1908年11月14日，光绪帝驾崩于中南海瀛台的涵元殿，这位多灾多难的皇帝终于结束了自己悲催的一生。
然而，他的死至今仍是一个悬念，他究竟是自然死亡，还是被人谋杀，一直以来众说纷纭。事实上，光绪自被囚禁于瀛台，就一直过着生不如死的生活。光绪是个尊严感很强的皇帝，也是一个有大志的皇帝，过着囚犯的生活，其心情之压抑我们可以想象。
十几年生活在一座孤岛上，光绪曾多次感叹自己还不如汉献帝。光绪知道，自己虽然名义上是个皇帝，但性命随时不保，一旦慈禧不需要自己，就可以直接把自己抹掉。光绪是慈禧的政敌，这就是为什么有人怀疑光绪是被人谋害的。慈禧晚年，感到来日无多，很担心光绪复出，重操大权。只要光绪掌权，慈禧在地下都不安稳，为何？
因为慈禧生前一再迫害光绪，她担心自己死后，光绪会怠慢自己，会像伍子胥和顺治那样“鞭尸”。恰好光绪死后二十四小时，慈禧也驾崩了，所以人们有理由怀疑，慈禧在知道自己来日无多后，先让人下手毒死了光绪。
也有人认为光绪是正常死亡，我们来看看这个观点。
在清朝的正史中记载光绪是正常死亡，内容不外是光绪生病了，而且病入膏肓，御医治不好。这种看法貌似有道理，因为光绪从小身体就不好，长大后也是多病，加上心情抑郁，早逝的概率确实很大。
根据清宫档案的记载，光绪的病状主要是虚痨病，外加精神抑郁，导致五脏六腑都受损，阴阳两虚，气血双亏，最终神离魄散而死。用现代的医学观点就是，光绪有肺结核和心肺功能衰竭之病。
持有这种观点的人主要是依据清宫史料的记载，正史从来是不可尽信的，但又不能完全不信，所以才需要后人辨析。光绪有病是真，但光绪诊治的整个过程都是由慈禧监控的。慈禧让奕劻负责为光绪治病，所以任何医生如果没有得到奕劻的批准是不能进入瀛台的。这就意味着光绪的生死操纵在慈禧的手中，慈禧如果想伪造病情只是举手之劳。
持谋杀观点的人，在凶手问题上有许多分歧。
有人认为杀害光绪的凶手是袁世凯，溥仪在自传《我的前半生》中提到，戊戌变法时，袁世凯辜负了光绪的信任，在关键时候倒向了慈禧。袁世凯担心慈禧死后，光绪掌权，自己会受到追惩，所以动手除掉了光绪。在光绪驾崩的前一天，袁世凯派人送来了药丸。光绪恨袁世凯可能是事实，但当时袁世凯也没有更好的办法。
还有人说光绪临终前嘱托隆裕太后和载沣，让他们除掉袁世凯，为自己报仇。尽管袁世凯有作案动机，而且跟奕劻的关系铁，确实也有杀掉光绪的能力。但这个说法缺乏证据，溥仪的说法也是从一个老太监口中得知的，老太监也是听别人说的，口口相传的东西往往不可信。
也有人认为谋害光绪的是李莲英。
李莲英跟光绪的矛盾由来已久，慈禧重病之后，李莲英惶恐不安，便同慈禧合谋害死了光绪。慈禧的女官德龄便持有这种看法，她在书中写道：“万恶的李莲英眼看太后的寿命已不久，便暗自着急起来。他想与其让光绪掌了权来跟自己算账，不如还是自己先下手为好。经过几度的筹思，他的毒计便决定了。‘近来奴才听许多人说，万岁爷的身子很不好。’凑着一个机会，他就悄悄地对太后说，语气是非常的奸猾。‘奴才愿意去瞧瞧看，或者可以使他的身体好起来。’他这一串说话的深意，当时太后究竟有没有听清楚，实在没有人敢断定了。但为稍存忠厚起见，我们不妨姑且说她病中精神恍惚，所以没有窥测到李莲英的真意。就在李莲英说过这番话的第二天，光绪便好端端地害起了厉害的病来了。”
德龄女士的文字非常不客观，太多渲染和主观臆断。虽然她的话不足为信，但李莲英确实是有嫌疑的，李莲英肯定与光绪有矛盾。英国人濮兰德和白克好司在《慈禧外纪》中也认为是李莲英害死了光绪。这种观点仍然缺乏充足的证据。
