前面提到查士丁尼成为君王、征服者和立法者的各种面貌，但是并未提到他还是一位神学家，或许大家带着成见好像不以为然，事实上他的神学就本人的形象而言，占有非常突出的地位。他的臣民极为尊敬活着或去世的圣徒，国君对于臣民这种心理非常同情，他的《法典》特别在《御法新编》这一部分，全都肯定并扩大教士的特权。凡是僧侣和俗人之间发生任何纠纷，偏袒的法官都倾向于认定，无论是真理、清白和正义都在教会这边。皇帝在公开或私下做礼拜时都很虔诚，足为模范，不管是祈祷、守夜还是斋戒，都像悔罪的僧侣那样严格；他的想象总抱着可以得到神灵的启示的希望或信念；他已经肯定获得圣母和天使长圣米迦勒的保佑；有一次病危康复要归功于殉教圣徒科斯马斯和达米安奇迹般的出现。都城和东部的行省到处装饰着他的宗教纪念物，虽然耗资巨大的建筑大部分是出于他的爱好和炫耀，不过皇家建筑师满怀宗教热忱，可能也基于对上天的恩主抱着敬爱和感激之情。在推崇皇帝的伟大的头衔之中，他认为“虔诚”两字最为悦耳，增进教会在世俗和精神上的利益是他毕生最严肃的工作，作为国家之父的责任通常比不上保护信仰。
当时的各种争论与他的性格和认识都能意气相投，神学教授对于一个外行为了专心于他们的技艺而忽略己身的工作，一定会在暗中加以讪笑。一个大胆的阴谋分子对他的同谋说道：“对这样一个顽固的暴君还有什么好怕的？整夜不睡也没有人保护，只会坐在小房间里跟胡须灰白的老头讨论问题，翻阅那些又厚又重的教会书籍。”苦读不辍的成果在很多会议中表现出来，查士丁尼成为说话有分量而且思虑周详的辩论家，显得光彩夺目，在很多讲道词以及使用诏书和信函的名义，向帝国宣布国君的神学思想。就在蛮族入侵行省，以及胜利的军团在贝利萨留和纳尔塞斯的旗帜下前进时，身为图拉真的继承人不理军营事务，以能领导宗教会议进行征服而感到满足。要是查士丁尼在这些会议上，曾经邀请不怀私心而又富于理性的观众，那么他可能明白下列几个要点：
首先，宗教争论是傲慢和愚昧的产物；其次，最值得赞许而又真实不虚的虔诚，只能靠沉默和顺从来表达；第三，对个人本性毫无所知的人，根本不应妄图探寻神的性质；最后，我们只要知道权柄和仁慈全部归于上帝即可。
宽恕并不是那个时代的美德，要说纵容叛徒，君王更缺少那种雅量。等到皇帝降格成为心胸狭隘、脾气暴躁的争辩者，很容易在被激怒的状况下，运用全部的权势以弥补理论之不足，对于那些故意闭眼不加理会的顽固分子，毫不怜悯施以无情的处罚。查士丁尼的统治虽说一成不变，但还是想出很多不同的迫害办法，在巧立名目和执法从严方面，远胜前代那些懒散的皇帝。他规定所有的异端分子，要在短短的3个月期限内改变原有的信仰，要不然就施以流放的处分。要是他默许这些人勉强留下来，那么在他的铁腕统治之下，他们不仅丧失社会对于个体的所有福利，同时还会被剥夺作为人和基督徒的天赋权利。
在过了400年以后，弗里吉亚的孟他努派仍旧运用圣灵的特殊结构，受到男性和女性使徒的激励，追求完美和预言的宗教狂热情绪。正统教会的教士和士兵接近时，他们异常敏捷地抓住殉教的桂冠。聚会所和会众在烈焰中化为灰烬，即使是在暴君死去300年后，这种最原始的狂热分子却还是没有完全灭绝。受到哥特同盟军的保护，阿里乌斯派在君士坦丁堡的教堂勇敢面对严苛的法律，教士富有奢华的程度可比元老院。查士丁尼贪婪的手所攫取的金银财宝，或许可以说是合法从行省和蛮族获得的战利品。异教的残存人士仍然藏匿在人类生活最高雅和简朴的环境之中，激起基督徒的愤怒情绪，或许是极不愿有局外人成为他们内部争执的见证。有位主教以宗教的检察官而著称于世，经过他的努力工作，很快发现在城市和宫廷里，还有官员、律师、医生和老师坚持希腊的迷信。