就在政治家和军方首脑为了战与不战纠缠不休的时候，日本陆海军的参谋人员已经在为未来的战争做着积极的筹备。11月5日，大本营综合陆海军意见，制定了《关于促进对美、英、荷战争的草案》，这一方案在11月15日的大本营和政府联络会议上获得通过。方案规定：战争的要领是帝国应实行闪电战，摧毁美、英、荷在东亚及南太平洋地区的根据地，确立战略上的优势地位，确保重要资源地区和主要交通线，形成长期自给自足之有利态势，同时用尽一切手段引诱美海军主力适时加以歼灭。
至于为何将美、英、荷全部列为下一步的作战敌手，日本内部也经过了长时间的争论。日本南方作战的终极目标是荷属东印度，如果以武力直取这一目标，其前进道路上的障碍就是两翼的菲律宾和马来亚，屁股后面还有个香港。香港处于日军的包围之中，还好说一点。马尼拉和新加坡却不容小觑，分别是美国和英国在远东最重要的军事基地。如果不和英、美作战，当然是好，但是荷兰败亡之后，荷兰政府已流亡伦敦，英、荷已形成不可分割的一体。对荷兰作战，也就是同时对英国作战，所以英国的属地都必须列入作战范围，再说那些地方的资源也非常丰富。剩下的就是考虑美国与英国、荷兰之间的关系，以确定是否把菲律宾列入南方作战的范围。
1940年7月，在制定《适应世界形势演变的时局处理纲要》时，日本军部的出发点还是以美、英分离为前提。当时政府和大本营的考虑是，敦刻尔克大撤退后的英国本土岌岌可危，日本如果对英国动武，美国未必会为英国火中取栗。
随着欧洲战局的进展，美、英的关系也越来越亲密，美国开始不遗余力地援助英国，日本陆海军因此产生重大分歧。大本营海军部认为英美关系是密不可分的，在对南方行使武力时必须将菲律宾包括在内。而陆军的见识明显就差一点，认为打英国和美国不一定会参与进来，尽可能别惹美国这个瘟神，不赞成同时对菲律宾行使武力。
海军认为陆军的想法绝对是一厢情愿，理由如下：
一、假如抛开菲律宾进行南方作战，势必要遭到以菲律宾为基地的美军之侧击，南进的日军陆海军时刻处于危险之中，此乃兵家之大忌也。
二、确保爪哇、苏门答腊、婆罗洲等南方资源地带同日本本土之间的海上交通，对于未来的持续作战是绝对必要的，日本必须通过这里将南洋掠夺的石油和各种物资运回本土，菲律宾对这一海上生命线是致命的威胁。
三、再进一步说，为便于南方作战的顺利实施，把菲律宾作为作战中间基地和补给基地是非常必要的。
到1941年春天，随着日美关系的不断恶化，特别是日军进驻法属印度支那后美国做出的过度反应，大本营陆军部逐渐意识到，要想让美国置身事外好像已不可能。南方地区同样也是美国橡胶、锡等战略物资的主要来源地，日军占领新加坡和荷属东印度对菲律宾也造成了重大威胁，美国不参战也可能导致全面丧失对中国问题的发言权，因此罗斯福绝不会隔岸观火。不攻击菲律宾也许能让美国暂时不介入战争，但容许美国在西太平洋保留这样一个巨大的军事基地，等到其增援兵力到达后，将会对日军的继续作战产生致命的影响，日军连先发制人的机会也丧失了。既然如此，索性一不做，二不休，连你也一起干掉。陆海军的意见终于取得了统一。美、英、荷于1941年4月21日在新加坡召开的联合军事会议，更加坚定了日本将其作为一个进攻整体的决心。因此，在9月6日御前会议上通过的《帝国国策实施要领》中，美、英、荷已经成为一个整体。
要说这日本陆海军是故意抬杠，一点也不为过。在攻占南方地区的次序上，双方又开始争执不休。海军主张向右迂回从菲律宾方面向婆罗洲、爪哇、苏门答腊再到马来亚，陆军主张向左迂回从马来亚方面向苏门答腊、爪哇、婆罗洲再到菲律宾。最后商定的结果是都别迂回了，对菲律宾、马来亚两方面同时进行奇袭，最后在荷属东印度会合。当然，经过山本大将的据理力争，突袭目标中加上了珍珠港。
