崇祯十五年夏天，李自成、罗汝才联军在河南境内所向克捷，剩下周藩所在的开封孤零零地处于义军的重围之中。朱由检眼见农民起义在中原地区有如烈火燎原，无法收拾；返顾官军的状况，几年以来武将拥兵自重，逐渐形成尾大不掉的局面，突出地表现为调动不灵，或者即便奉调而来，一遇劲敌就丢下督师的文臣各自逃命。当时明政府用于镇压农民起义的官军中，实力最强的是屯驻于河南、湖北的左良玉部和所谓援剿总兵贺人龙等统率的陕西兵。这两人都骄横跋扈，不为朝廷所用。贺人龙于崇祯十三年曾从四川“譟归”陕西，不肯为追剿张献忠、罗汝才部起义军卖命，后来两次随陕西总督出关都不战而溃，把朝廷的方面大员傅宗龙、汪乔年先后丢给了义军。左良玉在杨嗣昌督师时就不服调遣，丁启睿继任督师后对他更是一筹莫展，“往来依违其间，为良玉调遣文书，未始自出一令。时人谓之‘左府幕客’。”在这种走狗不走的局面下，朱由检知道无法把农民起义镇压下去，遂决定分别采取措施，力图改变现状。
由于贺人龙问题更严重，朱由检密令新任陕西总督孙传庭将他处斩，借以杀一警百。这年四月间，孙传庭檄调各总兵会集于西安，在筵席上突然逮捕贺人龙，宣布罪状后立即斩首示众。接着部署善后事宜，以贺人龙部兵丁分隶诸将，提升贺人龙手下的农民军叛徒、副总兵高杰为总兵，借以稳定军心。
对于左良玉，明廷考虑到他麾下兵多势重，其中相当一部分是他收罗来的义军叛徒所统的部队，如果处置不当很可能一哄而散，依旧变为“流寇”。因此朱由检采取了结之以恩的办法。左良玉年轻时曾犯下抢劫军装罪被削去官职，屈身走卒之列，后来被侯恂看中授以兵权，在援辽战役中崭露头角，从此一帆风顺位至大将。由于有这一番遭遇，他对侯恂自然怀有好感。崇祯帝知道个中原委，认为可以利用侯恂同左良玉的关系加以笼络。崇祯十五年六月，他特旨把当时因事下狱的侯恂放了出来，任命为兵部右侍郎兼都察院右佥都御史，总督保定、山东、河北军务，并辖“平贼”（指挂“平贼将军印”的左良玉）等镇援剿官兵，让他组织官军南北合击以解开封之围。侯恂是河南归德府人，对家乡情况比较了解，接任以后就上疏朝廷，对用兵方略提出了一个全盘计划，疏中说：
“寇患积十五年而始大，非可一朝图也。由秦入豫，一败汪乔年，再败傅宗龙@，而天下之强兵劲马皆为贼有矣。贼骑数万为一队，飘忽若风雨，过无坚城，因资于兵。官军但尾其后问所向而已，卒或及之，马隤士饥。甚且以赐剑之灵，不能使闭城之县令出门一见，运一束刍，馈一斛米。此其所以往往挫衄也。今贼氛告迫，全豫已陷其七八，藩王告救，望若云霓。然自他日言之，中原为天下腹心；自今日言之，乃糜破之区耳。自藩王言之，维城固重；自天下安危大计言之，则维城当不急于社稷。臣为诸道统帅，身任平贼，岂可言舍汴不援？但臣所统七镇，合之不过数万之卒，而四镇尚未到也。冯河而前，无论轻身非长子之义，亦使群贼望之测其虚实，玩易朝廷矣。……故为今计，苟有确见，莫若以河南委之。令保定抚臣杨进、山东抚臣王永吉北护河；凤阳抚臣马士英、淮徐抚臣史可法南遏贼冲；而以秦督孙传庭塞潼关；臣率左良玉固荆襄。凡此所以断其奔逸之路也。臣乡自贼中来者皆言百万（指起义军入数），今且以人五十万、马十万计，人日食一升，马日食三升，则是所至之处日得八千钟粟也。中原赤地千里，望绝人烟，自兹以往，安所致此哉。目今兵强无过良玉。良玉为臣旧部，每对臣使涕泣，有报效之心。三过臣里，皆向臣父叩头，不敢扰及草木。私恩如此，岂肯负国？但从前督、抚驾驭乖方，兼之兵多食寡，调遣为难。诚使臣得驰赴其军，宣谕将士，鼓以忠义，用三楚之粮养全镇之兵，臣不就度支关饷，陛下亦不必下军令状责取战期。机有可乘，即东出与孙传庭合，群贼腹背受攻，饥扰驰突无所，不相屠戮，必自降散。舍此不图，而欲急已溃之中原，失可阨之险要，蛇豕肆衅，恐其祸有不止于藩王者。此社稷之忧，而非小小成败之计也。”
