罗得岛上拥有的马耳他岛上全然没有。现代展现在我们面前的马耳他，是拉·瓦莱塔在攻防战后重建，并以此为主体长年扩建而形成的建筑景象。骑士们于1530年移居岛上。要想象他们眼中的马耳他，就得把现在的一切从岛上全部抹去。成为骑士团根据地的马耳他当时一无所有。
遍地岩石，缺水，土地荒芜，雨水稀少。蓄积的雨水不过滤便不能饮用。夏天持续高温，气温接近40摄氏度，非洲刮来的东南风使天气酷热。到了冬天，天气剧变，西北风劲吹，寒冷刺骨。遍地岩石，不适于耕种，不足1万人的岛民散落在全岛各处，全靠饲养牛和山羊过活。虽然周围尽是大海，马耳他的渔业却不发达。住在海边，只会遭到海盗的绑架。
在这样的土地上不可能创造历史。尽管留在罗得岛上的一切令人日思夜想，但如果不愿意像十字军时代创建的圣殿骑士团和条顿骑士团那样消亡，就只有把马耳他改造成新的家园。
把马耳他岛改造成新家园的资金来源于骑士团在欧洲各地所拥有的不动产的收入、出身名门家产富有的骑士们的捐赠，以及从事海盗业获得的收益。马耳他骑士团并未像圣殿骑士团那样从事自己的金融业。圣殿骑士团因有资产而惨遭法兰西国王的毁灭，马耳他骑士团不想重蹈覆辙。圣约翰骑士团像在罗得岛时一样，靠袭击所见的伊斯兰船只，获得收入。移居马耳他后如能延续这一做法，不但是一种收入来源，还能起到基督教世界前沿堡垒的作用。
现在所见的马耳他骑士团的相关建筑都是巴洛克式的豪华建筑。然而，1565年马耳他攻防战时，骑士们的生活却十分俭朴，与这样的豪华奢侈完全无缘。他们建了教堂，也建了以医疗为目的的医院。医疗是马耳他骑士团的特色。此外，和在罗得岛时代一样，按母语不同分别建了骑士馆。不过，在所有这些建筑中，最好的也只是至今仍残存在罗得岛的那样的水平，差一点儿的还达不到，绝对不是遗留在今天的马耳他岛上的那些豪华的巴洛克式建筑。那时，马耳他骑士团移居到环境恶劣、一无所有的马耳他岛才不过35年。
不过，在与以往完全不同的严酷环境里生活了35年的骑士们，已经成为精神上和肉体上都能经得住任何考验的人，与同时代在欧洲各国宫廷中生活奢华的同类迥然不同。
骑士们天天与海盗对面相见，死亡和被铁锁链铐着的囚徒生活完全是家常便饭。拉·瓦莱塔就是作为伊斯兰海盗船的划桨手度过了他47岁那一年。由于交换俘虏，他恢复了自由，回到马耳他，又开始了以前的生活，好像什么事都没有发生过。
马耳他骑士团的团长由骑士们选举确定。但一旦确定，全权集于团长一身，这点颇似教廷。被选为团长那年，拉·瓦莱塔已经66岁。那可不是一般人的66岁。当然，这句话不仅可以对他一个人说，对所有放弃祖国优雅安乐的生活，来到马耳他的其他骑士也都可以这样说。
苏莱曼因长子发动叛乱而推迟进攻马耳他，结果给了拉·瓦莱塔充分的时间准备防御。
70岁的骑士团长冷静地做着准备，他需要同时做许多事情。
饮用水：移居马耳他后，骑士团立即在岩石地上挖好又深又大的蓄水池，由所属医师负责保持水质清洁。地中海气候的特点是，秋季结束和春季开始的时候多雨。每次下雨，都收集雨水蓄存在蓄水池里。