欧洲的战争爆发之前，日本陆军参谋本部一直未着眼于未来打大战，战斗行动一直局限于亚洲大陆。随着英、法相继卷入战争以及《三国同盟条约》的签订，1940年年末，日本陆军统帅部开始着手制订对美、英、荷的作战计划。最初制订的仅仅是对马来亚、菲律宾等地的区域性作战计划，1941年4月改为制订综合作战计划。在此期间，陆海军统帅部的作战参谋之间，始终保持着紧密联系。到了1941年8月，陆海军已基本完成了各自作战计划的制订。
早于战争计划的战争准备早已展开。8月15日，日本联合舰队下令于10月上旬达到实战所需的战斗能力，根据要求，海军征用商船265艘，总吨位112万吨。9月18日，陆军发布南方作战的预备命令，陆军先后6次（5次在9月、1次在10月3日）宣布成立临时部队番号以及向南调兵的计划，预定参战部队开始向中国的南部、中国台湾、中国海南岛、帛琉群岛、法属印度支那等地区集结。同时在上述区域建立航空和海运基地，加紧对作战物资的储备。
1941年10月，随着空降部队的建立，日军开始了以占领巨港、巴厘巴板等油田及炼油设施为目标的针对性军事训练。为了防止敌军在逃跑前破坏油田及相关设施，在荷属东印度作战中，日本将首次使用伞兵突袭。
对于未来的作战，日本可谓是未雨绸缪。陆军参谋本部自1940年就开始组织力量对南方一些用兵要地进行实地考察，搜集军事情报。至开战前的这一段时期，从菲律宾到马来半岛，从马尼拉到新加坡，从关岛到缅甸，布满了日本陆海军派出的间谍。他们以商人、游客或者外交官的身份对当地的防务、机场、交通、桥梁、登陆海滩等进行考察，寻找当地潜在的合作者。英国、荷兰在这些地区的殖民统治不得人心，菲律宾也一直在与美国闹独立，所以这些情报人员得到了当地日侨和土著居民的大力帮助和支持。他们获得的宝贵信息源源不断地汇集到东京大本营。
举例说明。1940年夏天，陆军参谋本部作战参谋国武辉人少佐以外交官的身份进入马来半岛，重点对英国远东最大的军事基地新加坡进行考察。国武少佐经过实地考察后发现，新加坡这个岛屿与马来半岛顶端只有一条约1000米长的堤坝相连。这座号称东方直布罗陀的军事要塞，从海上进攻的确是困难重重，但若从陆上进行包抄，也就是从北面进攻的话，就能免去不少麻烦。国辉少佐还发现，尽管从地图上看从泰国边界到新加坡只有五六条河流，但实际上大小河流有250条之多。如果守军在后退时炸掉桥梁，就会极大地迟滞日军的进攻速度。在选择登陆地点和制订具体作战计划时，这些因素都给予充分的考虑。后来在实战中，日本选择不断在守军的后方登陆，导致英军的连续溃败。
1940年10月12日，陆军参谋总部对位于上海附近地区的第五师团下达了实施登陆作战训练的命令。12月6日，在中国华南地区的日军近卫师团、第十八师团、第四十八师团也根据参谋总部的命令开展了适应热带地区作战的军事演习。
接着，1940年12月中旬，日军在台湾成立了专门研究南方作战的中心机构——“台湾军”战术部，部长由林义秀大佐担任，但真正的推动力来自赫赫有名的豺狼参谋辻政信。战术部负责对各兵种部队在南方作战中的战斗、装备、军需、给养、卫生防疫、海岸地形、潮水涨落等事项进行研究。
1941年6月，由“台湾军”战术部主持，以步兵一个大队、炮兵一个中队为骨干的演习部队在海南岛举行了登陆之后的热带地区长距离机动演习。为了检验士兵在热带炎热环境下的生存能力，辻政信把全副武装的士兵装入闷热潮湿的船舱，让他们三人挤一张榻榻米，在近50摄氏度的高温下，只允许士兵喝少量的水，就这样关了整整一个星期。这些骨瘦如柴的士兵在如此恶劣的条件下，携带着马匹和装备，成功在开阔的海滩上登陆。演习环绕海南岛一周，行程1000公里，相当于从泰国南部登陆到新加坡的机动距离。辻政信中佐根据这次演习的研究结果编写了名为“热带丛林作战战务必读”的实战指南，在开战前分发给参加南方作战的全体官兵。
