亚历山大里亚大主教提奥菲卢斯在背后操控教会的阴谋活动，他是一个活动积极而又喜爱权术的高阶教士，不断夸耀自己巧取豪夺的丰硕成果。君士坦丁堡的地位不断提高，使得亚历山大里亚在基督世界从排名第二降到第三，因而产生民族敌视情绪，在他与克利索斯托的争吵中更形加剧。提奥菲卢斯受到皇后的私人邀请，在君士坦丁堡登岸时带着一大批强健的埃及船员，要是遭遇到群众的拒止可以壮大声势。还有一群主教追随在旁，用来确保宗教会议获得多数的表决。宗教会议在卡尔西顿郊区称为橡树园的地方举行（403 A.D.），鲁菲努斯在此建造了一所庄严宏伟的教堂和修道院，议程一共进行了14天。一个主教和一个辅祭公开指控君士坦丁堡大主教，提出47项无关紧要而且捕风捉影的反对意见，听来像是立场公正而且无须辩驳的颂扬。会议接着四次指名召唤克利索斯托到会，他仍旧加以拒绝，认为自己要是落在势不两立的敌人手中，个人和名誉都无安全可言。于是提奥菲卢斯这批敌人，很机智地避开了具体的指控，转而谴责他态度傲慢拒不服从教会的命令，很仓促地公开宣判免去他的职务。橡树园会议立即咨文呈报皇帝，请求批准和执行他们的判决，同时暗示，这个胆大包天的传教士曾经辱骂优多克西娅皇后是耶洗别，完全可以治以叛国罪。大主教不容辩驳罪状就遭到逮捕，在一个皇家公差押解下穿过城市，经过很短的一段航程到达黑海入海口上岸，不过两天工夫就被光荣召唤地回去。
君士坦丁堡的人民都忠于克利索斯托大主教，开始时只是对大主教的免职感到十分惊异，表示出沉默的抗议，突然之间全城一致爆发不可抗拒的狂怒。提奥菲卢斯赶快逃走，但是那群僧侣和埃及船员组成的乌合之众，被毫无恻隐之心的民众杀死在君士坦丁堡街头。接着发生的一场地震说明天意，暴乱的人潮冲向皇宫的大门，皇后感到恐惧和悔恨，跪倒在阿尔卡狄乌斯脚前，承认只有恢复克利索斯托的职位，才能换取公众的安宁。博斯普鲁斯海峡布满数不尽的船只，欧洲和亚洲的海岸到处张灯结彩，从港口一直到主座教堂，大主教在人民的胜利欢呼声中凯旋。他不等另一次宗教会议行使职权，合法修正原来错误的判决，就很轻易地同意了恢复原来的职务。克利索斯托完全忽略了对手的实力，根本不在意悬在头上的危险，还是任由宗教的热情和愤怒的个性一意孤行，特别是对妇女的罪恶提出了严苛的控诉，几乎等于是在圣索菲亚教堂里对着皇后的雕像，宣告她那些亵渎神明的作为。他那极为不谨的言行使敌人得以向优多克西娅报告，或是故意捏造著名讲道辞的开头一段话，让个性倨傲的皇后大为光火：“希罗底又在发怒!希罗底又在跳舞!她又在要约翰的头颅。”对于一个女人，同时是一个统治者的人来说，这根本不可能获得她的饶恕。
皇后在很短一段时间内装出一副休战的态度，其实只是为了商议出最有效的办法，使大主教在受尽羞辱后绝灭。人数众多的东部高级教士代表大会在提奥菲卢斯的遥控之下，经过他的指使和授意，丝毫不能保持公正的立场，他们肯定了上次的判决完全合法有效。一支蛮族分遣部队开进城市，用来镇压人民的反抗情绪。在复活节前夕的守夜大典中，庄严的洗礼被士兵的粗暴行为所中断，赤身裸体的入教会众感到羞怯而惊慌不已，基督教的神秘施洗仪式因外人的闯入而受到破坏。阿尔萨修斯占领圣索菲亚教堂和大主教的宝座，正统基督徒只有撤退到君士坦丁堡几个浴场，后来离开城市去到野外，仍然受到警卫、主教和官员的追捕和凌辱。在克利索斯托第二次也是最后遭到放逐的苦难日子（公元404年6月20日），主座教堂、元老院大厅和邻近的建筑物燃起一场大火。一般人认为这场灾难的发生，是受迫害的教派在绝望下的反抗行动，虽无实据却有此可能。
设若西塞罗自愿放逐以维持共和国和平，一定会被认为功在社稷，但克利索斯托的降服，却是身为基督徒和臣民无可规避的责任。心存报复之念的皇后不愿接受他卑躬屈膝的请求，拒绝让他到西济库斯或尼柯米底亚去定居，坚持要以小亚美尼亚遥远而荒凉的库库苏斯为放逐地。那个市镇位于塔鲁斯山区的一条山脊上，她暗地里怀有恶毒的念头，大主教在炎热的夏季穿越小亚细亚几个行省，一共有70天艰难而危险的行程，会遭到伊索里亚人的攻击。他们对僧侣抱着无法化解的仇恨，处于这种内外交迫的威胁下，必将置克利索斯托于死地。然而他最终还是安全到达了拘禁地点，在库库苏斯和附近的阿拉比苏斯度过了3年，这是他一生中最光辉灿烂的日子。他的品格因未居高位和受到迫害而被神化，人们不记得他在职时的缺失，异口同声推崇他的才华和德行。整个基督教世界都用尊敬的眼光注视着塔鲁斯山区那块寂静的沙漠。大主教受到不幸遭遇的刺激使得心灵更为活跃，在隔绝的环境与最遥远的行省保持着严肃而密切的通信。对于分散在各地的会众及忠实的追随者，他教诲他们要坚持自己的信念，催促他们拆除腓尼基的庙宇，根绝塞浦路斯岛的异端，扩展教区工作，向波斯和西徐亚传播福音。经由他派出的使臣与罗马教皇和霍诺留皇帝进行谈判，从不公正的宗教会议大胆上诉，一直上诉到主张自由权利的全国大会所指定的最高审判法庭。
声名显赫的流犯仍保持独立奔放的心灵，但被监禁的身体却任由压迫者报复。他们滥用阿尔卡狄乌斯的名义和权威，下了一道命令，立即要把克利索斯托从当地迁到皮提乌斯最遥远的沙漠。他的守卫忠实执行无比残酷的迫害，使得他还未抵达黑海的海岸，就在本都的科马纳去世，享年60岁（公元407年9月14日）。后代人士都承认他的清白无辜，赞许他的功业德行。东部的大主教为他们的前任过去曾与克利索斯托为敌而感到无比的羞愧。罗马教皇下定决心恢复死者的名誉，陆续将这批人全部免去圣职。他过世30年以后（公元438年1月27日），在君士坦丁堡教士和人民的恳求下，遗骨从偏僻的墓地被运送到帝国的都城。狄奥多西二世前往卡尔西顿亲自迎灵，以他有罪双亲阿尔卡狄乌斯和优多克西娅的名义，俯伏在棺木上恳求受害的圣徒给予宽恕。