第三种观点认为谋杀光绪的人是崔玉贵。
崔玉贵也是慈禧非常宠信的一个太监，谋杀珍妃的就是他。本来想处死珍妃的是慈禧，但慈禧回京后却把一切责任推到崔玉贵的身上，说崔玉贵误解了自己的意思，自作主张处死了珍妃。试想，慈禧死后光绪上台，会不会宰了崔玉贵。如果不除掉光绪，崔玉贵就是必死了，所以崔玉贵很有作案动机，但是缺乏的仍然是证据。
第四种观点认为杀死光绪的是奕劻。
持有这种观点的人是晚清翰林院庶吉士胡思敬，他在《国闻备乘》中讲了这样一件事：奕劻推荐郎中力钧进宫给光绪治病，力钧给光绪进献了一副药剂，光绪吃后狂泻不止。第二天，力钧再进去，光绪怒目而视，后来，力钧再也不敢去了。这个传闻是真是假无法验证，即使是真的，也不能完全断定杀害光绪的人是奕劻。
第五种观点认为杀害光绪的凶手就是慈禧。
恽毓鼎在《崇陵传信录》中记载过这样的事情：得知慈禧病了，光绪面有喜色；慈禧听说了这件事，大怒：“我不能死在你前头。”
换句话说，慈禧担心自己死后政权落入光绪手中，怕光绪推翻自己制造的种种冤案，更怕光绪在史书中抹黑自己，所以下手毒死了光绪。
事实上，光绪在囚禁瀛台的日子里，仍然没有放弃学习。他每天都在阅读中国古典书籍和西方的一些书籍，甚至还每天跟德龄女士学习一个小时的英文，询问西方国家的政治制度和风土人情。德龄如此回忆当年光绪向自己求学的事情：
每早见皇帝，当余有暇时光绪必问英文，所知甚多。余见皇帝，极有趣味。在太后面前，面容肃默，或有时如一呆子。若离开时，竟然又是一人。
在中国第一历史档案馆里还保存着光绪当年索要图书的书单，从中可以看出，光绪求学的欲望丝毫未减。这说明，光绪对未来还是存有希望的，他现在只不过是韬光养晦，指望有天慈禧死后，自己能够重掌朝政。听说慈禧病重，光绪心里肯定是高兴的，他万万没想到，政治太险恶了，一个表情不对就可能有性命之忧。
清宫太监在回忆录《清宫琐谈》中有这样的记载：“光绪本无大碍，诸医开方借以平和之剂为药，然而，太监们在光绪死前已得到光绪驾崩的消息。当时在瀛台侍疾者共六名，其中两人饿死，剩下几人食不果腹，‘因饿失血者又凡三人’。光绪死前，在床上召唤医生周某，他两眼瞪大，四次用手指指口，周某知帝饿极，但实在是没有吃的，就连他本人也三天未进食了。后来，光绪帝渐无声息了。不久，醇亲王入见，周报告说皇帝已去世，醇亲王用镜子试皇帝鼻息，确信其已死亡，于是匆匆而去。一会儿，皇后赶来探视，随后便把皇帝驾崩的消息公之于众。”
著名金石学家、教育家启功先生的曾祖溥良当时担任礼部尚书，是主管礼仪的最高官员。根据溥良的回忆，慈禧临终前，他就守候在慈禧的寝宫外面。在宣布慈禧驾崩前，溥良看到一个太监端着一个碗出来，溥良问是什么。太监回答说是老佛爷赏给万岁爷的酸奶。光绪服下了这碗酸奶就驾崩了。
光绪之死可以说疑云重重，众说纷纭，有一点是无法否认的，光绪确实死得太突然了。没有人想到光绪会突然死去，大家都不知道该怎么办，甚至不知道应该把皇帝葬在哪里。大家只好暂时把光绪的遗体停在梁各庄行宫，一个月后，才为光绪选好陵址，开始修建陵墓。到民国四年（1915年）时，光绪才正式下葬崇陵。此时，距离他去世已经有七年了。
为了解开光绪暴死谜案，考古学家联合中央电视台、中国原子能科学研究院、北京市公安局法医检验中心、清西陵文物管理处等机构组成了专题组，经过五年多时间的研究和实验，用先进的科学技术来探寻光绪死亡之谜。
最后得出结论，光绪死于砒霜中毒。但是究竟是谁下的毒，仍然是一个谜。