亚历山大里亚的动乱平息后，阿塔纳修斯的竞争对手因素行不良而垮台，阿塔纳修斯便在人民的欢呼声中登上宝座（公元362年2月21日）。大主教的宗教热情因谨言慎行而受到约束，在行使权力时，难免倾向于在观念上和人民取得谅解，而非激起他们的对立情绪。他在教会的工作不仅限于狭窄的埃及境内，活跃而博学的头脑挂念的是整个基督教世界的状况。而且阿塔纳修斯的年龄、品德和声望，都使他在基督教危急存亡的时刻，能够担负起身为教会独裁官的重任。从西部多数派主教出于无知或无奈在里米尼宣言上签字起，到现在还不过3年的时间，他们对正统教会的弟兄不分时机的严厉做法，不仅感到懊恼，相信也必然会心怀恐惧。如果这些主教的傲气胜过信仰，或许会投入阿里乌斯派的怀抱，避免受到当众悔过认罪的屈辱，使自己降到世俗下等人的地位。基督教内部因圣格的结合与分离所引起的纷争，在正统基督教会学者之间愈演愈烈。这个形而上学的争论正在逐步扩大，将使希腊教会和拉丁教会公开形成永久的分裂。为此基督教特别召开了一次宗教会议（非常明智地使用阿塔纳修斯的名义，而且他也亲自参加了，因而具有宗教大会的权威性），会议规定了所有一时误入歧途的主教，只要在尼西亚信条上签名，无须正式承认过去的错误，也不会对他们原来所持的学术意见加以深究，便可以恢复教内的活动。埃及大主教的建议早已使高卢、西班牙、意大利和希腊的教士在心理上对接受这种正面的措施有所准备。同时，尽管还有一些强硬派坚决反对，但对于共同敌人的恐惧，却增进了基督教内部的和平与妥协。
埃及大主教凭着高明的手段和持续的努力，在皇帝带有敌意的诏书对局势进行干预以前，已设法使和平的局面更为稳定。厌恶基督徒的尤里安把发自内心的憎恨全加在阿塔纳修斯的头上。尤里安为了主教的缘故，任意实施差别待遇，至少在精神上与过去发布的宣言相抵触。他坚持认为虽然他曾下令从流放地召回加利利人，但是有一点要求，就是不能依靠普遍的宽恕而全面恢复原来在教会的领导职位。一个曾由多位皇帝判刑的罪犯，竟敢无视法律的尊严，不等得到君主的命令，就擅自登上亚历山大里亚大主教的宝座。尤里安对这种狂妄的行为感到震惊，再次将阿塔纳修斯逐出该城（公元362年10月23日），作为对莫须有罪行的惩罚。他自认合乎正义的举动必然会得到虔诚的臣民的拥护，心中感到极为欣慰。然而，民众接连提出的强烈要求很快让他明白，亚历山大里亚大部分民众都是基督徒，坚决要和受尽苦难的大主教紧密联系在一起。但是尤里安虽然明了真相，却并没有收回成命，反而变本加厉把流放阿塔纳修斯的命令扩大到适用于整个埃及的基督徒和教士身上。广大民众的宗教热情使得尤里安更要坚持到底，他已经提高警觉，如果让一位敢作敢为并深得人心的领袖，出来领导一个已经十分混乱的城市，可能会产生很大的危险。从他那些愤怒的言辞中，不难看出他对阿塔纳修斯的勇气和能力极为忌惮。埃及行政长官埃克狄乌斯基于谨慎，也可能出于疏忽，对皇帝的命令拖延不予处理，直至遭受严厉的斥责后才打起精神来办理。尤里安说道：
尽管你对其他一些问题没有写报告给我，至少你有责任告诉我，对于处理神明的敌人阿塔纳修斯，你有什么看法。我早已把我的意图告诉过你。现在我用塞拉皮斯之名发誓，如果阿塔纳修斯在12月还没有离开亚历山大里亚，不，要是还没有离开埃及，我将对你的政府官员罚款100磅黄金。我的脾气你很清楚，我不轻易责备人，但是更不会轻易饶恕人。