他们立刻接到严厉的通知，必须立即就愿意惹火朱庇特还是查士丁尼做出选择，再也不可能在冷漠或亵渎的面具后面，用可耻的行为隐藏对福音的反感。仅有佛提乌大公决心要像祖先一样活着或死去，他用短剑一击获得解脱，好让暴君鞭尸示众聊感安慰。他那些意志薄弱的弟兄只有屈服于尘世的君王，他们全部接受洗礼的仪式，尽力用宗教的狂热洗刷偶像崇拜的嫌疑或罪行。荷马的故乡和特洛伊战争的现场，仍然保留他的神话所激起的最后火花，还是那同一位主教的关照，在亚细亚、弗里吉亚、吕底亚和卡里亚，一共发现7万名异教徒都要改信基督教。为了这些新入教者兴建96所教堂，亚麻法衣、《圣经》、金银制的圣餐器具和各种法器，全部由虔诚而慷慨的查士丁尼供应。
早已逐渐被剥夺豁免权的犹太人，现在受到更为困扰的法条的压迫，规定他们必须与基督徒在同一天过复活节。他们可能有抱怨的理由，因为正统基督徒也不同意君王用天文推算的日期。君士坦丁堡的人民把四旬斋的开始日期，比官方的规定日期向后延迟一周，他们很高兴有7天的斋戒，但是皇帝以时间已过为由下令要贩卖肉类。巴勒斯坦的撒玛利亚人是一个混杂的种族，也是一个思想暧昧难以分辨清楚的教派，异教徒把他们看成犹太人加以排挤，犹太人认为他们是宗教的分裂分子，基督徒更把他们当成偶像崇拜者。可厌的十字架早在他们神圣的加里兹姆山竖立起来，但查士丁尼的迫害政策给他们的选择只有受洗或叛变。他们选择拿起武器揭竿而起，在一位奋斗到底的领袖指挥之下，这一个无力自卫的民族竭尽可能，用他们的生命、财产和庙宇作为代价来寻求报复。撒玛利亚人最后还是被东部的正规部队镇压，2万人被杀，还有2万人被阿拉伯人卖给波斯和印度的非基督徒，这一可怜的民族所留下来的残余民众，则不惜改变宗教信仰以洗刷反叛的罪名。估计在撒玛利亚战争中有10万罗马臣民被害，过去繁荣的行省变成赤地千里的荒野。然而在查士丁尼的信条中，残害异教徒不适用谋杀罪，他非常虔诚地努力工作，要用火与剑来建立唯一的基督教信仰。
查士丁尼带着疯狂的宗教情绪，至少有责任要永远保持正确的信仰。在他统治的最初几年，非常热情地表示自己是正统基督教会的门徒和庇主。希腊人与拉丁人重归旧好，使得圣利奥的巨著成为皇帝和帝国的信条。聂斯托利派和优迪克派无论在哪一边，都遭受到双重的迫害行动。在尼斯、君士坦丁堡、以弗所和卡尔西顿分别召开的大公会议，经过立法者批准以后成为正统教义的法典。虽然查士丁尼致力于维护宗教信仰和礼拜仪式的统一，但他的妻子狄奥多拉的虔诚与其恶行可以相提并论，这个时候她还是听从若干一性论教师的训诲，因而教会公开或暗中的敌人，就在仁慈女保护人的微笑中获得恢复和发展。于是，都城、宫廷以及婚姻关系，会因宗教信仰的分歧而产生分裂，然而皇家夫妇的真诚是如此可疑，以至于很多人把他们表面的对立，看成是一种恶意的阴谋，用来对付人民的宗教和幸福。极为出名的争论（532～698 A.D.）只要几行字就可说完，在全书里填满三章的篇幅，便可以充分透露这种微妙和诡诈的精神。
奥利金的躯体到现在为止已经被蛆虫吃掉有300年之久，他认为能先世存在的灵魂已落入创造者的手里。在他的作品中，查士丁尼锐利的眼光发现十多处形而上学的错误，这位原始时代的博学之士，与毕达哥拉斯和柏拉图一起，被教士送进永恒的地狱烈火，而他在过去根本就否认会有此事。以这个先例作为掩饰，对准卡尔西顿的大公会议给予了阴狠的一击。这些神职人员耐心倾听莫普苏埃斯提亚的狄奥多尔所发出的赞许之词，他们公正或纵容的态度使得西拉斯的狄奥多里特和埃德萨的伊巴斯，都能恢复教会领圣体的恩典，但是这几个东部主教的品德都沾染了异端邪说的恶名，这里最前面那位是聂斯托利的老师，其余两位是朋友。他们最可疑的文字曾在“三章”这个大标题之下受到指控，要是谴责他们生前的事迹，必然会涉及一个大公会议的荣誉，它的盛名无论受到真诚还是虚假的尊敬，早已传遍整个正统基督教的世界。