侯恂的奏疏表明，统治集团内部一些人，也开始认识到双方力量对比发生了根本的变化，处于劣势的明政府已经不能主动地寻求义军主力作战，只能扼险据守，等待时机。因此，他反对廷议以援救开封作为当务之急，主张责成陕西、保定、山东、凤阳、淮徐各督、抚固守本境，他自己不是按朝廷的意旨调左良玉部北上解开封之围，而是前往湖北坐镇于左良玉军中相机行事。他指出当时河南已是赤地千里，粮食窘绝，义军近百万之众集中在这里，过不了多久就会出现粮食危机。到那时他再督率左良玉部由湖广北上，会同陕西总督孙传庭夹攻起义军于河南。就昏愦的明廷来说，这可算是有点战略眼光的主张。不过，侯恂的建议即便为朱由检所采纳，也未必能收到多大的效果。因为以李自成为首的数达百万的义军固然会碰到粮食困难，但决不会像侯恂一厢情愿地设想的那样蹲在河南挨饿。侯恂提出的责成与河南接境的各省督抚保境自守，“断其奔逸之路”，不过是杨嗣昌“十面张网”的翻版。这里的关键在于，当起义军决策所向时，担负防堵的督、抚能否顶得住。一旦防堵失败，首当其冲的方面大员势必成为侯恂的替罪羊，这正是侯恂狡猾之处。
侯恂的建议一提出，立即被朱由检所否决。他不顾实际情况，坚持首先必须力解开封之围。侯恂无奈，只好下令调左良玉部北上。左良玉明知自己不是义军的对手，全军北上有可能被义军围歼。为了敷衍侯恂的面子，他派部将金声桓带五千士卒先行报到，充作护卫侯恂的亲军，同时附上一信说自己将亲统大军三十万随后来会。左良玉部额定兵员只有两万五千名，他通过招降纳叛拼凑起来的大批军队，都是用就地打粮等法子自行筹饷的。这次他满口答应倾巢出动听从侯恂调遣，弦外之音是以三十万人马的粮饷数字，示意使侯恂知难而退。侯恂也明白左良玉的用意，连忙回信说无法解决三十万人的粮饷，请他不必北来。朱由检企图利用侯恂笼络左良玉，达到在河南击败义军以解开封之围的设想，就在这样一阵勾心斗角的官样文章中全盘落空了。
这年九月，明河南官僚在救援无望的情况下，挖开黄河大堤淹没了开封。同年闰十一月，侯恂也罢去官职，重新关进了监狱。
下面再谈陕西官军的动向。新任总督孙传庭原是陕西巡抚，崇祯十年十月和总督洪承畴一道奉调率领陕西官军勤王，洪承畴被任为蓟辽总督，孙传庭为保定总督。不久由于他同杨嗣昌等人矛盾激化，耽心祸及，便自称耳朵聋得连大炮声都听不见，请求解任。崇祯帝发觉他假报病情，一怒之下，把他关进监狱。崇祯十五年汪乔年兵败身死，朱由检想起他过去在陕西镇压农民起义相当卖力，又再次起用。召对时问他需要多少兵？孙传庭在班房里蹲了三年，对外面的情况不了解，以为起义军的力量还同当年一样，随口回答有五千精兵就够了。朱由检大喜，正式任命他为陕西三边总督。孙传庭接任以后才发觉，世事的变化早已超出他的预料，立即上疏说“非练兵二万，饷百万不可。”朱由检认为他出尔反尔，在奏疏上批示道：“原议练兵五千可以破贼，何以取盈二万？且百万之饷安能即济？但得饷一月，便当卷甲出关，共图歼荡，不得过执取咎。”孙传庭无可奈何，在诛杀总兵贺人龙整饬军纪后，就加紧练兵，准备以三边兵力出关同义军决战。这时，开封已经岌岌可危，崇祯皇帝急不可耐，下诏以巡按御史苏京监延绥、宁夏、甘肃、固原四镇兵，催促孙传庭出关。孙传庭上疏说兵是新募来的，缺乏训练，不能打仗。朱由检拒绝考虑他的意见。孙传庭被迫出师，于是年九月以总兵高杰为中军，另调总兵左勷、白广恩、郑嘉栋、牛成虎等部大举出潼关。途中得到开封已经陷没的消息，就领兵向南阳进发。李自成和罗汝才带着义军西向迎敌。十月初一日，两军在郏县地区大战。战前，孙传庭命总兵郑嘉栋、高杰、左勷等部设下埋伏，由总兵牛成虎领兵出战。兵刃既接，牛部伪装战败向后撤退。李自成部义军中计追入伏中，官军伏兵尽起，牛成虎部也回头死斗。义军大败，向东撤走。官军在后面紧追，见起义军丢下的甲仗物资很多，纷纷争着抢东西。罗汝才部义军当时驻扎在名叫香山的地方，望见李自成部失利，官军争夺财物乱成一团，就抓住战机出击。官兵措手不及，左勷、萧慎鼎部首先溃败，他部也立脚不住跟着逃窜。义军转败为胜，杀官军士卒数千名，将校七十八人，夺得大批战马。孙传庭收拾败军退入潼关，把萧慎鼎斩首示众。左勷因为是宿将左光先的儿子，只罚他赔偿两千匹战马抵罪。孙传庭上疏自劾，朱由检无可奈何，只好责成他立功自赎。
陕西官军退入潼关以后，义军乘势收复河南州县，十月二十五日再次占领洛阳。至此，黄河以南河南境内的官军，就只剩下据守在明崇王封地——汝宁府的保定总督杨文岳部了。