在为拜占庭皇子的提议而困扰的法国人之间，对于是否将行军目标变为君士坦丁堡的问题，产生了越来越严重的分歧。这种分歧不仅存在于诸侯和强有力的骑士之间，就连一般的士兵也分裂成唇枪舌战的两派。
随着十字军的首脑中蒙费拉特侯爵、弗兰德斯伯爵、布洛瓦伯爵和圣保罗伯爵陆续赞成了阿莱克西斯的提议，最终的决议也就达成了。十字军中的大部分，都将下一个行军目标定为君士坦丁堡。
然而十字军中毕竟还是有人不愿意进攻基督教国家的。一支500人的十字军队伍，从扎拉港夺取了停泊着的威尼斯船只，向埃及进发。但是，由于没有威尼斯水手肯为他们操船，这些人离开扎拉不久就无法继续航行下去，孤零零地在冬季的海上漂泊了几天之后，船只宣告沉没，没有人前来救援。
也有人取道陆路前往巴勒斯坦。这些人离开扎拉之后，就进入了匈牙利国王的控制区。这些法国骑士们受到匈牙利士兵的追击，幸好及时逃回了扎拉城内。自然，没有一个威尼斯人离开扎拉城。
最终，十字军与阿莱克西斯签订了明确记录以上四项条件的契约。法国诸侯的署名仅有10人。蒙费拉特侯爵、弗兰德斯伯爵、布洛瓦伯爵、圣保罗伯爵和元首丹多洛之后，还有6人署名。各位诸侯都是在同意进攻君士坦丁堡之后，签下了自己的大名。
教皇得知了十字军行军目标的变更，再次震怒。但历代教皇中拥有最高权力的英诺森三世，对第四次十字军的既成事实，也只好事后承认了。
毕竟，如果能在自己在位期间，实现东西方教会的统一，对这位野心勃勃、学识过人的教皇来说，将是喜出望外的收获。
因此教皇并未像扎拉之战时那样给出明确的意见。至于绝罚之类的情况更是完全没有发生。他默许了十字军进攻拜占庭帝国的首都，但希望他们不要进犯行军途中的其他基督教国家和地区。只要十字军不进攻其他基督教国家和地区，在进攻君士坦丁堡得手之后，教皇自然会予以承认。
一言以蔽之，英诺森三世希望能够重新将这支十字军控制在自己之手。
所谓教皇代理人，就是不能亲自参加十字军的罗马教皇在十字军中的正式代表。教皇代理人在肩负着上帝期望的十字军中，拥有与总司令同等的至高地位。但对教皇代理人来说，他还是教皇在十字军中的使节。在第四次十字军中的教皇特使，能够对十字军的首脑起到监督的作用，换句话说，就是所谓的“钦差大臣”。
但教皇特使对元首丹多洛并不起这样的作用。丹多洛以特使并不重要为由，敦促特使早早返回了罗马。他派遣船只，将特使送回了教皇国的港口安科纳。
而当特使手持教皇的回信，再次来到扎拉港时，他发现威尼斯的船只已经无影无踪了。由于十字军离开扎拉以后不需要再回港口，原来雇佣的船只也都纷纷解散了。当特使再次到来以后，十字军的舰队早已离开了港口。
结果，十字军里就没有了教皇的“钦差大臣”。这支没有罗马教廷监视的第四次十字军，与理查一世所率领的第三次十字军的情况类似。
1203年4月6日，复活节期间，十字军离开了扎拉。当天出港的是帆船和平底船组成的舰队。第二天，较少受风向变化影响的桨帆船队扬帆起航。
多种舰船混编的舰队，根据航速的差别，决定了一处集合目的地，然后从此地开始再次按顺序编队航行，前往下一处目的地。从扎拉出发后，下一处目的地是科孚岛。