食物：前一年的收获期开始时，骑士团就已经在附近的西西里和意大利南部确定了采购渠道。不过，这只限于必不可少的物资。小麦、橄榄油、洋葱、腌肉和奶酪占了储存食物的一大半。葡萄酒是奢侈品，根本谈不上点心之类。甜味则靠蜂蜜。此外还需要荒地上也能生长的廉价角豆的果实，干燥后研成粉末可以代替小麦。马耳他岛也产奶酪和角豆，但他们不向马耳他农民购买，岛民们也要忍受不知道要持续多久的围困生活。
拉·瓦莱塔决定，让马耳他居民中的老人、妇女和儿童到位于岛屿中央自古就有城墙环绕的山中村庄躲避。他还决定，让打仗的男人去巩固三处即将迎敌的城堡。骑士团的骑士禁止成家，他们没有妻儿，但对从事医疗的医师并无这样的要求。这些人属于骑士团，但不是骑士，他们的妻儿也被送去山村避难。
在尚未明了奥斯曼大军的舰队第二年春天何时会杀奔马耳他的时候，拉·瓦莱塔便早早请求欧洲各国派遣援军，但以国家名义响应的只有西班牙。腓力二世命令统治西西里的“副王”唐·加尔西亚·德·托莱多集中1.6万名士兵，但他没有明确这支援军何时派往马耳他。
圣约翰骑士团的骑士也并非全部挤在根据地。不少人在宣誓成为骑士后仍住在祖国，罗马教皇克莱蒙特七世也是圣约翰骑士团的骑士。
拉·瓦莱塔认为骑士团已经到了生死存亡的危急关头，便召集这些居家骑士。不过，宗教骑士团团员是志愿性质，召集并无强制性。当然，居家骑士也没有对危机摆出一副事不关己的面孔。虽然不少骑士没有驰援马耳他，但却提供了资金援助。拉·瓦莱塔似乎早已料到这种情况，欣然接受。于是，派去欧洲的马耳他船载着响应召唤的少数骑士和用援助资金采购的大量武器返回了马耳他。
响应马耳他骑士团请求的国家很少，谁都认为在动真格的奥斯曼军队面前，马耳他骑士团的命运已然注定。然而，船未来人却来了。多达4 000人的志愿兵开始到达马耳他。他们几乎都是来自意大利半岛和西西里的士兵，是地方领主们雇佣后派来的。
随着战云在海上不断聚集，人们也开始向地中海中央的小岛马耳他聚集而来，加上原先生活在马耳他岛上的人，骑士总数达到501人。兵力来源如下：法兰西出身者200人，意大利出身者170人，占了大半数量，还有不少西班牙人，新教势力强大的德意志中部也来了13人，从天主教分离出去、创建了英国国教会的英格兰也来了3位骑士。另有骑士团的相关人员，以及仆从和杂役百余人。意大利来的4 000名志愿兵和马耳他岛居民5 000人也参加了防御战。
申请参战的岛民并没有作战经验。骑士们的任务是把他们训练成士兵。骑士们可能用《七武士》中所描述的办法进行了训练。但是，靠临时抱佛脚的训练也做不了独当一面的士兵。尽管如此，只要他们能够完成任务，哪怕是辅助性的，也可以使担任主要战斗力的骑士们腾出手来，更加活跃。
防守方的士兵人数全部加起来也只有9 600人，迎战5万敌军就要靠这些兵力了。主要战斗力只有500骑士。如果奥斯曼方面的主要战斗力是新军军团，这500人就要与6 000人作战。欧洲各国有理由认为马耳他骑士团的命运将就此了结。
然而，拉·瓦莱塔可不是沉溺于同归于尽想法中的领袖。他参考自己所亲历的罗得岛攻防战经验，思考了战略战术。
罗得岛攻防战中，奥斯曼方面给予防御方重创的战术，不是用大炮直接轰击城墙，而是把地道挖到城墙下，填满火药，靠爆破从根基上破坏城墙。
