历来的封建史籍，对大西军在四川的作为差不多都一言以蔽之曰“屠蜀”，把张献忠描绘成以四川百姓为敌的凶神恶煞，这是不符合事实的。张献忠占领四川的本意是以“巴蜀为根”，徐图向外发展。所以，他在入川初期是相当注意争取各方面支持的，打击的对象只限于坚决与大西政权为敌的部分官绅。大西军进川过程中纪律严明，并不随便杀人。《长寿县志》记载，大西军由涪州进攻重庆途经该县时，“立誓不妄杀一人”，“邑中得无恙”，就是一个典型的例子。当时，由于大顺军已经攻克了北京，明王朝土崩瓦解，四川地方的官僚士绅，除了少数甘心充当朱明王朝殉葬品的人以外，大多数都转到大西政权方面寻求保护。如史籍所说，“初，成都官吏见献忠将至，逃避不徨。继见献忠称王，分官任事，以为暴雨之后，云收雾散，将见太平。又闻献忠有勇有为，能任国事。于是一班官吏均出任事。”省会以外的府县，“文臣武将，卖降恐后。”接受大西政权官职的人员虽然缺乏统计材料，但据西方耶稣会士的记载，张献忠在成都建立政权之初，“在朝之官统计千人”，可以肯定其中大部分是在四川吸收的。尽管这些人还存在不同程度的疑惧，有的甚至心怀叵测，但就大势而言，大西军占领四川的初期，各地社会秩序比较稳定，地主豪绅既有攀龙附凤之心，又慴于大西政权的兵威，阶级冲突并不十分尖锐。因此，大西政权采用暴力镇压的措施相当有限，杀人并不多。
直到一六四五年上半年地主阶级的叛乱逐渐严重时，大西政权仍然注意约束军纪，努力做到“兵民守分相安”。这年三月，大西军骁骑营都督刘进忠还发布了禁约，勒石立碑以示郑重。禁约碑文主要内容如下：
……本府秉公奉法，号令森严，务期兵民守分相安，断不虚假。仰各驿铺（此处缺数字）约法数章，如有犯者，照约正法，特示。
一、不许未奉府部明文擅自招兵，扰害地方者，许彼地士民锁解军前正法；如容隐不举，一体连坐。
一、不许往来差舍并闲散员役擅动铺递马匹兵夫，查出捆打。
一、不许坐守地方武职擅受民词，违者参处。
一、不许假借天兵名色扰害地方，该管地方官查实申报，以凭枭示。
一、不许无赖棍徒投入营中，擅辄具词诈告，妄害良民，违者捆打。
一、不许守□文武官员擅娶本土妇女为妻妾，如违参究。
这个禁约的发布人刘进忠，后来降清成了农民军的叛徒，但文告本身仍然反映了大西军入川前期，对于维护军纪、稳定社会秩序的重视。
四川地区的阶级矛盾是怎样激化起来的呢？原因主要有两个：一是张献忠等大西政权的决策人，虽然采取了安排蜀人做官、开科取士等政治措施争取当地士绅，但这个政权的基本施政方针却直接损害了官绅地主的利益，如下令各地“搜求仕宦及起送卫所世职，皆杀之”，以及拘集官僚士绅罚银充饷。随着这类农民革命政策的推行，官绅地主才发现张献忠起义军虽然“开基立国，而群盗之习毫无悛改”，他们的失望是可想而知的。二是四川地区的官绅地主，本来是在群龙无首的情况下投靠大西政权的。甲申五月，明福王朱由崧在南京建号，颁诏各地，自封正统。当时北方的局面是清兵同大顺军相对峙，弘光朝廷自知力量单薄不敢问鼎中原，注意力就更多地放在南方。东南各省是弘光朝廷立国的根基，西南除四川外，其他省份仍奉明朝正朔。在这种形势下，弘光朝廷很自然地要加紧部署颠覆大西政权，致力于建立自己的半壁江山。然而，南京小朝廷自建立之始就患有先天的软骨病，它既不可能派遣军队入川同大西军正面交锋，就只好采取任命四川官员，指使他们联络策反，把本地的地主阶级势力组织起来同大西农民军为敌。明末封建文人黎遂球向弘光朝廷上书言事时，就曾提出过以下的建议：
“又闻献贼逋窜蜀中，设伪官分为四道，以图延喘旦夕。……诚得亲信之士布置其间，或散为流言以惑其众，或伺其隙以间之，使之互相杀戮，而潜结蜀中诸士官与夫忠义之士，阴为部署，伏聚高山长林之间，多设旗帜以寒其胆。又潜与之约，能复一城一邑者即以与之。而其中有能斩献贼之头来归者，即举蜀地爵之。如此，将不烦大兵而蜀可以得，献贼可灭，其众且可收之以为用。故纵间之策不可不行……”。
