随着清军的攻入陕西，西北地区的明朝降官降将也一个个原形毕露，乘衅而起，拜表投降清廷。原先任过明朝宁夏花马池副将的董学礼，归顺大顺政权后曾奉命沿运河南下，后来撤到河南怀庆地区降于清朝。他降清之后急于“立功自现”，派人带书信约大顺政权宁夏节度使陈之龙起兵充当内应。陈之龙过去是明朝监军道，他的投降大顺政权本来就心怀叵测，用他自己的话来讲是“借其兵权，以待天时”。董学礼的密信被牛成虎（曾任明朝总兵，这时奉大顺政权之命镇守宁夏）截获。牛成虎不赞成背叛大顺政权，把董学礼的家属全部处斩。陈之龙隐而不发，清军进入陕西后，他利用职权拉拢一部分军队，“倡率大小文武军民，望风投诚”，迫使牛成虎一道投降了清朝。白广恩归顺李自成后被封为桃源伯，随着形势的逆转，也准备投降清朝，只是由于大顺军防范较严，一时还难于得逞。到李自成撤出西安时，他就在蓝田口拉出队伍投奔了清朝。兰州总兵郑嘉栋、甘州总兵左勷、副总兵谢祯荣等人，都在一六四五年正月叛降清朝。奉李自成之命率军入川的四川节度使黎玉田（原先是明朝辽东巡抚）、总兵马科（投降大顺后被封为怀仁伯）、副总兵马德、高汝利、石国玺，也在清廷招降下领着士卒一万多人叛附清朝。此外，叛投清朝的还有汉南副将胡向化所部士兵一万余人、黄甫营守将高鸾以及陕北从响水到宁塞的十营堡边军。
从目前所见到的资料来看，原来为形势所迫投降大顺政权的明朝将领，差不多全部都拜倒了在爱新觉罗皇室之下。他们在政治上的反侧，给大顺军造成了极大的危害。当他们态度暧昧、尚未公开叛变时，李自成等人为了防范而不得不留下相当数量的大顺军旧部加以监视，这就在前线急需增援时不能充分有效地集中兵力。他们叛变以后又往往急于向清廷献媚，或是背信弃义地向大顺军发动突然袭击，或是把自己驻防的地区作为进见礼，甚或二者兼而有之。我们已经指出，山西沦陷时，姜瓖在大同和唐通在保德的叛变，不仅把整个山西北部献给了清廷，而且都给大顺军造成了重大损失。西北地区明朝降官降将的叛变，更使大顺军领导人苦心经营的后方顿时烽烟四起，无法固守。陕北的陷落就是一个明显的例子，除了高一功、李过镇守的榆林、延安以外，其他负责防守沿边城堡的明降将，很快就被清廷拉了过去，使榆林、延安陷入孤立无援的地位。文献中说，“惟榆林守将高一功乃闯贼旧党，坚拒相抗”。正是由于大批降官降将的反水，阿济格才能只留下大同总兵姜瓖、榆林总兵王大业，宁武总兵高勋、宣化副将康镇邦等降将围攻榆林，自己却领着大军继续南下。这是迫使李自成丢掉西安的一个重要原因。历史又一次证明，任何政权如果没有一个大体上稳固的后方，要在前线取得胜利是非常困难的。大顺军在山海关战役之后节节败退，主要原因并不是清兵天下无敌，而是由于自己内部的不稳定。