不管这些主教是清白还是有罪，如果他们在死亡的沉睡中被彻底消灭，那便不会在100年以后被他们坟头上的喧闹吵醒。要是他们已落入魔鬼的毒牙之中，任何人的努力也无法减轻或加重他们的痛苦。要是他们已经与圣徒和天使为伍，享受虔诚的报酬，那么对于那些表现出无能为力的愤怒，而又仍旧在地球上爬行的神学虫豸，必定会微笑以对。在这些虫豸的前列是罗马皇帝，也许根本不清楚狄奥多拉和她那些教会派系的真正动机，就在那里发射毒针喷出毒液。原来的那些牺牲品已经不在他的权势之内，他的诏书只能用暴烈的作风给他们定出罪名，号召东部的教士加入谴责和诅咒的大合唱。整个东部带着几分迟疑态度，勉强同意他们的君王所定出的音调。
在君士坦丁堡召开的第五次大公会议（公元553年5月4日—6月2日），有3位教长和165位主教参加，把“三章”的创作者和辩护者全从圣徒的行列中除名，用严正的态度把他们交给邪恶的魔王。拉丁教会更加羡慕利奥和卡尔西顿的大公会议所获得的荣誉，要是他们仍如以往在罗马的旗帜下作战，就会使理性和人道的大业获得优势的地位。不过他们的领袖是被敌人抓在手里的俘虏，圣彼得的宝座一直为买卖圣职所玷污，现在被怯懦的维吉利乌斯出卖，他在经过长期反复的斗争以后，终于屈服于查士丁尼的专制和希腊人的诡辩。他的叛教行为激起拉丁人的愤怒，现在找不到两位以上的主教，愿意对他的辅祭和继承人贝拉基乌斯举行按手礼。然而，教皇的坚毅在不知不觉中将教会分裂分子的称呼转移到他们对手的头上。伊利里亚、阿非利加和意大利的教堂，全部受到行政和教会势力的压迫，军队的力量也不是没有效果。遥远的蛮族照抄梵蒂冈的信条，只要一个世纪的时间，“三章”引起的分裂便在威尼提亚行省一个偏僻的角落宣告结束。意大利人在宗教方面的不满，却有助于伦巴第人的征服行动，罗马人一直习惯于怀疑拜占庭暴君的信仰，厌恶自己的政府。
查士丁尼为了坚定自己和臣民那种轻浮善变的宗教观点，其间的过程非常微妙，事实上他的作为难免前后矛盾无法始终如一。他在年轻的时候，对任何偏离正统路线的微小过失都会气愤不已，等到了老年以后，自己却超越了异端所容许的限度。他公开宣称基督的肉体是金刚不坏之身，他的人生经历不会遭受匮乏和疾病之苦，那是每个凡夫俗子与生俱来的烦恼。雅各派对这种说法所感到的惊讶，不亚于正统基督教徒。诸如此类异想天开的观点都在查士丁尼最后几道诏书中宣布，就在他适时离开人世的时候，教士拒绝签字副署，君王准备进行迫害，民众决定忍受苦难或者加以反抗。特里夫的一位主教，安全地躲在皇帝的势力所不及之处，以权威与慈爱的语气写信给东部的君主：
仁慈的查士丁尼，请记住你的洗礼和信条，不要让你在年老的时候蒙受异端邪说的恶名，请从流放地召回被你放逐的神父，把你的追随者从绝境中解救出来。相信你会知道，意大利和高卢、西班牙和阿非利加已经为你的堕落感到悲伤，大家都在诅咒你的名字。除非你立即摧毁那些要颁发的告示，除非你大声宣布：“我错了!我有罪!要把聂斯托利革出教门!要把优迪克革出教门!”否则你就会将自己的灵魂投入烈焰之中，跟他们一样接受永恒的惩罚。
他逝世时并未做任何表示。就某种程度而言，他的死亡恢复了教会的平静，在后来的4位继承人查士丁二世、提比略二世、莫里斯和福卡斯的统治期间，出现的最突出的状况，就是东部的教会史有幸成为一片空白。