在大部分起义军渡河进入山西以后，陕西的农民起义并没有消沉下去，有好几支起义军仍然在当地坚持斗争。崇祯四年九月，神一魁重新起义，占领了宁塞县城。不久发生内乱，神一魁被部将黄友才等杀死。十一月，谭雄部起义军两次攻入安塞县。明陕西总督洪承畴派副总兵曹文诏围攻宁塞的黄友才部，自己带着副总兵李卑会合总兵王承恩往攻安塞。这时，一座城、一朵云、薛红旗等率起义军三千多人，从鱼河川（在榆林县境）出发，突然进抵安定城下。“城中贫民恨富人”，为之内应，起义军遂克安定。明总兵王承恩到达安塞后，诱杀谭雄等五人，移兵进攻安定，起义军被迫撤走。与此同时，混天猴部义军攻克甘泉县，夺得饷银十万八千两，处死知县郭永图。河西兵备道张允登也被击毙。接着，这支起义军又攻克葭州，兵备道郭景嵩毙命。陕西总督洪承畴急忙檄调曹文诏、张全昌部合剿。五年正月，混天猴派部卒伪装米商进入宜君县，乘夜里应外合夺取了县城。接着又占领了保安、合水二县。
这个时候，原属神一魁部下的郝临庵、刘六（刘道江）、可天飞等部也在甘肃庆阳、环县一带重新起义，四出攻击，一时活跃得很。崇祯四年十二月，黄友才和刘五、郝临庵、可天飞等部围攻环县，明署县印同知赵应兰惊惶无措，自缢身死。洪承畴调甘肃总兵杨嘉谟、宁夏总兵贺虎臣来救。黄友才被官军火铳击死，可天飞和郝临庵率领部众撤往甘肃环县以北，地名东川、西川的高山深涧地带。崇祯五年二月，可天飞、郝临庵又围攻庆阳府城。洪承畴派临洮总兵曹文诏领兵来救。三月十三日，曹文诏和甘肃总兵杨嘉谟，同起义军作战于西壕，起义军大败，牺牲了一千多人。四月，不沾泥张存孟在西川设立十七哨六十四寨，领兵进攻米脂、葭州。明延绥巡抚张福臻、陕西总兵王承恩等统马、步兵三千与洪承畴会合，向起义军发起猛攻。不沾泥战败，和刘民悦一起被官军俘斩于绥德。七月，混天猴也被明军马科部击杀于延水关。
官军依仗优势兵力，屡次击败留在陕西的起义军。总督洪承畴、陕西巡抚练国事、巡按御史金兰等即抓紧时机，部署对起义军设在铁角城一带的基地（今甘肃环县北）进行围剿。铁角城山高沟深，形势险要，历来是官府统治薄弱的地方。郝临庵、可天飞等部长期在这里“分地耕牧”，“为持久计”。崇祯五年八月，洪承畴一面调集大军进剿，一面派出间谍“借招抚为名，前赴各贼营，授以密计，与以重赏，潜行反间，令其以贼杀贼。”农民军势不能敌，一些动摇分子纷纷投降。其中如白广恩率部投降后，立即充当了明政府镇压农民起义的刽子手。他领着官军直奔起义军首领可天飞（何崇谓）的营地何家老寨，可天飞不幸阵亡。叛徒白广恩用起义农民的鲜血，换得了自己的加官晋级，后来一直升到总兵，明亡前夕朱由检还授予他荡寇将军的称号。十月，新任延绥巡抚陈奇瑜派总兵王承恩，往剿一座城、薛红旗部起义军。一座城被叛徒乔六郎所杀，薛红旗和一字王（拓先灵）也在骨都寺为明靖边兵备道戴君恩击杀。十一月，曹文诏等部官军追剿郝临庵、独行狼部于陕西耀州锥子山，起义军败北，撤入凤凰山。监军道樊一蘅见山险难攻，派间谍进入起义军中，引诱不稳定分子杀害郝临庵、独行狼，拿着他们的首级向官军投降。这时，洪承畴以为大势已定，就食言自肥，从投降人员中拉出四百名所谓“狰狞慓悍者”惨加杀害，充分暴露了反动统治者的阴险狡猾。至此，在陕西坚持斗争的各支起义军，基本被明政府血腥镇压下去。据明巡按御史范复粹崇祯六年的奏报，陕西起义军在作战中被杀的有三万六千六百多人。至于一般群众遭到官军杀戮蹂躏的更是不计其数。
陕西的农民起义一时沉寂了下去，而进入山西的起义军却越战越强。他们象决堤的洪水一样，冲入明帝国的腹心地区，把农民革命逐渐推向高潮。