为强调问题的严重，这信的后面还加上皇帝亲笔写的附言：
这种对神明侮慢的态度使我非常悲伤和气愤，没有什么事能比听到阿塔纳修斯被赶出埃及，更能使我感到欣慰。这个讨厌的坏蛋，在我的统治下有几位地位很高的希腊贵夫人接受洗礼，这都是他进行宗教迫害造成的结果。
他没有下达明确的命令将阿塔纳修斯处死，但埃及行政长官很清楚，执行这位盛怒君主的命令时，超过标准比不及标准对自己来说要安全得多。大主教谨慎地隐退到沙漠修道院里去，靠着一贯的机智行动，巧妙避开敌人设下的陷阱，继续活下去直到获得最后的胜利。皇帝在生前曾用令人胆寒的语言宣称，他认为所有加利利派的毒箭都集于阿塔纳修斯一身。
我在此要忠实叙述尤里安试图玩弄权术，使自己摆脱宗教迫害的指责或恶名，却依旧能收到实际效果。一位贤君的心灵和意识，竟受到置敌手于死地而后已的疯狂情绪毒害。那么我们也必须承认，基督徒遭受的真正的苦难，完全是人类的激情和宗教的狂热所造成。最早传播福音的门徒具有驯良和恭顺的美德，对于他们的继承人而言，只是值得颂扬的目标，并非愿意仿效的模范。基督徒掌管帝国行政部门和教会机构长达40余年，他们沾染上了功成名就的傲慢恶习，并深信只有圣徒才有资格统治世界。怀有敌意的尤里安决定剥夺君士坦丁仁慈慷慨地给予一些教士的特权，他们便大呼自己受到了迫害；而对崇拜偶像者和异端制造者的广泛宽容，却被正统基督教教派看作是可悲的、不能容忍的事。
行政官员虽不纵容暴力活动，但带有宗教狂热的人民还是照样施为。佩西努斯的西布莉的祭坛，几乎是在皇帝面前被推翻。异教徒在卡帕多细亚的恺撒里亚仅剩下几处作为祭典的场所，命运女神的殿堂被愤怒的群众在骚乱中捣毁。在这种情况下，一位关心神明荣誉的皇帝还是不愿干预正常的司法程序。当他发现理应被当作纵火犯惩罚的宗教狂热分子，却享有殉教者的尊荣时，实在难以忍受。尤里安统治下的基督教臣民，非常清楚君王存心和他们为敌。他们免不了要担心，不论出现任何情况，政府都可以将之当成对他们不满和怀疑的理由。在正常司法活动中，基督徒占有很大的人口比例，自然有人被判刑。但同教的弟兄对问题的是非曲直不加深究，只是一味要求更为宽容的处理，认定他们无罪，承认他们额外的要求，把法官的严判说成是恶毒偏见和宗教迫害。这些目前看来已经难以忍受的困苦，偏被说成一场大灾难来临前的小小序曲。
基督徒把尤里安看成凶残而狡猾的暴君，说他即将进行的报复行动，等到从波斯战场胜利归来后再开始动手。他们猜想一旦他打败罗马的外敌得以凯旋，就会抛弃那厌烦的伪装面具。隐士和主教将使得大竞技场血流成河，那些仍然公开坚持自己信仰的基督徒，将被剥夺一切人身自由和社会权利。一切可以用来损害背教者名声的流言恶语，被充满恐惧和憎恨的反对者到处传播，听者全都信以为真。他们轻率的喧闹完全激怒了一位从原则上来讲应该受到他们尊敬、从利益上讲他们应讨好的君王。他们仍旧公开叫嚣，要把祈祷和眼泪当武器反对暴君，为伸张正义将他的头颅交给震怒的上天去处置。但他们同时怀着怨恨的决心不断暗示，他们的顺从已不再是懦弱的表现。在人类品格不够完善的情况下，依据生存原则而产生的耐心，会在长期的迫害中消耗殆尽。我们无法断定，尤里安的宗教狂热会在何种状况下超越理性和仁慈，但只要认真考量基督教会强大的精神力量，就必然深深相信，不等这位皇帝能够完全消灭基督教，帝国已经陷入可怕的内战。