光绪死后，远在海外的康有为散布消息说光绪是袁世凯害死的，他接连发出《光绪帝上宾请讨贼哀启》和《讨袁檄文》，指责袁世凯是谋害光绪帝的头号凶手，请求载沣惩治袁世凯。
载沣虽然不相信光绪是袁世凯害死的，但他确实有惩治袁世凯的意思，袁世凯重兵在握，对清廷已经形成了尾大不掉的威胁。如果任其发展下去的话，将来清廷势必受制于袁世凯。而且载沣很清楚，袁世凯一路鼓吹君主立宪，就是想搞垮清政府。
载沣摄政后，首先冷落袁世凯，重用张之洞。
不久，就有人站出来说袁世凯是个奸诈小人，让载沣惩治他。御史赵炳麟借机上疏，说袁世凯是曹操刘裕之流，不仅结党营私，而且把持军权，如果不拿掉他，势必危及大清江山。
至于朝廷的一些元老更是主张杀掉袁世凯以绝后患，载沣确实动了杀害袁世凯的念头。
奕劻听说载沣想杀掉袁世凯，立即找到载沣，愤怒地说：“你要杀袁世凯不难，但是你有没有想过，杀了袁世凯之后，北洋军造反你能镇压得了吗？”
奕劻这一说，就把载沣吓清醒了，载沣只好放弃干掉袁世凯的想法。不光奕劻不同意杀掉袁世凯，朝中一些元老也不同意，譬如张之洞，他认为新君继位，维持稳定为第一要事，现在杀掉袁世凯势必会引起国内政局的动荡，到时候遭难的还是大清，还是天下的百姓。
袁世凯侥幸逃过一劫，不过他很清楚，自己现在是载沣的眼中钉，迟早他会除掉自己。鳌拜和肃顺的例子就在眼前，这段时间，袁世凯被吓坏了，呆在府里不敢出门。后来想来想去，还是三十六计走为上策。
一天晚上，袁世凯狼狈不堪地换上普通人的衣裳，惶恐不安地离开了北京。回到天津后还觉得不踏实，想偷渡到日本去。他的门生杨士骧知道此事，让自己的儿子杨毓瑛去找袁世凯，转达自己的意思：这时候千万不能逃到日本，如果逃到日本的话就等于是叛国，说明自己底气不足，于今之计，最好的就是立即返回北京，以不变应万变，你本来就没有犯罪，应该理直气壮地待在北京。
袁世凯终于被说服了，又偷偷地跑回了北京。到了北京后，载沣给他下了一道圣旨，这道圣旨很有意思，以溥仪的名义发布：军机大臣袁世凯为国家出力很多，是国家的栋梁，朕继位以后很希望袁世凯继续为国家效力，可惜袁世凯患上了足疾，行走十分困难，不能继续为国效力，所以朕特许他回家养老，以示朝廷对大臣的体恤之情。
收到圣旨时，袁世凯大汗淋漓，他很担心载沣会宰了自己，现在知道性命无忧，总算心里一块石头落地。虽然职务全丢，但终究保住了一条性命，袁世凯还是觉得庆幸。