卢克雷齐娅在修女院里躲了8天。6月14日，她的母亲瓦诺莎将波吉亚的亲戚邀请至自家的庭院，举办了一场初夏的晚宴。这是一个家族内部的孩子们的聚会。众人围绕在这位依旧十分美丽的母亲身旁，享受了一个甜蜜而美丽的夏夜。
脱去主教圣袍的切萨雷穿着一身普通人的服饰，同往常一样，毫无贵族的华丽。不过那精心裁剪的服装，将他竹节似的修长身躯显衬得淋漓尽致。他皮肤微黑，头发乌黑，一双略带青灰色的大眼睛里总透射出深邃的目光。唯有那性感的黑胡须及埋藏其中的嘴唇，勉强将他那稍稍一动就会显得严峻的容貌软化了一些。
晚宴上最华贵艳丽的人当属胡安，他在去年被父亲从西班牙召回。当时打算重组教皇军队的教皇父亲任命胡安为“教皇军队总司令官”，承载了父亲无限期望的他却在指挥与奥尔西尼的作战中铩羽而归。不过，他对这场战役的失败毫不介意，将妻子留在西班牙后，自己回到罗马依旧十分快乐地生活着。在罗马傲慢横行的他屡屡和阿斯卡尼奥发生冲突，不过，不得不忍让的一方常常是阿斯卡尼奥，谁让胡安集教皇父亲万千宠爱于一身而权势盛极一时呢。那个初夏的夜晚，衣裳华丽的胡安成了众人视线的焦点。他将一个戴着面具的陌生男子拉到了身边。至于这个面具男子是谁，对于席上的其他人来说完全是个谜。尽管如此，却没有人感到不安或是奇怪。大家窃窃私语的大概也只是胡安热情的同性之爱吧。
杰弗里也与妻子桑夏一同回到罗马。这名来自那不勒斯的女子，一头黑发，热情似火。不满足于年幼的丈夫的她刚到罗马便与切萨雷发生了关系，甚至当胡安从西班牙回来后，两人也发生了关系。她与叔伯之间发生的绯闻，令教皇烦恼重重。
半夜时分，众人纷纷告别瓦诺莎后就各自回家了。深夜里的空气令人神清气爽，波吉亚的一家人缓缓地散着步，朝着梵蒂冈宫殿的方向归去。当走到台伯河畔快到宫殿时，胡安说想要一个人再去呼吸一下夏夜里的凉气，身边只带了一名马夫，便同那个戴着面具的男子骑着一匹马离开了。大伙儿都说，这太危险了，至少带上武器吧。可是，他只是笑着说马上就回来。此时罗马家家户户早已关窗入睡，幽暗的街道上一个人影也没有，除了一些墙面上镶嵌着的圣像前仍点着长明灯外，剩下的只有茫茫黑夜里的恐怖暗影。胡安就消失在那黑暗之中。
第二天在梵蒂冈宫殿内，教皇一早就为筹备那不勒斯新国王的加冕仪式忙碌不停。直到过了晌午还不见胡安身影，教皇虽然有些担心，但是因为胡安以前曾经有过类似的情况——那时候他留宿于妓女的家中，为了不被人看见他从妓女家中出来，直到傍晚才回来——所以教皇心想这次大概也是那样的情形。可是，夜幕降临，依旧不见胡安回来。教皇再也掩饰不住内心的焦虑和不安。西班牙籍的禁卫军冲向了街头。所有的道路上都奔跑着武装的西班牙士兵，吓得市民们差点儿以为奥尔西尼或科隆纳的军队袭击罗马来了。有人发现了甘迪亚公爵的马夫，可是他已经快要咽气了，什么都还没来得及问就死了。所有人的心中都浮起了一种不祥的预感。
这时，一个睡在台伯河畔的船中的船夫被带了过来。这个叫作乔治的船夫讲了下面这样一件事：
