明廷任命卢象升为五省军务总理时，曾指望通过东西夹剿迅速平定农民起义，为此立下了六个月内“完局”的限令。到崇祯九年春，限期快过完了，农民起义虽然遭到一些挫折，但总的形势是双方互有胜负。官军疲于奔命而农民起义仍然方兴未艾。朱由检不禁焦急起来，先后发布了加紧剿杀和招抚“胁从”的诏令，企图双管齐下，一举扑灭农民起义。三月，他“谕兵部：勒总理卢象升及河南、陕西、郧阳各巡抚尅期剿寇军令状”，对任事诸臣施加压力，暗示如果不能按期平“寇”，将难逃朝廷大法。五月，他又装出一副悲天悯人的样子，发布了所谓“大赦山陕胁从群盗”的诏书，其中说：
“朕仰承天道，俯御万方，念此军民，谁非赤子？止因官贪吏狡，年岁凶荒，以致饥寒所迫，甘作非为。一二无知，渐至胁从遂众。数年来无辜被僇，不知其几矣。朕痛心恻念，寝食靡宁。……为此再颁赦书，遣官驰谕，所在抚按大书榜示，从俗开导。如有悔罪投诚，弃邪归正，即称救回难民，逐一查明籍贯，在本地者编入保甲，在各省者分遣护归，旧业清还，多方抚卹，使安井里之乐，永消反侧之心。……如有执迷不悟，怙终罔悛，彼既自外生成，岂得复容覆载？督、抚饬厉将士，合力夹剿，务尽绝根株，无滋余孽。呜呼，抚顺剿逆，朝廷法实无私；出死入生，若辈不可失算。诏布遐迩，咸使闻知。”
这一诏书虽然说了不少动听的话，但并没有什么实际意义。奉命赍诏前往招抚的兵部职方司员外郎包凤起，在奏疏中就提出需要解决安插之地，需要赈贷“牛种诸费”，还要有“专心料理之人”，才可以做到“可居可耕，新附乐业”。朝廷既然除了一纸诏书之外什么也不给，所谓解散“胁从”也就成了一句空话。下面我们将看到，朱由检颁布的这道大赦诏书，除了对少数动摇分子有一定的引诱作用以外，并没有能够阻止农民起义的继续发展。
高迎祥在明末农民战争的前期，是一位名声卓著的领袖人物。他领导的那支起义军长期转战于陕西、宁夏、甘肃、山西、河南、安徽等地，许多力量较小的起义军都曾同他联合作战，有力地打乱了明王朝的统治秩序。由于他领导的起义军实力最强，故被朝廷视之若眼中钉，必欲除之而后快。明兵科都给事中常自裕曾向朝廷献策道：“贼渠九十人，闯王为最强，其下多降丁、甲仗精整，步伍不乱，非他鼠窃比。宜合天下之力，悬重购必得其首。第获闯，余贼不足平。”崇祯八年，卢象升在疏中也特别指出：“闯王又第一称强，谁能当者？豫楚必将鼎沸矣。”于是，一场以围歼高迎祥部为主要目标的反革命军事行动开始了。九年五月，卢象升部官军齐集于豫西洛阳一带，堵住农民军由陕西折回中原的路，陕西巡抚孙传庭和三边总督洪承畴部官军，则充当围剿高迎祥部的主力。
高迎祥由于在江淮地区作战不利，于九年二月率部西返河南，一度屯聚在登封、鲁山、南召山中。不久，会合闯塌天、蝎子块部转入陕西兴安、汉中地区。七月十五日，高迎祥领着部队从盩厔（今周至）县黑水峪出屯仙游寺。孙传庭和洪承畴所部官军也跟踪而来，分别在十六日和十七日进抵周至，双方展开了激烈的战斗。义军初战告捷，击败参将李遇春部官军。洪承畴见形势不妙，就施出招降的一手，对义军进行分化。义军中的不稳定分子乾公鸡张二、一斗谷黄龙等竟私下向官军贺人龙接洽投降。在马召原的战斗中，他们利用雨后大雾，高迎祥下马张弓射敌之机，偷着把高迎祥的坐骑和部卒向南拉走。等到高迎祥发现这一阴谋时已经来不及了，只好脱下甲胄隐蔽在草丛里，不幸被官军俘虏。
高迎祥被擒的消息使明廷大为振奋，朱由检得意之极，令把高迎祥押解来京献俘，要陕西当局“择的当员役，沿途拨兵严防，毋致疏虞。”这位为明末农民革命事业作出了重大贡献的英雄人物终于在北京被害。
高迎祥的被俘牺牲，对于当时在陕西作战的义军是一个重大的打击。有的首领人物竟因此而对斗争前途悲观失望，走上了乞抚投降的歧路。这年九月初，义军的两位著名首领张妙手（即张文耀）、蝎子块（即拓养坤）由徽州和秦州（今甘肃省徽县和天水市）到凤翔，向明陕西当局乞求招安。陕西巡抚孙传庭“亲诣面谕，两渠搏颡感泣。”张妙手当场就率部投降，蝎子块在次年三月也“遣散夥党，亲率头目十二人至会城乞降”。后来，蝎子块因代他求抚的明总兵张全昌被朝廷逮捕问罪，心怀疑惧，在崇祯十年十月于陕西华阴地方拉起队伍向西进发，被孙传庭布置降丁武大定杀死。