认，但父亲为确立儿子的王国继承权而领兵出征，在全世界都是无可厚非的。
第二个问题，则是前一年冬天，大马士革传来了穆阿扎姆的死讯。穆阿扎姆无疑是自然死亡，但随后叙利亚派对阿尔·卡米尔的反抗被埃及的苏丹完全平息下来。
随着对整个叙利亚的兼并，47岁的阿尔·卡米尔，成为了父亲阿拉迪尔之后整个中近东伊斯兰世界的最高世俗统治者。
对阿尔·卡米尔来说，将同为伊斯兰教圣城的耶路撒冷返还，并阻止腓特烈领导的十字军，就成了迫在眉睫的任务。对于和平取得耶路撒冷的安排，腓特烈二世在出兵之前也没有明确拒绝。而教皇则完全没有解除皇帝绝罚的意思——他对东征的干扰丝毫没有改变。
于是，腓特烈所率领的十字军，成了未受到教皇祝福的十字军。参加这第六次十字军的成员，也就因此没有任何免罪的报偿。
如果是平凡的人，经受如此的打击，大概就不会出兵了。他一定会为了满足教皇，身着粗布衣衫，赤脚前往罗马，以悔改的姿态伫立在圣彼得广场中央，祈求解除绝罚。毕竟以受绝罚之身率领十字军东征师出无名。然而倔强的腓特烈却完全没有改变出征的决定。