6月14日的晚上，他同往常一样睡在船中，却被一种异样的动静吵醒。那是来自斯基亚沃尼（Schiavoni）医院方向的两个男人发出的响声。他们谨慎地环顾四周后走到河边。过了一会儿，一个男人骑着一匹白马过来，马鞍后面驮着一个被绑着的人，左右两边还有两个马夫扶着。他们在河岸边停了下来，骑士调转马头，发出指示。男人们从马鞍上卸下那个不能动弹的身体，投入河中。船夫清楚地听到骑士向男人们确认是否投进了河中。“是的，主人。”男人们回答道。骑士再次调转马头。缓缓流淌的河面上似乎有什么东西浮着，那是顺水流去的死者身上被风吹得鼓鼓的披风。男人们朝尸体扔了石头。骑士再次下令让男人们清除掉泥土上留下的痕迹，众人这才离去。夜晚恢复了宁静。
船夫说自己不敢去报告，是因为他常常见到这样的事情，而且最后也都被深埋于黑暗之中。
听到此处，教皇瞬间虚脱了。他怎么都不能相信。其他人的心里都已明白那不祥的预感终究还是发生了，唯独教皇不愿相信。于是，台伯河的全面搜索开始了。300艘船撒下渔网，数千支火炬把台伯河照得透亮。河畔两岸，夜如白昼，直至天明。次日中午，甘迪亚公爵的尸体在人民广场附近的河底被打捞了上来。他双手被缚，全身9处伤痕，喉咙处被深深地剜了个口子，这被定为最终致命伤。他身上的佩剑和钱包中的30达克特仍在，披风里浸满了泥沙。公爵的尸体被运送到圣天使堡，脱去肮脏的衣服洗净身躯后，换上公爵的礼服，胸前佩戴上教皇军队总司令官的徽章。那年，他只有21岁。
当天傍晚，在大约120支火炬的照明下，一支由亲族、僧侣、贵族紧随左右的送葬队伍，穿过寂寥无声的人群，从圣天使堡朝人民圣母教堂行进。“从城堡敞开的一扇窗户中，人们似乎听到在那幽暗的窗户背后，教皇哀号着失去的儿子的名字。”（萨努多）
教皇痛苦不堪，犹如自己受到拷问一般，连续三天不吃不喝，不眠不休。事发5天后，他一脸憔悴地出现在枢机主教会议上。“这真是莫大的打击！”教皇一口西班牙口音，声音低沉得时断时续，“我从心底里爱护着公爵。如果一切能够恢复原样，该多好啊。虽说都是因为自己造的罪孽而遭到报应，但那般惨死实在是太可怜了。”他哭了。然后，他环视了枢机主教继续说道：“我想实行教会内部的重组并废除亲族主义，以后教会的职位只授予那些适合的人才。”这时，教皇的语气已经恢复了坚定，并立刻任命枢机主教科斯塔（Costa）为改革主管。
其间，教会的警察继续进行搜查。首先追查当天夜里与胡安在一起的那个戴着面具的男子，却连其生死都不得而知。嫌疑犯的名字被一个一个地列了出来。
第一个嫌疑人是阿斯卡尼奥·斯福尔扎枢机主教。他的暗杀动机非常明显，世人皆知他与死去的胡安关系不和。而且，现在在教会中处于孤立状态的米兰派除了暴动之外难成其他气候。所以，当法国再度将野心对准米兰时，米兰无论如何都要与教会保持良好关系，而甘迪亚公爵正是反米兰派的先锋，这就构成了暗杀动机。此外，公爵最后消失的地点正巧在阿斯卡尼奥的宫殿附近，这无疑也加深了他的嫌疑。警察搜查了其宫殿宅院，但一无所获。最后，教皇宣布阿斯卡尼奥清白无罪。
第二个是乌尔比诺公爵吉多贝多。他在奥尔西尼战役中与甘迪亚公爵同行，战败被俘后，甘迪亚公爵置其不顾独自逃跑了。所以，警察怀疑他怀恨在心，遂生谋杀之念。可是，众所周知，乌尔比诺公爵性格温厚诚实，所以他也洗清了嫌疑。