在此之前的1941年3月，陆军统帅部在九州岛也进行过一次参谋旅行演习，对有关参战部队的主要参谋人员进行关于登陆作战的战前训练。接着，自3月下旬至4月上旬，在大本营主持下，开展了以攻占新加坡为目标的大规模的陆、海、空联合演习。由在上海专门接受登陆作战训练的第五师团、驻满洲的第五飞行集团及联合舰队一部组成演习部队。演习方案是由长江口舟山群岛出发的登陆作战部队在海空军掩护下，一面摧毁敌海空部队的阻击，一面通过中国东海在北九州进行登陆，最终攻占佐世保海军要塞。这次演习的总指挥就是后来出任第十六军司令官，负责荷属东印度作战的今村均陆军中将。
为了使登陆作战和热带地区作战得以顺利进行，参谋本部对投入南方作战的地面部队匆忙进行了装备的改进。准备在泰国南部登陆向新加坡突进的第五师团，以及准备在仁牙因湾登陆向马尼拉进攻的第四十八师团等部队，改编为包括部分车辆、自行车在内的机械化部队，增强了部队的机动性。
1941年9月11日，以军令部总长永野修身和联合舰队司令长官山本五十六为首的海军将佐200余人，在海军大学开展了历时4天的图上军演。军演包含南方作战的各个区域作战，其中也包括只有极个别要人参加的奇袭珍珠港计划。10月1日，陆军参谋总长杉山元和负责南方作战的寺内寿一在陆军大学主持了陆军南方作战为期5天的图上演习，参加演习的包括准备参加南方作战而组建的各军参谋长、主要参谋以及参谋本部的作战幕僚。
10月4日，主要负责南方作战空中掩护的联合舰队陆基航空兵——第十一航空舰队也在九州进行了南方作战空中作战的图上军演。
到10月底，大本营陆海军部分别批准了各自的作战计划，杉山参谋总长和永野军令部总长分别于11月3日和5日将作战计划上奏天皇，11月5日天皇正式批准了陆海军的作战计划。
就在天皇批准作战计划的同一天，负责南方作战的南方军宣告成立，成为继中国派遣军、关东军之后第三个大型战区性突击军团。11月6日，大本营公布了南方作战各部队作战序列以及实施南方作战的准备命令。
南方军总司令官：寺内寿一陆军大将。
参谋长：塚田攻陆军中将（前参谋次长，其次长职务已由田边盛武陆军中将接任）。
第十四军司令官：本间雅晴陆军中将。
第十五军司令官：饭田祥二郎陆军中将。
第十六军司令官：今村均陆军中将。
第二十五军司令官：山下奉文陆军中将。
南方军司令部直属部队：第二十一师团、第二十一独立混成旅团、第四独立联队。
参加南方作战的第三飞行集团集结在中国南部和法属印度支那北部，佯装进行昆明作战，然后于开战前夕迅速转移至法属印度支那南部各基地，为第二十五军先遣兵团提供空中掩护。第五飞行集团和第二十一独立飞行队在台湾南部，配合海军第十一航空舰队先发制人，摧毁美军北纬16度以北的吕宋岛空军基地和战机，为第十四军在菲律宾的作战提供掩护。
第四师团和南海支队作为特遣队和预备队先后划归南方军直接指挥。
参加南方作战的还有驻中国广东的中国派遣军第二十三军，司令官就是曾当着何应钦的面随地撒尿的酒井隆陆军中将，其麾下第三十八师团将参加香港作战。
确切地说，南方军并不是一支新军，所部基本抽自其他战区的精锐兵团。来自中国派遣军的部队大多已有4年乃至更长时间的实战经验，特别是赫赫有名的第五师团擅长登陆作战，中日战争以来，转战各地，历经百役。原属关东军的第五飞行集团，参加过诺门坎战役。为了尽快达成战争任务，南方军编制内破天荒出现了9个坦克联队。放在苏、德、美等军事强国，这根本不算什么，但放在日本，就相当于下了血本，要知道，日本陆军总共才有15个坦克联队。
南方作战涉及区域的陆地面积超过400万平方公里，是日本本土的12倍。涉及人口约1.5亿。南方作战总称为“あ号作戦”，作战计划主要内容如下。
以海军第一航空战队、第二航空战队、第五航空战队为主力的机动部队对瓦胡岛珍珠港内的美国太平洋舰队发动奇袭，一举歼灭美国太平洋舰队主力。
