崇祯十六年正月，李自成部义军攻克襄阳、荆州、德安、承天等地，左良玉部不战东窜，明王朝在湖广的统治迅速瓦解。朱由检心急如焚，把希望寄托于选拔一个有能力的大臣出任督师，组织有效的堵剿。他内定的人选是大学士吴甡，因为吴甡曾任过陕西巡按和山西巡抚，具有镇压农民起义的反动经验。三月，在一次召对大臣时谈到承天祖陵失守，朱由检声泪俱下地说：“朕不德，忧及陵寝”，接着便指责臣下调度失宜，暗示要另遣大臣出马。包括吴甡在内的大臣们对当时局势都心中有数，一个个只是叩头引罪，却毫无自告奋勇之意。朱由检引而不发的策略没有实现，只好在第二天再次召对时点名指定吴甡，他说：“自杨嗣昌死后，督师无人，致有今日。卿曩历岩疆，可往湖广督师，以图恢复。”吴甡表示自己不惜一死，愿意出任督师。不过，他指出李自成等部农民军声势浩大，左良玉部官军“兵无纪律，不肯用命杀贼”，要想扭转败局，单派他孤身一人前往湖广是无济于事的，必须拨给他“精兵三万，挑选敢战之将统之南征。”具体方案是他先往南京，用直属精兵胁制左良玉部，取得驾驭之权，然后促之西入湖广，陕西三边总督孙传庭则统兵东出潼关，对农民军展开东西夹剿。这个方案同朱由检的意图显然存在很大的距离。在朱由检看来，左良玉部兵多将广，只要抚御得宜，自然会为朝廷卖命。三月十二日，他在文昭阁召见吴甡时说：“昨先生疏，欲需多兵，岂能猝集？南京隔远，似不必退守。”他还为左良玉的望风逃窜辩护说：“左良玉之退，亦由地方官不为措给粮饷，朕故加意激劝，留此一支劲兵助先生徂征半臂耳。”他们的分歧在于吴甡认为左良玉的军队跋扈难用，他鉴于杨嗣昌、丁启睿、侯恂督师时调度不灵的教训，坚决要求朝廷拨给他三万直属精兵；朱由检却认为，在内外交困之时，抽调三万精兵谈何容易，放着左良玉的二十万大军不用更是失策。次辅陈演摸准了朱由检的心理，从傍进言道：“督师出，则督抚之兵皆其兵也。”吴甡老大不悦，回敬了一句：“次辅读书中秘，未谙军旅，臣之请兵正为督抚无兵耳。”他列举河南总督除了左良玉拨给的几十名扈从外“并无一卒”，河南巡抚自从开封淹没后止剩下标营一千多人屯驻河北（指河南省黄河以北的怀庆府一带），湖广巡抚在襄阳、承天失守后“兵尽死逃”，哪有什么督抚之兵可供指挥。这样，在朝廷内部围绕着吴甡督师的问题便出现了顶牛的局面。
朱由检内心虽然很不高兴，但他知道吴甡的意见不是全无道理，故决定先调兵一万名随督师南征。兵部尚书张国维建议抽调总兵唐通部七千人、马科部二千人，另加京营兵一千，凑足一万。可是，那时正值满洲贵族军队深入畿辅、山东等地饱掠而归，唐通部正奉命追击，要等到辽东局势暂告稳定以后才能依调南下。吴甡请调的军队没有着落，迟迟不肯出京。朱由检表面上敷衍说：“姑俟兵集启行未晚也”，内心却仍然希望吴甡能尽快赶往湖广组织围剿。
到五月间，朱由检的忍耐已经到了尽头。陕西总督孙传庭在朝廷的催促下，上疏表示即将统兵出关。次辅陈演又施展落井下石的诡计，一面提出唐通部官兵负有拱卫京师重任不可轻调，一面又以孙传庭的“奋勇直前”同吴甡的畏葸不进作对比。朱由检果然大怒，下令由孙传庭接任督师，吴甡致仕回家。张献忠部义军攻占武昌后，朱由检迁怒于吴甡，八月以“故延师期，以致楚省不守，根本震邻”的罪名，把吴甡逮捕来京，不久便发往金齿卫（今云南保山县）充军。在封建社会里，出将入相历来被视为人臣最高的宠遇。吴甡的规避不前，表明明王朝已经处于风雨飘摇之中，连统治集团的核心人物都没有多大的信心了。
朱由检越是意识到自己的统治已经日薄西山，就越是倒行逆施，象输红了眼的赌棍一祥，把希望寄托于孤注一掷，妄图侥幸取胜。他除了严令陕西总督孙传庭领兵出关外，还力图调动整个地主阶级的力量同起义农民决战。崇祯十六年四月，朱由检下令对各地结寨自雄的地主武装赦罪录功，宣布“但能擒斩伪官即与授职，能收捕贼徒即与给赏，能破贼恢城献俘者即行超擢，断不逾时。”六月又颁发赏格：有能擒李自成者赏给白银一万两，封爵通侯；能擒张献忠者赏银五千两，官极品，世袭；其他按“功劳”大小分别给赏。为了欺骗群众，朱由检又一次地玩弄口惠而实不至的把戏，宣布“免河南五府田租三年”，以体现“朝廷德意”。当时河南五府已经处于农民政权管辖之下，明政府根本不可能到那里去征收租税。这种拙劣的宣传手腕能收到多大的效果也就可想而知了。