一六四四年八月，弘光朝廷任命樊一蘅为川陕总督；旧辅王应熊以大学士兼兵部尚书总督川、湖、云、贵地方，赐尚方剑便宜行事。王应熊是四川巴县人，樊一蘅是四川宜宾县人。南明政权利用他们在本省士绅中的影响，“皆委以恢复之任，号召诸路官兵义旅，响应云合。”王应熊受任之后，坐镇遵义、綦江地区，统筹全局。按照他提出的规划是，依靠贵州的兵力和军饷，加上败军溃卒，地方武装，由綦江、纳溪北上；同时责成云南巡抚命将出师，沿建昌、毕节一线推进；川陕总督樊一蘅则提兵转入川北，夺取保宁（今阆中县）、顺庆（今南充）一带，从北面牵制大西军。他还要求朝廷急令湖广巡抚重占荆州，防止大西军顺江东下；郧阳抚治则沿大昌、大宁、达州、东乡一线蚕食川东北地区；偏沅总督和巡抚由东南面扼控四川。这就是王应熊提出的围剿大西军的全盘计划。在他的组织和策动下，四川各地的反革命势力顿时活跃起来。
一六四五年春，明总兵曾英击败大西军守将刘廷举部，占领了重庆。张献忠派大将刘文秀率领几万名战士反攻重庆，又被曾英部击退。这个山城重镇的失守，是张献忠入川以后，在政治上和军事上遭受的第一个重大挫折。此外，明将王祥据有綦江，参将杨展盘据黎雅，游击马应试窃据叙州（宜宾），四川南部成了官绅地主颠覆大西政权的主要基地。在顺庆地区（今南充一带），明举人邹简臣“潜与顺庆豪杰倡义，建‘中兴’赤帜于江浒，数日众至十余万，军声大振。贼卷甲遁，恢复顺庆十余城。”川西的松潘副将朱化龙也“敛兵自守”，割据一方。大西政权控制区内的官绅地主则纷纷叛乱，“起义兵斩伪令者所在皆是”；“乃西川人性戇愚，特明顺逆，不量势力，不肯被不义之名，故其所置郡县贼吏特以兵威迫胁，民勉听从；兵才他适则群起而杀之”。后来竟弄到这样的地步：“成都百里外，耰锄白梃，皆与贼为难”。
事实说明，南京弘光小朝廷成了四川官绅地主心目中的旗帜，为他们提供了从事反对农民革命的复辟活动所必需的组织系统和精神支柱。这正是四川地区政治局势发生剧烈变化的重要原因。
官绅地主的疯狂反扑，迫使张献忠加紧了军事扫荡。这本来是必要的，然而张献忠在镇压和防范叛乱的过程中却走得太远了，往往弄到顺逆不分的程度。他看到官绅地主是反对大西政权的主要势力，而生员们一般多是出身于这个阶层，就在大顺二年十一月借口举行“特科”，命令将各府县生员一律起送成都，到齐后找了个借口全部杀光。这就是所谓大慈寺屠戮士子事件，大约杀了五千多人。当他不断得报大西政权的地方官员被反革命势力捕杀时，又常常迁怒于当地居民，派出军队不分良莠滥加屠杀。张献忠的过激行动，使本来就非常尖锐的阶级对抗更加复杂化了，导致大西政权逐渐丧失民心。
在历史上身居权力顶点的人物，一旦走上了错误的道路是很难迷途知返的，他们往往在谬误的斜坡上越滑越远，张献忠的悲剧正在于此。他甚至发出了“除城尽剿”的命令，分遣军队到所属州县搜杀百姓。连西京成都也发兵“剿洗”。《圣教入川记》中，载录了外国传教士目睹的情况：一六四五年十一月二十二日，张献忠下令除大西政权官员家属以外，成都“城内居民一律杀绝。”第二天，“各军人皆奉命认真严剿，毫不容情。……各军分队把守城门，余军驱百姓到南门就刑。”“被拘百姓无数集于南门外沙坝桥边。一见献忠到来，众皆跪伏地下，齐声悲哭求赦云：大王万岁！大王是我等之王，我等是你百姓，我等未犯国法，何故杀无辜百姓？何故畏惧百姓？我等无军器，亦不是兵，亦不是敌，乃是守法良民。乞大王救命，赦我众无辜小民，云云”。张献忠听了，“不独无哀怜之意，反而厉声痛骂百姓私通敌人。随即纵马跃入人中，任马乱跳乱蹄，并高声狂吼：该杀该死之反叛！随令军士急速动刑。冤乎痛哉，无罪百姓齐遭惨杀。……锦绣蓉城顿成旷野，无人居住，一片荒凉惨象，非笔舌所能形容。”“献忠剿洗成都后，旋即传令晓谕各乡场镇村庄之民，均可移居成都城内为京都居民。”张献忠的过火行为，最后弄得自己越来越孤立，干脆一把火烧掉成都，打算丢掉四川，另谋出路。