奇袭珍珠港的同时，在菲律宾与马来亚两个方向同时发动进攻。
在攻克菲律宾和马来亚之后，接下来的目标分别是婆罗洲、苏拉威西、苏门答腊等要地，最终目标为爪哇岛。
此外，攻下香港、关岛、俾斯麦群岛、帝汶岛等地，扫清外围。在开战初期，也于泰国境内进驻大批军力，视战局进展情况进攻英属缅甸，在构成日军防线坚固右翼的同时，彻底切断中国抗日战场的补给线，促使蒋政权早日屈服。
缅甸被列入第二批重点进攻目标还有一个原因，除了荷属东印度之外，这里也有日本人急需的石油。
陆军作战任务细分到各个战区。
“M作战”：攻取目标为菲律宾，任务执行者第十四军，下辖第十六师团、第四十八师团、第六十五旅团，集结地为马公、帛琉、奄美大岛、高雄和基隆。战役计划于1941年12月7日当天展开。
“E作战”：攻取目标为马来半岛和新加坡，任务执行者第二十五军，下辖近卫师团、第五师团、第十八师团、第五十六师团，集结地为海南岛三亚。战役计划于1941年12月7日展开。
“H作战”：攻取目标荷属东印度，任务执行者第十六军，下辖部队第二师团。随着香港和菲律宾战事结束，将第三十八师团及第四十八师团从香港和菲律宾战场抽调过来充实该军。战役计划于1942年1月11日展开。
“G作战”：攻取目标关岛，任务执行者南海支队及第四舰队所属海军陆战队。战役计划于1941年12月10日展开。
“B作战”：攻取目标英属婆罗洲，任务执行者第十六军第五十六师团，战役计划于1942年1月11日展开。
“C作战”：攻取目标香港，任务执行者第二十三军第三十八师团，战役计划于1941年12月9日展开。
“R作战”：攻取目标威克岛和俾斯麦群岛的拉包尔，任务执行者南海支队。战役预计于1942年1月23日展开。攻占拉包尔的目的在于掩护日本海军在中太平洋最重要的海空基地特鲁克。
好戏在后头，重头戏就是袭击珍珠港的“Z作战”，全部由海军组成，战役计划于1941年12月7日最先展开。
陆海军统帅部根据几次图上演习，对攻占南方相关地区的进程做出如下估计：占领香港约20天，占领马尼拉约50天，占领新加坡约100天，而爪哇岛大约150天即能攻克。最大的不确定因素在珍珠港！
以兵力而言，日本人自认为拥有绝对优势，其海空兵力比起西方盟国在西太平洋的兵力较多，也较好，自信能确保取得制海权和制空权。海军为南方作战与袭击珍珠港投下了几乎全部兵力。准备用于南进的陆军虽只有11个师团，战斗兵员不到25万人，连同后勤部队总数约40万人，但都是从中国战场和本土调集的精锐部队，仅从中国关内抽调的就有6个师团。这些部队人员素质和训练水平很高。
同盟军人数较不准确，战争前夕，估计英军在香港有11000人，在马来亚有88000人，在缅甸有35000人，合计134000人；菲律宾群岛共有美军31000人、菲律宾军约110000人；荷兰有正规军25000人、民兵40000人。虽然在人数上盟军还稍占上风，但是因为日本能够取得制空权和制海权，常常会造成数量上的局部优势，特别在两栖登陆、丛林战和夜袭方面更具优势。而盟军在该地区的地面兵力虽人数众多，但国籍各异，分散极广，作为军官的白人与当地人士兵之间缺少精神上的团结，美、英、荷、中四国也很难发挥出协同作战的能力。盟军装备低劣，对于当地那些部队来说，唯一干得不错的动作就是敬礼，除少数美英部队以外，几乎不堪一击。
由于从中国关内抽调了大量兵力，日本大本营陆军部电令中国派遣军总司令官畑俊六陆军大将，实施南方作战期间，在中国关内暂取守势。
日本海军已于1941年9月1日改行战时编制，因此无须像陆军那样新编作战部队。为配合陆军对上述地区的攻击，海军作战的具体部署如下。
一、以六艘航空母舰为主的机动部队袭击美国太平洋舰队，之后返回基地休整。而后负责保卫南洋诸岛或支援南方作战。集结地为千岛群岛的单冠湾，司令长官南云忠一海军中将。