至于常常受人嘲笑的卢克雷齐娅的丈夫佩萨罗伯爵，事发当时被证明身处米兰，所以无罪。杰弗里因为妻子与自己的哥哥通奸而怀恨谋杀了胡安，这个嫌疑也不成立。树敌众多，甚至可以说周围全是敌人的甘迪亚公爵暗杀事件变得扑朔迷离。事件发生后的第二十一天，7月5日，教皇突然宣布停止搜查。与此同时，波吉亚家族的人被隔离于梵蒂冈之外。杰弗里与桑夏被命令返回那不勒斯。22日，切萨雷也离开了罗马，出席那不勒斯国王的加冕仪式，原本这一天他准备与死去的胡安同行的。
当意大利全国乃至整个欧洲都在关注这起梵蒂冈秘密暗杀时，当坊间的传言“为了展示他还是一个网罗民众的渔夫，亚历山大六世用渔网将自己的孩子打捞了上来”慢慢平息时，也就是事件过去8个月后的1498年2月22日，人们第一次在暗杀者的名单中看到了切萨雷·波吉亚的名字。当天，费拉拉公国驻威尼斯情报官阿尔贝托·德拉·皮尼亚（Alberto della Pigna）向埃斯特公爵寄了这样一封信：“根据我获得的最新消息，甘迪亚公爵之死是其身为枢机主教的哥哥所为。”
好奇的眼光重新投向了波吉亚家族。事件发生之后的所有情况，再次成为人们茶余饭后的谈资。在过去的8个月中没有一点儿关于切萨雷的传闻，这更加激起了人们的好奇心。人们传言他的暗杀动机有这么6条：1.因为与弟媳桑夏的关系而对胡安产生嫉妒。2.因为对卢克雷齐娅的爱恋导致兄弟间产生纠葛。3.因嫉妒教皇父亲对胡安宠爱有加。4.事发之际，教皇曾说过：“我知道是谁干的。”5.母亲瓦诺莎在事件发生之后立刻面会教皇，而后教皇发布了停止搜索的命令。由此看来，瓦诺莎知道谁是暗杀者。6.切萨雷从那不勒斯归来后，教皇只让他行吻手礼，也没有跟他说话。可是，就上述1、2、3条而言，可能是当时大量逃进威尼斯的奥尔西尼党羽所做的恶意煽动，所以这三条可以忽略不计。另外，以切萨雷的性格来说，显然不是那种因为女人会产生嫉妒之心遂去杀害弟弟的心胸狭隘之人。可是，在这个22岁的“美丽而神秘的男人”心中，究竟隐藏着怎样的秘密呢？根据他那雄伟的野心及势在必行的坚强意志，以及后来他继承了弟弟的一切，除了甘迪亚公爵头衔的情况来看，很可能被视为当时并不罕见的兄弟间暗杀案中的一例。对此，史学界至今依旧意见分歧。不过当时，至少教皇父亲表现得十分明显，认为凶手是切萨雷。即便如此，教皇还是想努力保护波吉亚家族。
阿皮亚古道的附近，伞松林立，四周寂静无声，圣西斯特修女院就坐落在那一带。卢克雷齐娅深居于修女院高高的土墙之中。对她来说，哥哥的惨死及父亲一手酿成的使丈夫蒙受耻辱的离婚喜剧好像是另外一个世界发生的事情。温柔亲切的哥哥的惨死虽然令她十分悲痛，但是她放弃了深究。她开始觉得，当自己的身边再发生什么事的时候，唯一能够保全自己的方法只有逃离。
每天都在不安与寂寞之中度过的卢克雷齐娅，很自然地将视线停留于身边唯一一个男子身上。这个名叫佩罗托·卡尔德龙（Perotto Calderon）的年轻人是教皇父亲的一个仆人，也是教皇与卢克雷齐娅之间的信使。在安静的修女院里，她将自己交给了这个热情英俊、身材高大的仆人。
这件事当然瞒不过教皇与切萨雷的眼睛。卢克雷齐娅怀上仆人的孩子的消息令他们非常愤怒，而街头巷尾的纷纷议论又让他们焦头烂额。一天，在梵蒂冈，就因为佩罗托跟切萨雷顶了几句嘴，怒不可遏的切萨雷便拔刀追向佩罗托。在教皇的面前，他将佩罗托的颜面砍得鲜血四溅，仆人就此消失了。数周后，台伯河中发现了一具手脚都被捆绑着的尸体。听到这个消息的卢克雷齐娅面不改色。三个月后，她生下了一个男孩儿。