元首、蒙费拉特侯爵和阿莱克西斯所乘的旗舰所在的桨帆船队，顺利地乘风驶出了亚得里亚海，南下来到了距离科孚岛只有两天航程的都拉斯。都拉斯虽然与威尼斯保持友好关系，却是拜占庭帝国的领土。威尼斯舰队停泊于此处，是为了要求港口的居民对阿莱克西斯宣誓效忠。效忠仪式结束后，舰队便离港前往科孚岛。
帆船和平底船队已经先期到达了科孚岛。平底船内的马匹被悉数牵出，由骑士引领着，在帐篷外休息。科孚岛的气候温暖，土地肥沃，浪涛声对面浓密的绿色杉树林，给从西欧北部前来的法国人以一种十分安逸的感觉。
十字军在这座拜占庭帝国的岛屿上逗留了三个星期。这里的居民虽然表面上向皇子宣誓效忠，实际上却因为与意大利南部隔海相望，而时时刻刻都留存着反叛的心思。
然而，虽然南意大利人有想夺取科孚岛的心思，却未能跟对岸的同志们取得联系。直到法国诸侯从科孚岛出发，也没有任何反叛的事情发生。
5月24日，整支舰队按照平底船、帆船和桨帆船的顺序，从科孚岛出发了。当天晴空万里，清风徐徐，船帆借着风力张开，推动船只沿着水面前进。在目光所及的海面上，整齐排列着舰队的船只。法国人是第一次见到这样的场面，不禁心潮澎湃，已经全然忘记了中途离开的那些人。
舰队沿着伯罗奔尼撒半岛的海岸南下，在半岛南端的莫德内港稍作停留之后，转向东航行。从此经过一条狭窄的海峡绕到伯罗奔尼撒半岛另一侧的爱琴海。就在此处，舰队遭遇了从马赛出发，前往巴勒斯坦的两艘船。原来，这两艘船在巴勒斯坦找不到可以停泊的港口，只好返航。船上乘坐的都是来自法国的骑士。
当双方的船只接近时，弗兰德斯伯爵向对方船只发出了询问所乘何人的旗语，但对方没有回答。只有一位骑士对伯爵船的方向看来，随即发出了大声欢呼。然而就这样，两艘船与大舰队相向而行，很快就消失在西方的天际。
在这小麦收获的季节，十字军的舰队于途经的岛屿登陆补充军粮。而在以水源清澈而著称的安德罗斯岛，舰队的饮水得到了充分补充。
舰队就这样通过了爱琴海，又经过达达尼尔海峡进入了马尔马拉海，在6月中旬到达了君士坦丁堡城下。
映入十字军将士眼帘的君士坦丁堡的壮观景象，令初来乍到的法国人为之倾倒。围绕着街道的城墙高耸，在城墙的险要处则建有坚固的塔楼。向城内眺望，可以看到数不清的豪华的宫殿和教堂。法国的诸侯、骑士和普通士兵，都为自己要进攻的这座世界最大的都市而感到胆寒。
在附近岛屿上登陆的十字军首脑们召开了作战会议。元首丹多洛在会上发言：
“在座的各位诸侯，我比各位更了解这座都市。各位今天所面临的，是任何民族都未能完成的大事业的挑战。因此，我们需要以妥善而合理的方式取得这座都市。
“如果我们仅仅从陆上攻城的话，敌方国土广大，居民众多，人数劣势又缺少军粮的我军，必然会为了获取军粮而分散，从而被敌人各个击破。我方的兵力已经很少了，不能因为任何缘故再损失兵力。
“而在君士坦丁堡周边有许多岛屿。在岛上驻扎就可以确保获得足够的军粮。因此，首先在岛屿上贮存军粮，然后再听从上帝的命令而行动吧。只有不为粮食发愁的兵士，才能勇敢地战斗。”
作战会议在当日结束，各位诸侯乘坐自己的船只分开行动。
然而，诸侯完全没有听从元首的建议。第二天（6月24日）一早，法国诸侯的军队纷纷手持武器，向君士坦丁堡进军。