二、山本五十六海军大将和高须四郎海军中将率领第一舰队主力部署于濑户内海，支援总体作战，同时负责日本本土的防务。
三、第十一航空舰队（陆基航空兵）主力集结地在台湾南部，其余一部在帛琉群岛，任务是配合陆军占领菲律宾，司令长官塚原二四三海军中将。
四、第二舰队活动于菲律宾和中国南海一带，搜索并歼灭敌海上力量，确保陆军部队的海上安全，司令长官近藤信竹海军中将。
五、第三舰队主力集结在台湾，其余一部在帛琉，其任务先是为菲律宾作战提供海上掩护，之后参加爪哇岛作战，司令长官高桥伊望海军中将。
六、南遣舰队集结地在三亚，负责马来亚作战的海上安全，之后投入婆罗洲和西里伯斯作战，司令长官小泽治三郎海军中将。
七、第二遣华舰队（不隶属联合舰队）负责协助香港作战，司令官新见政一海军中将。
八、第四舰队主力集结地特鲁克，其余一部在塞班岛，负责攻占关岛、威克岛以及俾斯麦群岛的作战，司令长官井上成美海军中将。
九、北方部队也就是第五舰队在大凑展开，担任警戒北方水域，保护交通线和防止苏联的偷袭，司令长官细萱戊子郎海军中将。
十、第六舰队也就是所谓的潜艇部队，一部配合珍珠港作战，其余在菲律宾和新加坡一带配合水面舰艇作战，司令长官清水光美海军中将，司令官新见政一海军中将。
参加南方作战的各部海军由近藤信竹海军中将统一指挥。
从军事观点来看，日本人对于开战做出了精心的安排，对于战争初期的胜利也很有把握，以后的实际进程证明他们是对的：日本人不仅轻取了胜利，还迅速攻占其所想占领的一切地区。但是问题并未根本解决，所有的战争都不是难于开始，而是难于结束。
需要强调的是，日本并不敢奢望能速战速决，比起当初发动侵华战争时认为3个月即可征服中国来说，思想上已经有了很大的进步，他们确已有“长期战争的觉悟”，对未来的前途也不免有茫然之感。即将赴任南方军参谋长的塚田攻曾说：“没有人敢说陷入长期战争也不要紧。即使初战可以全胜也不能掉以轻心，至于5年以后的事情，谁也无法预料。”
美、英显然小看了对手的胃口和野心。就在罗斯福、丘吉尔认为发出最后通牒就能吓唬住好战的日本人，就在史汀生、诺克斯、马歇尔、斯塔克等人挖空心思地去分析日军的进攻点是菲律宾还是关岛抑或是威克岛的时候，日本的作战计划已经做出了响亮而清晰的回答：所有的地方都是我们的攻击目标。用句时髦的话，就是“一个都不能少”。
1941年11月10日，即将奔赴太平洋战场的日本陆海军高级将领举行了一次午餐会。刚刚从中国满洲回到东京出任第二十五军司令官的山下奉文陆军中将入座后，发现右边的椅子还空着。此时，走过来一个比他矮半头的小个子。
“山下君辛苦了，这次要攻下马来亚和新加坡可谓任务艰巨，信心如何？”这位小个子不但年龄比山下大了一岁，军阶也比他高。
山下急忙回答：“阁下才辛苦呢，您怎么样？”
“我把我一半的生命都压在了珍珠港，我确信一定会成功，你的马来亚那边呢？”这个叫山本五十六的人说。——老酒“十大日军杰出将领排行榜”上的状元和榜眼在这里戏剧性地碰面了。
“我认为，首先是双脚要站到陆地上，只要能登上去，我就一定能取得成功。在登陆这一点上，我们陆军有很多无可奈何的地方。”
“实在抱歉，为了实施珍珠港作战，我是不得不如此呀。”由于主力舰队用在了珍珠港，参加南方作战的海军力量就难免不太宽裕。山本知道刚才山下是在变相抱怨海军护航力量的薄弱。
“二山”可谓是惺惺相惜。山下本以为山本会转移话题，没想到山本如此爽快地坦承了自己的无奈。他被山本的情绪感染，马上高兴起来：“我判断，在我们登陆之前，敌人不会动手，我一定会成功的。”
山本发出一阵爽朗的大笑：“对！英国人认为他们吓唬一下，我们就会退回去。他们错了！你的登陆行动一定会成功！”
两人一起举杯共饮。