《纪事略》等书中记载，深受张献忠信任的左丞相汪兆龄，是促使大西政权推行屠戮政策的主要策划者。从其它著作叙述张献忠牺牲以后孙可望、刘文秀、李定国、艾能奇四将军处死汪兆龄时宣布的罪状来看，可以互相印证。汪兆龄出身于安徽桐城县的官绅地主，混迹于大西军后巧于逢迎，博得了张献忠的宠信。他的竭力主张血腥屠杀，是出于蓄意破坏呢，还是因为大西军入川以后四川人在政权中占的比例越来越大，妨碍了他独揽大权，必欲杀之而后快呢？抑或是迎合张献忠的偏激思想以保全自己的禄位呢？由于史料缺乏，无从作出准确判断。但是，这个地主阶级分子利用张献忠的愤激情绪，把大西政权为巩固自身而采取的镇压措施推向了反面，造成大西政权在后期树敌过多，招致最后的惨败，是要负重要责任的。
关于张献忠在四川杀人过多的问题，我们应当看到，这首先是因为地主阶级的疯狂反扑引起的。把事情说成是张献忠天性好杀、残忍，是封建统治阶级的诬蔑。史籍中常常回避张献忠在四川前期和后期政策上的变化，而用以偏概全的手法，把后期客观形势的改变和主观判断上的错误而杀人过多，说成是一贯如此。比如大西政权的开科取士，其前两次都是真正的延揽人才，安排官职。只有最后一次才是借口举行“特科”，屠杀士子。在许多史籍中故意含糊其词，光说张献忠假借科举，把四川的读书人杀戮一空，这显然是违背历史事实的。有的封建史籍，把张献忠杀人的情况和数字夸大到极其荒诞的地步，如清初封建文人毛奇龄说，仅从丙戌（大顺三年，公元一六四六年）年正月张献忠“命四将军分路草杀”，到五月回成都报告，所杀人数合计竟高达六亿九千九百余万，此外所杀者尚未计算在内。明后期全国人口数仅六千多万，毛奇龄撒下弥天大谎，编造张献忠在四川一省（实际上大西政权当时所能控制的只是成都附近州县）杀的人数，竟超过全国总人口的十倍以上。这种无耻的梦呓，居然被清朝统治者主持修撰的《钦定明史》所沿袭。在该书卷三○九《张献忠传》里，竟赫然大书，“共杀男女六万万有奇”。有的史籍还绘声绘色地著意渲染，胡说什么张献忠杀人，竟至于“流血若奔涛，声闻数里。锦江尽赤，河水不流。”这类狺狺狂吠，适足以暴露封建统治者们对起义农民的仇视心理而已，毫无史料价值可言。
另一方面，我们也应当正视包括张献忠在内的大西政权领导人的错误。把凡被大西军所杀的人都说成是该杀的，都是农民革命的死敌，不仅违反历史事实，也不利于从中总结历史的教训。除了前述汪兆龄之流的顺风吹火以外，张献忠本人的偏激情绪，也是造成镇压扩大化的重要原因之一。现存大西政权所立的张献忠“圣谕碑”，颇能反映他当时的思想。碑文只有两句话：“天有万物与人，人无一物与天。鬼神明明，自思自量。大顺二年二月十三日。”这道“圣谕”，虽不象统治阶级捏造的那样，下面还有七个“杀”字，但它确实明白无误地反映了张献忠的变态心理：对封建统治阶级的仇恨扩展成了对人的厌恶。张献忠何尝不知道“天意从来高难问”，他所说的天只不过是他自己。有的史料记载，“张献忠常曰：人命在我，我命在天。四方有路，在劫难逃。”在他眼里，是四川百姓忘恩负义，只有由他这位上天之子来恭行天罚了。张献忠忘记了，他和部下军队吃的是百姓种的粮，穿的是百姓织的布，忘记了他在玛瑙山战役之后，正是在川东山区百姓的掩护下，才免于被官军歼灭，也忘记了正是千千万万的百姓跟着他打江山，才把他捧上了皇帝的宝座。张献忠用自己创造的天与人之对立，代替了现实生活中富与贫的对立，正反映了他在思想上的变化。在某种意义上可以说，这个“圣谕碑”，是张献忠为自己在镇压官绅地主叛乱时滥及无辜愚蠢作法的辩护。
史籍中谈到大西军在四川的举措时，常常同明末清初四川人口的锐减联带论述，这样做不是有意中伤，便是无知妄说。明清之际，四川人口急剧下降是事实。封建统治阶级把这笔账全都挂在张献忠名下，是极为不公的。造成四川许多地方荒无人烟、人口锐减的原因是多方面的，其中包括明朝军阀的屠戮平民，清军的滥杀无辜，摇黄等武装的蹂躏百姓；张献忠领导的大西军肃反无边，当然也应负一部分责任。但主要原因还是，由于连年兵荒马乱，生产大面积停顿，人民大批地死于饥饿、相食、虎害、瘟疫，向外逃亡的也不在少数。在批驳封建史籍诬蔑大西军“屠蜀”的时候，还应当指出，直到张献忠牺牲、大西军转入云贵时，四川遭受的破坏还是比较有限的。此后四川的人口仍在大幅度下降，这是可以列举材料加以证明的。