拉·瓦莱塔认为这个战术在马耳他用不了，至少不容易用。罗得岛土壤松软，马耳他却是岩地，坑道掘进是一大难事。即使奥斯曼军队采用一贯的人海战术，挖掘岩地的工程也将耗费相当时日，也根本不可能同时开挖几条坑道。地道数量少，发现并采取对应措施的概率就高。
马耳他岛是岩地，是整片的岩石地带不是一块岩石。奥斯曼军队炮火之猛烈令遭受过炮击的维也纳人几个世纪都不能忘怀。不过，要使用堪称巨炮的奥斯曼大炮，就需要足够坚固的地基安装炮身。在岩石地带，这也非易事。炮台不稳固，炮击便发挥不出全部威力。在罗得岛轻而易举的事情，在马耳他岛却不好办。
这一情况决定了拉·瓦莱塔防守马耳他的战略。当时马耳他尚未建成像罗得岛那样坚固的城堡。事先考虑到大炮直接轰击的情况，防守不会只靠坚固的一道城墙，而是靠多道城墙。即使一道城墙遭到破坏，前方还有一道挡在那里。这也是一种心理战。
这样一来，补给线过长以及奥斯曼士兵养尊处优的生活都将成为防守方的有力武器。取得补给最近的地方是西西里。但“杰尔巴屠杀”以后，西西里南岸也加强了防御，抢掠不会轻易得手。而北非港口没有能力供给大军的全部所需。马耳他岛上连水都没有。奥斯曼大军将不得不靠运来的物资供5万多人吃喝以持续进攻。
一言以蔽之，拉·瓦莱塔为这场“马耳他攻防战”最后一搏，他所采用的战略，就是将马耳他岛的不利条件尽量转化为能为防御所用的有利条件。
拉·瓦莱塔最害怕的不是敌人像进攻罗得岛时那样，大军登陆后沿陆地进攻，他最担心的是奥斯曼用运来大军的船只切断通往西西里的海路。无论如何必须确保腓力二世承诺的1.6万援军驰援马耳他的道路畅通。于是，骑士团最重要的5艘加莱船全部被派往西西里方向的西北方。由西班牙出身的骑士罗梅加斯率领的这5艘船的任务是，以位于马耳他岛西北端的海湾为基地，对朝这个方向驶来的奥斯曼海军，予以阻击。
拉·瓦莱塔根本没有指望加上外来志愿兵和岛民在内尚不足1万人的兵力击退奥斯曼军。他只想坚持到援军从西西里赶来。于是，他向身在巴勒莫的西班牙国王代理人唐·加尔西亚派去了特别任命的骑士。这位骑士的任务就是催逼西西里的“副王”尽早派遣援军。
马耳他骑士团的船只数量虽少，但都是双桅大型加莱船。这种船用于作战，每艘至少需要20名战士。这个任务非得老练的骑士才能完成。这样留在拉·瓦莱塔身边的骑士只有不到400人。这400人中，有不少是刚刚来到马耳他，第一次与伊斯兰教徒作战的年轻骑士。为了用好这些空有勇气的年轻人，拉·瓦莱塔下了一番功夫。
这位70岁的“马耳他之鹰”，既不需要说到骑士就会浮现在人们脑海里的那种从头到脚用闪亮耀眼的钢铁铠甲保护起来、头盔上饰有华丽羽毛的骑士，也不需要那种骑在披着华丽马衣的马上、手持长矛站在坚固城墙前面的骑士。
他决定把防御集中在半岛前端已经建有城堡的三个地方，一处陷落就坚守下一处，再陷落就坚守再下一处。这种打法，凭借不屈不挠的意志和忍耐力取胜，没有一丁点儿华而不实的地方。
拉·瓦莱塔禁止骑士们在头盔上插装饰羽毛，也禁止穿包裹全身的铠甲，只允许戴护头的头盔和胸甲。胸甲也做成了胳膊部分能够拆卸的形式，实际允许穿的只是不带胳膊的胸甲。此外，除联络外禁止骑马，骑兵变成了步兵。刚从欧洲来的年轻骑士感到不满，但团长的命令至高无上。这样一来，重装成为轻装，打起仗来更加方便。攻防战预计会在夏天进行。马耳他的夏天酷热，激战将在酷暑中展开。